| 摘要 | 第1-14页 |
| ABSTRACT | 第14-17页 |
| 第1章 绪论 | 第17-21页 |
| ·算法与计算复杂性 | 第17页 |
| ·蛋白质结合位点预测的问题介绍 | 第17-18页 |
| ·复合体三维构象预测的问题介绍 | 第18-21页 |
| 第2章 蛋白质相似子结构搜索问题的算法设计 | 第21-31页 |
| ·引言 | 第21页 |
| ·问题介绍 | 第21-22页 |
| ·单一子结构搜索算法 | 第22-25页 |
| ·刚性变换 | 第22-23页 |
| ·ε-刚性变换 | 第23页 |
| ·旋转算法 | 第23-24页 |
| ·局部搜索算法 | 第24页 |
| ·单一子结构搜索算法设计 | 第24-25页 |
| ·子结构对搜索算法 | 第25-27页 |
| ·子结构对搜索算法设计 | 第25-26页 |
| ·降低时间复杂度 | 第26-27页 |
| ·实验结果 | 第27-30页 |
| ·局部搜索算法与O((l/ε)~5)算法的性能比较 | 第27-28页 |
| ·与已有方法进行比较 | 第28-29页 |
| ·实例分析 | 第29-30页 |
| ·结论 | 第30-31页 |
| 第3章 三个蛋白质形成复合体构象的算法设计 | 第31-39页 |
| ·引言 | 第31页 |
| ·问题介绍 | 第31-32页 |
| ·算法设计 | 第32-35页 |
| ·复合体三维构象预测算法设计 | 第32-34页 |
| ·降低时间复杂度 | 第34-35页 |
| ·实验结果 | 第35-38页 |
| ·复合体构象预测结果 | 第35-36页 |
| ·实例分析 | 第36-38页 |
| ·距离上界算法的性能分析 | 第38页 |
| ·结论 | 第38-39页 |
| 第4章 蛋白质结合位点的空间匹配预测方法 | 第39-56页 |
| ·引言 | 第39-40页 |
| ·方法设计 | 第40-45页 |
| ·局部序列比对 | 第40-42页 |
| ·确定表面区域 | 第42-43页 |
| ·计算刚性变换 | 第43-44页 |
| ·三维空间中蛋白质的重合测试 | 第44页 |
| ·最优刚性变换确定结合位点 | 第44-45页 |
| ·实验结果 | 第45-55页 |
| ·相似子结构搜索结果 | 第45-47页 |
| ·不同家族蛋白质的实例分析 | 第47-49页 |
| ·预测数据集 | 第49页 |
| ·结合位点残基个数比较 | 第49-50页 |
| ·结合位点表面原子比例计算 | 第50-51页 |
| ·阈值d的不同取值 | 第51-52页 |
| ·与LSA算法比较 | 第52页 |
| ·预测方法的性能分析 | 第52-55页 |
| ·总结 | 第55-56页 |
| 第5章 蛋白质结合位点的能量匹配预测方法 | 第56-64页 |
| ·引言 | 第56页 |
| ·方法设计 | 第56-59页 |
| ·原子连接能量 | 第56-57页 |
| ·枚举构象 | 第57-58页 |
| ·寻找两对关键结合位点 | 第58页 |
| ·确定最优构象 | 第58-59页 |
| ·实验结果 | 第59-63页 |
| ·与已有方法进行比较 | 第59-61页 |
| ·数据集Benchmark 4.0的预测结果 | 第61-62页 |
| ·预测方法的性能分析 | 第62-63页 |
| ·结论 | 第63-64页 |
| 第6章 柔性分子对接的方法设计 | 第64-72页 |
| ·引言 | 第64页 |
| ·方法设计 | 第64-68页 |
| ·选择蛋白质候选片段 | 第65-66页 |
| ·确定侧链结构和侧链能量 | 第66页 |
| ·确定二级结构能量 | 第66-67页 |
| ·能量函数线性组合 | 第67-68页 |
| ·实验结果 | 第68-70页 |
| ·与已有方法进行比较 | 第68-69页 |
| ·数据集Benchmark 4.0的预测结果 | 第69页 |
| ·数据集CAPRI的预测结果 | 第69-70页 |
| ·评估分子对接结果 | 第70页 |
| ·结论 | 第70-72页 |
| 第7章 总结与展望 | 第72-74页 |
| ·本文总结 | 第72-73页 |
| ·研究展望 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-79页 |
| 致谢 | 第79-80页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第80-81页 |
| 在读期间参与科研项目情况 | 第81-83页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第83-85页 |
| 外文论文 | 第85-119页 |