| 中文摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-8页 |
| 第一章 绪论 Introduction | 第8-15页 |
| ·人类基因组计划和模式生物基因组计划 | 第8-9页 |
| ·生物信息学简介 | 第9-13页 |
| ·与本论文相关的知识 | 第13-15页 |
| 第二章 进化分析简介 Introduction of Phylogenetic Analysis | 第15-31页 |
| ·进化研究的内容和原理 | 第15页 |
| ·表型进化研究的成就及其局限性 | 第15-16页 |
| ·分子进化研究的出发点及其优缺点 | 第16-18页 |
| ·分子进化中的一些概念和研究方法 | 第18-23页 |
| ·核苷酸突变的种类 | 第18页 |
| ·突变模型 | 第18-19页 |
| ·序列相似性 | 第19-20页 |
| ·核苷酸替代数目估计与序列比对 | 第20页 |
| ·核苷酸替代速率估计 | 第20-21页 |
| ·分子钟假设 | 第21-23页 |
| ·构造进化树 | 第23-25页 |
| ·建树方法 | 第23-24页 |
| ·系统发育软件 | 第24-25页 |
| ·单基因进化研究的贡献和局限性 | 第25-28页 |
| ·基于全蛋白质组的K-组分矢量分析法 | 第28-31页 |
| 第三章 冠状病毒进化分析 Coronaviruses phylogeny analysis | 第31-52页 |
| ·引言 | 第32-33页 |
| ·冠状病毒简介 | 第33-37页 |
| ·关于Z曲线理论 | 第37-40页 |
| ·考虑DNA序列内部相邻碱基相关性的Z曲线理论 | 第38-40页 |
| ·材料与方法 | 第40-42页 |
| ·原始数据 | 第40页 |
| ·算法 | 第40-41页 |
| ·构建亲缘树 | 第41页 |
| ·亲缘树的统计检验 | 第41-42页 |
| ·结果与讨论 | 第42-46页 |
| ·冠状病毒的亲缘树 | 第42-45页 |
| ·亲缘树统计检验的结果 | 第45-46页 |
| ·基于密码子使用模式的冠状病毒亲缘关系分析 | 第46-51页 |
| ·算法简介 | 第47页 |
| ·结果 | 第47-51页 |
| ·结论 | 第51-52页 |
| 总结论 Conclusions | 第52-53页 |
| 参考文献 References | 第53-58页 |
| 发表论文及参加科研情况说明 | 第58-59页 |
| 附录 I 核苷酸代码 | 第59-60页 |
| 附录 II DNA碱基结构及碱基配对 | 第60-61页 |
| 附录 III 病毒基因组信息列表 | 第61-62页 |
| 附录 IV 冠状病毒基因组信息列表 | 第62-63页 |
| 致 谢 | 第63页 |