| 中文摘要 | 第1-15页 |
| 英文摘要 | 第15-19页 |
| 缩略词 | 第19-21页 |
| 引言 | 第21-23页 |
| 第一章 文献综述——植物逆转座子研究进展 | 第23-51页 |
| 1 植物逆转座子的类型与结构 | 第23-26页 |
| ·LTR逆转座子中的Ty1-copia型 | 第23-24页 |
| ·LTR逆转座子中的Ty3-gypsy型 | 第24页 |
| ·non-LTR逆转座子中的长散在元件LINE | 第24页 |
| ·non-LTR逆转座子中的短散在元件SINE | 第24-26页 |
| 2 植物中逆转座子的复制与转座 | 第26-27页 |
| ·LTR逆转座子的复制 | 第26页 |
| ·Non-LTR逆转座子的复制 | 第26-27页 |
| 3 植物逆转座子的分布 | 第27-28页 |
| ·逆转座子在植物界的分布 | 第27页 |
| ·逆转座子在细胞器中的分布 | 第27页 |
| ·逆转座子在染色体上的分布 | 第27-28页 |
| 4 逆转座子的异质性 | 第28页 |
| 5 逆转座子的纵、横向传递 | 第28-29页 |
| ·逆转座子的纵向传递 | 第28-29页 |
| ·逆转座子的横向传递 | 第29页 |
| 6.逆转座子的表达与转座的调控 | 第29-31页 |
| ·胁迫表达 | 第29-30页 |
| ·基因沉默 | 第30-31页 |
| ·转录后调控 | 第31页 |
| 7 逆转座子的起源与进化 | 第31页 |
| 8 逆转座子在植物基因与基因组进化中的作用 | 第31-34页 |
| ·基因突变 | 第32页 |
| ·基因组大小 | 第32-33页 |
| ·基因组重排 | 第33-34页 |
| ·其它作用 | 第34页 |
| 9 逆转座子的应用 | 第34-40页 |
| ·基于逆转座子的分子标记与应用 | 第34-38页 |
| ·基于逆转座子的分子标记 | 第34-36页 |
| ·逆转座子分子标记的应用 | 第36-38页 |
| ·基因标签及基因功能分析 | 第38-40页 |
| ·体细胞无性系变异的评价 | 第40页 |
| 10 展望 | 第40页 |
| 参考文献 | 第40-51页 |
| 第二章 苹果属植物基因组中Ty1-copia类逆转座子存在的普遍性 | 第51-58页 |
| 1 材料与方法 | 第51-54页 |
| ·植物材料 | 第51-52页 |
| ·方法 | 第52-54页 |
| ·模板DNA的制备 | 第52-53页 |
| ·DNA的检测与定量 | 第53页 |
| ·PCR反应 | 第53-54页 |
| ·PCR产物的检测 | 第54页 |
| 2 结果与分析 | 第54-56页 |
| ·苹果Ty1-copia类逆转座子逆转录酶序列PCR反应体系的建立 | 第54-55页 |
| ·Mg~(2+)浓度对扩增结果的影响 | 第54页 |
| ·dNTP浓度对扩增结果的影响 | 第54页 |
| ·引物浓度对扩增结果的影响 | 第54-55页 |
| ·Taq聚合酶浓度对扩增结果的影响 | 第55页 |
| ·不同复性温度对扩增结果的影响 | 第55页 |
| ·苹果属中Ty1-copia类逆转座子存在的普遍性 | 第55-56页 |
| 3 讨论 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-58页 |
| 第三章 苹果基因组中Ty1-copia类逆转座子逆转录酶序列的多样性 | 第58-80页 |
| 1 材料与方法 | 第59-62页 |
| ·植物材料 | 第59页 |
| ·方法 | 第59-62页 |
| ·模板DNA的制备 | 第59页 |
| ·DNA的检测与定量 | 第59页 |
| ·PCR反应 | 第59页 |
| ·PCR产物的检测与回收 | 第59-60页 |
| ·回收片段的检测及与PGEM-T-Easy体(Promega)的连接 | 第60页 |
| ·大肠杆菌DH5a感受态细胞的制备 | 第60页 |
| ·质粒的转化 | 第60-61页 |
| ·质粒的提取 | 第61页 |
| ·质粒的检测 | 第61页 |
