| 目录 | 第1-8页 |
| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 符号说明 | 第12-13页 |
| 第一章 前言 | 第13-45页 |
| ·嗜肺军团菌(Legionella pneumophila)研究综述 | 第13-24页 |
| ·嗜肺军团菌概况 | 第14页 |
| ·L.pneumophila的宿主和生活周期 | 第14-16页 |
| ·L.pneumophila的Dot/Icm ⅣB型分泌系统 | 第16-19页 |
| ·Dot/Icm ⅣB型分泌系统的效应蛋白 | 第19-24页 |
| ·Rab蛋白及其参与的囊泡转运途径 | 第24-30页 |
| ·Rab家族概述 | 第24页 |
| ·Rab蛋白的结构 | 第24-27页 |
| ·Rab蛋白的膜循环 | 第27-29页 |
| ·Rab蛋白参与的胞内囊泡转运 | 第29-30页 |
| ·L.pneumophila的效应因子对ER-Golgi运输的调控 | 第30-34页 |
| ·参与俘获ER-Golgi运输过程的效应因子 | 第31-32页 |
| ·Rab1介导的ER到高尔基体的囊泡转运分子机制 | 第32-34页 |
| ·L.pneumophila对宿主Rab1的调控 | 第34-42页 |
| ·L.pneumophila对宿主Rab1的招募 | 第34-37页 |
| ·L.pneumophila对宿主Rab1的共价修饰 | 第37-39页 |
| ·L.pneumophila对Rab1的去修饰和释放 | 第39-41页 |
| ·L.pneumophila对Rab1的精密调控总结 | 第41-42页 |
| ·研究意义和研究内容 | 第42-45页 |
| ·研究意义 | 第42-44页 |
| ·课题研究内容 | 第44-45页 |
| 第二章 蛋白的表达纯化 | 第45-89页 |
| ·引言 | 第45-49页 |
| ·LidA蛋白分析和片段截取 | 第46-48页 |
| ·Rab1蛋白的片段截取和突变体构建 | 第48-49页 |
| ·材料和方法 | 第49-63页 |
| ·菌株、基因组、cDNA和载体 | 第49页 |
| ·试剂、工具酶和服务 | 第49-50页 |
| ·主要仪器 | 第50页 |
| ·亲和层析和FPLC缓冲液的配制 | 第50-51页 |
| ·LidA基因的亚克隆 | 第51-55页 |
| ·Rab1基因的亚克隆和突变体构建 | 第55-57页 |
| ·蛋白纯化 | 第57-63页 |
| ·实验结果 | 第63-87页 |
| ·LidA蛋白片段的纯化结果 | 第63-71页 |
| ·Rab1蛋白及其突变体的纯化结果和蛋白行为分析 | 第71-77页 |
| ·LidA-Rab1复合物蛋白的纯化结果 | 第77-87页 |
| ·本章小结 | 第87-89页 |
| 第三章 晶体的获得和结构的解析 | 第89-109页 |
| ·引言 | 第89页 |
| ·实验材料 | 第89-90页 |
| ·蛋白质结晶所需试剂和材料 | 第89页 |
| ·晶体衍射数据收集所需材料和仪器 | 第89-90页 |
| ·蛋白晶体的获得 | 第90-91页 |
| ·蛋白质的结晶过程 | 第90页 |
| ·蛋白质结晶条件的筛选 | 第90-91页 |
| ·蛋白质晶体的优化 | 第91页 |
| ·结构的解析 | 第91-95页 |
| ·晶体衍射数据的测试和收集 | 第91-93页 |
| ·衍射数据的处理 | 第93-94页 |
| ·相角的求解 | 第94页 |
| ·结构模型的建立 | 第94-95页 |
| ·结构模型的修正 | 第95页 |
| ·蛋白结合的核苷酸种类测定(Mini Source Q) | 第95-96页 |
| ·实验结果 | 第96-109页 |
| ·LidA-Rab1复合物的晶体 | 第96-98页 |
| ·LidA-Rab1复合物的结构修正结果 | 第98-102页 |
| ·复合物中Rab1结合的GXP的鉴定 | 第102-104页 |
| ·LidA单体蛋白的初步晶体学分析 | 第104-109页 |
| 第四章 LidA对Rab1结构基础上的识别机制研究 | 第109-148页 |
| ·引言 | 第109页 |
| ·材料和方法 | 第109-114页 |
| ·SidM和Rab家族成员的亚克隆和蛋白表达纯化 | 第109-110页 |
| ·突变体构建 | 第110-111页 |
| ·蛋白体外相互作用检测 | 第111-112页 |
| ·等温滴定量热法(ITC) | 第112页 |
| ·Rab1的AMPylation修饰 | 第112-113页 |
| ·质谱检测AMPylation修饰肽段 | 第113-114页 |
| ·LidA与不同Rab1的亲和力 | 第114-115页 |
| ·复合物结构描述 | 第115-123页 |
| ·LidA-Rab1复合物的整体结构 | 第115-116页 |
| ·复合物中LidA的折叠方式和空间定义 | 第116-118页 |
| ·复合物中的Rab1的结构 | 第118-123页 |
| ·LidA对Rab1的识别机制分析 | 第123-127页 |
| ·复合物结构中LidA-Rab1的互作细节 | 第123-126页 |
| ·互作面上的关键残基突变对互作的影响 | 第126-127页 |
| ·复合物中Rab1构象的特殊性和分子机制 | 第127-133页 |
| ·复合物中的GDP-Rab1处于活性开放的构象 | 第127-129页 |
| ·复合物中的GDP-Rab1保持活性构象的分子机制 | 第129-133页 |
| ·LidA-Rab1复合物的类似结构 | 第133-136页 |
| ·Rab1与LidA解离的机制分析 | 第136-138页 |
| ·LidA-Rab1复合物的最小互作域 | 第136页 |
| ·LidA与下游效应因子的结合域分析 | 第136-138页 |
| ·SidM对LidA-Rab1识别的影响 | 第138-143页 |
| ·SidM介导的Rab1的AMPylation修饰对识别的影响 | 第138-142页 |
| ·SidM-Rab1复合物和LidA | 第142-143页 |
| ·LidA对Rab家族其它成员的识别 | 第143-146页 |
| ·LidA识别和招募Rab1的可能模式 | 第146-147页 |
| ·本章小结 | 第147-148页 |
| 全文总结和讨论 | 第148-151页 |
| 附录 | 第151-157页 |
| 参考文献 | 第157-167页 |
| 攻读博士学位期间发表论文 | 第167页 |
| 参加学术会议情况 | 第167-168页 |
| 致谢 | 第168-169页 |
| 附件 | 第169-186页 |
