| 中文摘要 | 第1-10页 |
| 英文摘要 | 第10-12页 |
| 本文所用缩写词 | 第12-13页 |
| 第一部分 文献综述 | 第13-38页 |
| 第一章 真核生物基因组中的微卫星序列 | 第13-20页 |
| 1．微卫星在真核生物基因组中的分布 | 第13-14页 |
| 2．微卫星的起源和消亡 | 第14-15页 |
| 3．微卫星的不稳定性 | 第15页 |
| 4．微卫星的的功能 | 第15-17页 |
| 4．1 作为染色质折叠的密码 | 第15-16页 |
| 4．2 与性别决定有关 | 第16页 |
| 4．3 端粒与着丝粒的结构 | 第16页 |
| 4．4 与结构基因表达相关 | 第16页 |
| 4．5 蛋白表达的剂量效应 | 第16-17页 |
| 4．6 作为重组和复制密码 | 第17页 |
| 5．微卫星标记的开发 | 第17-18页 |
| 6．微卫星标记的特点和应用 | 第18-20页 |
| 第二章 棉花微卫星标记研究进展 | 第20-24页 |
| 1．棉花SSR标记的发展 | 第20-21页 |
| 2．棉花SSR标记的应用 | 第21-22页 |
| 2．1 构建分子遗传图谱 | 第21页 |
| 2．2 重要农艺性状QTL筛选 | 第21-22页 |
| 2．3 用于遗传多样性研究及种质鉴定 | 第22页 |
| 2．4 用于棉花的起源进化研究 | 第22页 |
| 3. 棉花SSR标记研究展望 | 第22-24页 |
| 第三章 单核苷酸多态性及其研究进展 | 第24-31页 |
| 1．SNP的概念及特点 | 第24-25页 |
| 2．SNP的发现和检测 | 第25-28页 |
| 2．1 SNP的发现 | 第25-26页 |
| 2．2 SNP的检测 | 第26-28页 |
| 2．2．1 直接测序法 | 第26页 |
| 2．2．2 阵列杂交法 | 第26-27页 |
| 2．2．3 变性高效液相色谱技术 | 第27页 |
| 2．2．4 基因芯片技术 | 第27页 |
| 2．2．5 基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱技术 | 第27-28页 |
| 2．2．6 同源杂交 | 第28页 |
| 2．2．7 限制性酶切法 | 第28页 |
| 3．SNP在植物遗传研究中的应用 | 第28-30页 |
| 3．1 SNP用作遗传标记 | 第28-29页 |
| 3．2 SNP用于绘制EST图谱 | 第29页 |
| 3．3 SNP用于遗传图谱和物理图谱的整合 | 第29-30页 |
| 3．4 SNP用于QTL定位 | 第30页 |
| 4．展望 | 第30-31页 |
| 第四章 棉属的起源与进化 | 第31-38页 |
| 1．二倍体棉种的起源与进化 | 第31-32页 |
| 1．1 二倍体棉种的起源 | 第31页 |
| 1．2 染色体基数的来源 | 第31页 |
| 1．3 棉属染色体间的进化关系 | 第31-32页 |
| 2．四倍体棉种的起源与进化 | 第32-34页 |
| 2．1 四倍体棉种的起源 | 第32-33页 |
| 2．2 四倍体棉种的供体种 | 第33-34页 |
| 2．2．1 异源四倍体棉种A染色体亚组的供体 | 第33页 |
| 2．2．2 异源四倍体棉种D染色体亚组的供体 | 第33-34页 |
| 3．棉属的分子进化 | 第34-37页 |
| 3．1 基于rDNA的分子进化研究 | 第34-35页 |
| 3．2 基于图谱的分子进化研究 | 第35-36页 |
| 3．3 基于核基因的分子进化研究 | 第36-37页 |
| 3．4 基于DNA标记的分子进化研究 | 第37页 |
| 4．本研究的目的和意义 | 第37-38页 |
| 第二部分 研究报告 | 第38-97页 |
| 第五章 棉种微卫星序列变异和进化 | 第38-70页 |
| 1．材料和方法 | 第38-40页 |
| 1．1 试验材料 | 第38-39页 |
| 1．2 试验方法 | 第39-40页 |
| 1．2．1 DNA提取及SSR-PCR扩增 | 第39页 |
| 1．2．2 目标DNA片段的回收、连接、转化、测序 | 第39-40页 |
| 1．2．3 序列分析 | 第40页 |