| ·Ty1-copia类逆转座子逆转录酶保守序列的测序 | 第61页 |
| ·序列分析 | 第61-62页 |
| 2 结果与分析 | 第62-75页 |
| ·PCR产物的回收与克隆 | 第62页 |
| ·重组质粒的PCR鉴定 | 第62-63页 |
| ·Ty1-copia类逆转座子逆转录酶的核甘酸序列比较 | 第63-66页 |
| ·Ty1-copia类逆转座子逆转录酶核甘酸序列的异质性 | 第63-66页 |
| ·苹果Ty1-copia类逆转座子的序列重组 | 第66页 |
| ·Ty1-copia类逆转座子逆转录酶的氨基酸序列比较 | 第66-75页 |
| ·Ty1-copia类逆转座子逆转录酶氨基酸序列的BLAST结果 | 第66-69页 |
| ·Ty1-copia类逆转座子逆转录酶氨基酸序列的多样性 | 第69-73页 |
| ·Ty1-copia类逆转座子逆转录酶氨基酸序列的聚类分析 | 第73-74页 |
| ·苹果与其它植物中Ty1-copia类逆转座子逆转录酶氨基酸序列的同源性比 | 第74-75页 |
| 3 讨论 | 第75-77页 |
| ·苹果中Ty1-copia类逆转座子的多样性 | 第75-76页 |
| ·苹果基因组内Ty1-copia类逆转座子间的重组 | 第76页 |
| ·Ty1-copia类逆转座子在苹果基因组进化中的作用 | 第76-77页 |
| 参考文献 | 第77-80页 |
| 第四章 苹果基因组中Ty1-copia类逆转座子的甲基化 | 第80-90页 |
| 1 材料与方法 | 第80-84页 |
| ·材料 | 第80-81页 |
| ·方法 | 第81-84页 |
| ·DNA的提取 | 第81页 |
| ·DNA的检测与定量 | 第81页 |
| ·探针的制备及标记 | 第81页 |
| ·DNA的酶切 | 第81-82页 |
| ·电泳 | 第82页 |
| ·转膜及洗膜 | 第82-83页 |
| ·预杂交及杂交 | 第83-84页 |
| ·洗膜 | 第84页 |
| ·免疫检测 | 第84页 |
| 2 结果与分析 | 第84-87页 |
| ·基因组DNA的质量检测 | 第84-85页 |
| ·基因组DNA的酶切 | 第85-87页 |
| ·Southern-blot杂交 | 第87页 |
| 3.讨论 | 第87-88页 |
| 参考文献 | 第88-90页 |
| 第五章 苹果愈伤组织培养过程中Ty1-copia类逆转座子的转录活性 | 第90-106页 |
| 1 材料与方法 | 第91-93页 |
| ·植物材料 | 第91页 |
| ·方法 | 第91-93页 |
| ·总RNA的制备 | 第91-92页 |
| ·RT-PCR | 第92-93页 |
| ·RT-PCR产物的回收、克隆、PCR检测与测序 | 第93页 |
| ·序列分析 | 第93页 |
| 2 结果与分析 | 第93-102页 |
| ·愈伤组织的生长状况 | 第93-94页 |
| ·总RNA的提取与检测 | 第94-95页 |
| ·Ty1-copia类逆转座子转录活性的诱导 | 第95页 |
| ·苹果中具有转录活性的Ty1-copia类逆转座子逆转录酶核甘酸序列的分析 | 第95-98页 |
| ·苹果中具有转录活性的Ty1-copia类逆转座子逆转录酶核甘酸序列的异质性 | 第96-97页 |
| ·具有转录活性的Ty1-copia类逆转座子的序列重组 | 第97-98页 |
| ·具有转录活性的Ty1-copia类逆转座子逆转录酶的氨基酸序列比较 | 第98-102页 |
| ·Ty1-copia类逆转座子逆转录酶氨基酸序列的BLAST结果 | 第98页 |
| ·具有转录活性的Ty1-copia类逆转座子逆转录酶氨基酸序列的多样性 | 第98-100页 |
| ·Ty1-copia类逆转座子逆转录酶氨基酸序列的聚类分析 | 第100-102页 |
| 3 讨论 | 第102-103页 |
| ·苹果中Ty1-copia类逆转座子的转录活性 | 第102-103页 |
| ·苹果中具有转录活性的Ty1-copia类逆转座子的变异性 | 第103页 |
| 参考文献 | 第103-106页 |
