| 内容提要 | 第1-5页 |
| 中文摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-14页 |
| 第1章 前言 | 第14-30页 |
| ·转录组学概述 | 第14页 |
| ·转录组学研究的基本方法 | 第14-17页 |
| ·Sanger 法测序 | 第14-15页 |
| ·基因芯片 | 第15-16页 |
| ·第二代测序技术 | 第16-17页 |
| ·Illumina/Solexa 转录组测序技术国内外研究进展 | 第17-19页 |
| ·有参考基因组转录组测序 | 第18页 |
| ·无参考基因组（De novo）转录组测序 | 第18-19页 |
| ·De novo 转录组测序方法及数据分析 | 第19-23页 |
| ·De novo 转录组测序方法 | 第19-20页 |
| ·数据处理及分析 | 第20-23页 |
| ·鹿茸生长发育及调控机理研究现状 | 第23-29页 |
| ·鹿茸概述 | 第23-24页 |
| ·鹿茸有效成分研究 | 第24页 |
| ·鹿茸形态发生 | 第24页 |
| ·鹿茸生长中心 | 第24-25页 |
| ·鹿茸快速生长及骨化 | 第25页 |
| ·鹿茸生长及调控 | 第25-26页 |
| ·鹿茸转录组研究现状 | 第26-29页 |
| ·本课题研究的目的和意义 | 第29-30页 |
| 第2章 鹿茸转录组测序及数据库建立 | 第30-49页 |
| ·引言 | 第30页 |
| ·材料与方法 | 第30-39页 |
| ·研究对象 | 第30页 |
| ·主要试剂 | 第30-31页 |
| ·主要仪器 | 第31页 |
| ·实验方法 | 第31-38页 |
| ·文库测序 | 第38-39页 |
| ·测序数据处理及分析 | 第39页 |
| ·结果 | 第39-47页 |
| ·RNA 样品的制备及质量评价 | 第39-41页 |
| ·测序文库制备及质量评价 | 第41页 |
| ·测序产量统计及质量评价 | 第41页 |
| ·De novo 序列组装结果 | 第41-45页 |
| ·组装序列质量评价 | 第45-47页 |
| ·与已知 EST 比对结果 | 第47页 |
| ·讨论 | 第47-48页 |
| ·本章小结 | 第48-49页 |
| 第3章 鹿茸转录组功能注释及代谢通路分析 | 第49-60页 |
| ·引言 | 第49页 |
| ·分析方法 | 第49页 |
| ·分析结果 | 第49-55页 |
| ·蛋白数据库比对结果 | 第49-50页 |
| ·GO 功能分类 | 第50-51页 |
| ·COG 功能分类 | 第51-52页 |
| ·KEGG 代谢通路分析 | 第52页 |
| ·鹿茸生长发育相关基因分析 | 第52-55页 |
| ·讨论 | 第55-59页 |
| ·本章小结 | 第59-60页 |
| 第4章 不同生长期鹿茸转录组差异表达基因分析 | 第60-89页 |
| ·引言 | 第60页 |
| ·材料与方法 | 第60-65页 |
| ·主要试剂 | 第60页 |
| ·主要仪器 | 第60-61页 |
| ·数据分析方法 | 第61-63页 |
| ·实验方法 | 第63-65页 |
| ·实验结果 | 第65-82页 |
| ·不同生长期鹿茸高丰度表达基因 | 第65-67页 |
| ·差异表达基因的筛选 | 第67-68页 |
| ·GO 功能富集分析 | 第68-71页 |
| ·KEGG Pathway 富集分析 | 第71-72页 |
| ·鹿茸快速生长及骨化差异表达基因筛选 | 第72-75页 |
| ·差异表达基因的 qPCR 验证 | 第75-82页 |
| ·讨论 | 第82-87页 |
| ·本章小结 | 第87-89页 |
| 第5章 结论 | 第89-91页 |
| 参考文献 | 第91-109页 |
| 附录 | 第109-120页 |
| 作者简介及在学期间所取得的科研成果 | 第120-121页 |
| 致谢 | 第121页 |