棉属十个叶绿体基因组分析及其系统发育研究
| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-23页 |
| ·棉属研究进展 | 第12-16页 |
| ·棉属分类研究 | 第12-13页 |
| ·野生棉的分布与特性 | 第13-14页 |
| ·棉属的系统进化研究 | 第14-15页 |
| ·棉属的多倍体化现象 | 第15页 |
| ·四倍体棉的供体种研究 | 第15-16页 |
| ·叶绿体基因组的研究进展 | 第16-19页 |
| ·叶绿体基因组研究概况 | 第16-17页 |
| ·叶绿体基因组结构及特点 | 第17-19页 |
| ·叶绿体基因组常用的测序方法 | 第19页 |
| ·叶绿体基因组的应用 | 第19-22页 |
| ·植物 DNA 条形码及物种鉴定 | 第19-20页 |
| ·系统发育分析 | 第20-21页 |
| ·叶绿体基因工程 | 第21-22页 |
| ·本研究的目的与意义 | 第22-23页 |
| 第二章 材料与方法 | 第23-37页 |
| ·实验材料、试剂与设备 | 第23-25页 |
| ·植物材料 | 第23-24页 |
| ·药品试剂及配置 | 第24-25页 |
| ·仪器设备 | 第25页 |
| ·分析软件 | 第25页 |
| ·实验方法 | 第25-30页 |
| ·棉花总 DNA 的提取 | 第26-27页 |
| ·引物设计 | 第27页 |
| ·分子克隆 | 第27-30页 |
| ·送样测序 | 第30页 |
| ·生物信息学分析 | 第30-37页 |
| ·叶绿体基因组的构建 | 第30-34页 |
| ·基本信息分析 | 第34页 |
| ·新基因的注释 | 第34页 |
| ·IR 区的收缩与扩张 | 第34页 |
| ·棉属叶绿体基因组比对及 DNA 条形码的筛选 | 第34页 |
| ·基于整个叶绿体基因组系统发育分析 | 第34-37页 |
| ·基础序列的提取 | 第34-36页 |
| ·多序列组合排列比对 | 第36页 |
| ·系统发育树的构建 | 第36-37页 |
| 第三章 结果与分析 | 第37-69页 |
| ·棉属叶绿体基因组的获得 | 第37-39页 |
| ·棉花总 DNA 的提取结果 | 第37页 |
| ·PCR 扩增结果 | 第37-38页 |
| ·蓝白斑筛选及检测 | 第38页 |
| ·菌落 PCR 阳性克隆鉴定结果 | 第38-39页 |
| ·棉属叶绿体基因组基本信息分析 | 第39-47页 |
| ·基本组织结构 | 第39-42页 |
| ·基因内容和基因顺序 | 第42-45页 |
| ·密码子偏好性 | 第45-47页 |
| ·棉属叶绿体基因组新基因的注释 | 第47-53页 |
| ·infA 的注释 | 第48页 |
| ·ycf68 的注释 | 第48-49页 |
| ·ORF42 的注释 | 第49-50页 |
| ·ORF56 的注释 | 第50-51页 |
| ·四个新基因的分布 | 第51-53页 |
| ·叶绿体基因组比对 | 第53-59页 |
| ·区域边界的碱基比对 | 第53-55页 |
| ·IR 区的收缩与扩张 | 第55-57页 |
| ·叶绿体基因组全序列比对 | 第57-59页 |
| ·棉属 DNA 条形码的筛选 | 第59-62页 |
| ·候选序列信息分析 | 第59页 |
| ·条形码的筛选 | 第59-61页 |
| ·基于条形码的系统发育分析 | 第61-62页 |
| ·基于叶绿体基因组的棉属系统发育分析 | 第62-69页 |
| ·被子植物系统发育分析 | 第62-63页 |
| ·棉属系统发育分析 | 第63-67页 |
| ·四倍体棉种的起源与进化分析 | 第67-69页 |
| 第四章 讨论 | 第69-76页 |
| ·棉属叶绿体基因组的结构与组成 | 第69-70页 |
| ·组织结构和大小比较 | 第69-70页 |
| ·基因组成和基因顺序 | 第70页 |
| ·AT 含量及密码子偏好性 | 第70页 |
| ·棉属叶绿体基因组的比较分析 | 第70-72页 |
| ·IR 区域的比较分析 | 第71页 |
| ·叶绿体基因组全序列的比较分析 | 第71-72页 |
| ·棉属 DNA 条形码的筛选 | 第72-73页 |
| ·基于叶绿体基因组的棉属系统发育分析 | 第73-76页 |
| ·被子植物系统发育分析 | 第73页 |
| ·棉属系统发育分析 | 第73-74页 |
| ·四倍体棉种的起源与进化 | 第74-76页 |
| 第五章 全文结论 | 第76-78页 |
| 参考文献 | 第78-85页 |
| 附录 | 第85-97页 |
| 致谢 | 第97-98页 |
| 作者简历 | 第98页 |