| 第六章 苹果Ty1-copia类逆转座子RNase-LTR序列的克隆与分析 | 第106-124页 |
| 1 材料与方法 | 第107-111页 |
| ·植物材料 | 第107页 |
| ·方法 | 第107-111页 |
| ·模板DNA的制备、检测与定量 | 第107页 |
| ·模板DNA的部分酶切 | 第107页 |
| ·Mse Ⅰ-adaptor的变性与退火 | 第107-108页 |
| ·连接反应 | 第108页 |
| ·连接反应产物的回收与纯化 | 第108-109页 |
| ·连接产物的PCR扩增 | 第109页 |
| ·PCR产物的回收与纯化 | 第109-110页 |
| ·Biotin连接产物的亲和捕捉与纯化 | 第110页 |
| ·以Biotin连接产物为模板的Nested-PCR | 第110-111页 |
| ·Nested-PCR产物的回收与纯化 | 第111页 |
| ·Nested-PCR纯化产物与PGEM-T-Easy载体(Promega)的连接 | 第111页 |
| ·大肠杆菌DH5a感受态细胞的制备及质粒的转化 | 第111页 |
| ·阳性克隆的检测与测序 | 第111页 |
| ·序列分析 | 第111页 |
| 2 结果与分析 | 第111-119页 |
| ·基因组DNA模板的制备及酶切 | 第111-112页 |
| ·连接产物的纯化及PCR | 第112页 |
| ·生物素连接产物的回收、亲和纯化与Nested PCR | 第112-113页 |
| ·苹果中Ty1-copia类逆转座子PPTs和IR的特性 | 第113-114页 |
| ·RNaseH-LTRs序列的异质性 | 第114-117页 |
| ·Ty1-copia类逆转座子及其LTR序列间的重组 | 第117页 |
| ·Ty1-copia类逆转座子LTR序列中的启动子结构与调控元件 | 第117-119页 |
| 3 讨论 | 第119-122页 |
| ·苹果中Ty1-copia类逆转座子LTRs | 第119-120页 |
| ·Ty1-copia类逆转座子的转座活性与基因组的可塑性 | 第120-121页 |
| ·Ty1-copia类逆转座子LTRs内的启动子结构与调控元件 | 第121-122页 |
| 参考文献 | 第122-124页 |
| 第七章 苹果属遗传多样性的SSAP分析 | 第124-136页 |
| 1 材料与方法 | 第124-129页 |
| ·植物材料 | 第124-125页 |
| ·方法 | 第125-129页 |
| ·模板DNA的制备 | 第125页 |
| ·DNA的检测与定量 | 第125页 |
| ·基因组DNA的酶切 | 第125页 |
| ·Mse Ⅰ-adaptor的变性与退火 | 第125-126页 |
| ·连接反应 | 第126页 |
| ·预扩增 | 第126-127页 |
| ·选择性扩增 | 第127-128页 |
| ·扩增产物的检测 | 第128-129页 |
| ·聚类分析 | 第129页 |
| 2 结果与分析 | 第129-133页 |
| ·基因组DNA的制备 | 第129页 |
| ·逆转座子在苹果基因组插入位点的多态性 | 第129-131页 |
| ·聚类分析 | 第131页 |
| ·逆转座子在苹果芽变品种间的差异 | 第131-133页 |
| 3 讨论 | 第133-134页 |
| 参考文献 | 第134-136页 |
| 全文讨论 | 第136-142页 |
| 1 苹果中Ty1-copia类逆转座子的多样性及潜在的转座活性 | 第136-138页 |
| 2 逆转座子的诱导表达及其对寄主基因表达的影响 | 第138页 |
| 3 逆转座子在苹果遗传多样性及基因组进化中的作用 | 第138-140页 |
| 参考文献 | 第140-142页 |
| 全文结论 | 第142-143页 |
| 创新点 | 第143-144页 |
| 附录 | 第144-153页 |
| 附图1 | 第145-148页 |
| 附图2 | 第148-149页 |
| 附录1 | 第149-153页 |
| 攻读博士期间发表论文 | 第153-154页 |
| 致谢 | 第154页 |
