| 目录 | 第1-8页 |
| 中文摘要 | 第8-12页 |
| Abstract | 第12-17页 |
| 符号说明及缩写词 | 第17-19页 |
| 第一章 研究背景和立题依据 | 第19-39页 |
| ·研究背景 | 第19-35页 |
| ·深海沉积物微生物 | 第19-22页 |
| ·深海环境 | 第19页 |
| ·深海沉积物概述 | 第19页 |
| ·深海沉积物微生物研究进展 | 第19-21页 |
| ·南冲绳海槽及其微生物资源 | 第21-22页 |
| ·微生物基因组研究进展 | 第22-32页 |
| ·基因组学概述 | 第22-23页 |
| ·DNA测序仪及测序技术的发展历史 | 第23-27页 |
| ·生物信息学研究进展 | 第27-32页 |
| ·微生物基因组研究常用数据库 | 第29-30页 |
| ·微生物基因组研究常用程序和编程语言 | 第30-32页 |
| ·微生物基因组研究进展 | 第32-35页 |
| ·本论文开展思路及研究内容 | 第35-39页 |
| 第二章 南冲绳海槽深海沉积物菌株SM-A87的菌种鉴定 | 第39-53页 |
| ·实验材料、仪器和试剂 | 第39-41页 |
| ·菌株样品 | 第39页 |
| ·培养基 | 第39-40页 |
| ·主要试剂和试剂盒 | 第40页 |
| ·主要仪器设备 | 第40-41页 |
| ·数据库及分析软件 | 第41页 |
| ·实验方法 | 第41-45页 |
| ·菌株的分离和保存 | 第41页 |
| ·表型特征研究 | 第41-42页 |
| ·生理生化特征 | 第42-43页 |
| ·化学分类特征 | 第43-44页 |
| ·基因型特征 | 第44-45页 |
| ·系统发育学分析 | 第45页 |
| ·结果与分析 | 第45-48页 |
| ·形态学观察结果 | 第45页 |
| ·化学分类结果 | 第45-46页 |
| ·生理生化结果 | 第46-48页 |
| ·系统发育学分析 | 第48页 |
| ·讨论 | 第48-53页 |
| 第三章 Zunongwangia profunda SM-A87全基因组测序及分析 | 第53-73页 |
| ·实验材料、仪器和试剂 | 第54-55页 |
| ·菌株 | 第54页 |
| ·培养基 | 第54页 |
| ·主要分子试剂和试剂盒 | 第54页 |
| ·主要仪器与耗材 | 第54-55页 |
| ·数据库和分析软件 | 第55页 |
| ·实验方法 | 第55-58页 |
| ·菌体培养及DNA提取 | 第55页 |
| ·454测序 | 第55-56页 |
| ·fosmid文库构建及测序 | 第56页 |
| ·小片段质粒文库构建及测序 | 第56页 |
| ·基因组的finishing与质量检查 | 第56-57页 |
| ·基因组注释 | 第57-58页 |
| ·基因组分析 | 第58页 |
| ·结果与分析 | 第58-71页 |
| ·SM-A87基因组概况 | 第58-59页 |
| ·基本代谢途径分析 | 第59-61页 |
| ·对外界环境感知系统 | 第61-62页 |
| ·多糖合成 | 第62-64页 |
| ·水解能力 | 第64-68页 |
| ·氮和硫的代谢 | 第68-69页 |
| ·CRISPR | 第69页 |
| ·可移动元件 | 第69页 |
| ·嗜盐适冷特性分析 | 第69-71页 |
| ·讨论 | 第71-73页 |
| 第四章 Pseudoalteromonas sp.SM9913全基因组测序及比较基因组学研究 | 第73-97页 |
| ·实验材料、仪器和试剂 | 第75页 |
| ·菌株 | 第75页 |
| ·培养基 | 第75页 |
| ·主要分子试剂和试剂盒 | 第75页 |
| ·主要仪器设备 | 第75页 |
| ·数据库和分析软件 | 第75页 |
| ·实验方法 | 第75-79页 |
| ·菌体培养及DNA提取 | 第75-76页 |
| ·454测序 | 第76页 |
| ·小片段文库构建及测序 | 第76页 |
| ·基因组的finishing与质量检查 | 第76-77页 |
| ·基因组注释与分析 | 第77-78页 |
| ·表型分析和比较 | 第78-79页 |
| ·结果与分析 | 第79-94页 |
| ·基因组概况 | 第79-84页 |
| ·信号转导基因分析 | 第84页 |
| ·可移动元件 | 第84-88页 |
| ·对过氧化氢的敏感性 | 第88页 |
| ·胞外多糖合成 | 第88-90页 |
| ·抗生素和重金属离子耐受性 | 第90-91页 |
| ·鞭毛和运动性 | 第91-94页 |
| ·其他基因岛及相关特性 | 第94页 |
| ·讨论 | 第94-97页 |
| 第五章 丝状真菌Trichoderma pseudokoningii SMF2基因组测序和分析 | 第97-106页 |
| ·实验材料、仪器和试剂 | 第98-100页 |
| ·菌株 | 第98页 |
| ·培养基 | 第98-99页 |
| ·主要分子试剂和试剂盒 | 第99页 |
| ·主要仪器与耗材 | 第99页 |
| ·数据库和分析软件 | 第99-100页 |
| ·实验方法 | 第100-102页 |
| ·菌体培养及DNA提取 | 第100页 |
| ·Solexa测序及序列组装 | 第100页 |
| ·基因组注释 | 第100-101页 |
| ·转录组测序 | 第101页 |
| ·基因组比较分析 | 第101-102页 |
| ·实验结果 | 第102-105页 |
| ·基因组序列数据 | 第102-103页 |
| ·胞外蛋白酶分析 | 第103页 |
| ·GO功能分类分析 | 第103-105页 |
| ·讨论 | 第105-106页 |
| 全文总结 | 第106-108页 |
| 一、本论文取得的创新性结果 | 第106-107页 |
| 二、本论文存在的问题及深入方向 | 第107-108页 |
| 参考文献 | 第108-119页 |
| 在读期间发表的论文目录 | 第119-120页 |
| 致谢 | 第120-121页 |
| 附录 | 第121-137页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第137页 |