| 2．结果与分析 | 第40-67页 |
| 2．1 棉种SSR位点序列变异 | 第40-63页 |
| 2．1．1 编码区SSR位点序列变异 | 第40-52页 |
| 2．1．1．1 扩增产物分子量变异 | 第40-41页 |
| 2．1．1．2 微卫星重复基元变异 | 第41-50页 |
| 2．1．1．3 不同优质品系材料间和不同推广品种间SSR基元变异 | 第50页 |
| 2．1．1．4 不同野生种系间SSR基元变异 | 第50-51页 |
| 2．1．1．5 同源异型现象 | 第51-52页 |
| 2．1．2 基因组SSR位点序列变异 | 第52-60页 |
| 2．1．2．1 扩增产物分子量变异 | 第52-53页 |
| 2．1．2．2 微卫星重复基元变异 | 第53-59页 |
| 2．1．2．3 不同优质品系材料间和不同推广品种间SSR基元变异 | 第59-60页 |
| 2．1．2．4 不同野生种系间SSR基元变异 | 第60页 |
| 2．1．2．5 同源异型现象 | 第60页 |
| 2．1．3 编码区和基因组SSR位点序列变异比较 | 第60-63页 |
| 2．1．3．1 扩增产物分子量变异比较 | 第61页 |
| 2．1．3．2 微卫星重复基元变异比较 | 第61-62页 |
| 2．1．3．3 不同优质品系材料间和不同推广品种间SSR基元变异比较 | 第62页 |
| 2．1．3．4 不同野生种系间SSR基元变异 | 第62-63页 |
| 2．1．3．5 同源异型现象比较 | 第63页 |
| 2．2 棉种微卫星序列进化 | 第63-67页 |
| 2．2．1 EST-SSR序列进化 | 第63-65页 |
| 2．2．2 基因组SSR序列进化 | 第65-67页 |
| 2．2．3 EST-SSR和基因组SSR序列进化比较 | 第67页 |
| 3．讨论 | 第67-70页 |
| 3．1 单扩增产物和双扩增产物 | 第67-68页 |
| 3．2 微卫星区的插入缺失突变 | 第68页 |
| 3．3 利用SSR评价遗传多态性 | 第68-69页 |
| 3．4 四倍体棉种中A、D染色体组的进化 | 第69-70页 |
| 第六章 栽培品种和优质棉品系微卫星侧翼序列单核苷酸多态性研究 | 第70-80页 |
| 1．材料和方法 | 第70-71页 |
| 1．1 试验材料 | 第70页 |
| 1．2 试验方法 | 第70-71页 |
| 1．2．1 DNA提取及SSR-PCR扩增 | 第70-71页 |
| 1．2．2 目标DNA片段的回收、连接、转化、测序 | 第71页 |
| 1．2．3 序列分析 | 第71页 |
| 2．结果与分析 | 第71-78页 |
| 2．1 长江流域栽培棉种微卫星侧翼序列SNP比较 | 第71-73页 |
| 2．2 黄淮流域栽培棉种微卫星侧翼序列SNP比较 | 第73-75页 |
| 2．3 不同优质棉品系微卫星侧翼序列SNP比较 | 第75-78页 |
| 3．讨论 | 第78-80页 |
| 3．1 四倍体栽培棉种微卫星侧翼序列的保守性 | 第78页 |
| 3．2 四倍体栽培棉种微卫星侧翼序列SNP频率 | 第78-79页 |
| 3．3 SNP用于加密遗传图谱 | 第79-80页 |
| 第七章 二倍体棉种EST-SSR位点序列变异和进化 | 第80-97页 |
| 1．材料和方法 | 第80-82页 |
| 1．1 试验材料 | 第80页 |
| 1．2 试验方法 | 第80-82页 |
| 2．结果与分析 | 第82-95页 |
| 2．1 二倍体棉种EST-SSR位点序列变异 | 第82-90页 |
| 2．1．1 扩增产物分子量变异 | 第82-84页 |
| 2．1．2 微卫星重复基元变异 | 第84-87页 |
| 2．1．3 同源异型现象 | 第87-90页 |
| 2．2 二倍体棉种EST-SSR位点序列进化 | 第90-95页 |
| 2．2．1 二倍体棉种EST-SSR位点侧翼序列聚类结果 | 第90-93页 |
| 2．2．2 二倍体棉种不同染色体组的进化 | 第93-95页 |
| 3．讨论 | 第95-97页 |
| 3．1 关于没有扩增产物和双扩增产物的现象 | 第95页 |
| 3．2 棉种染色体组聚类不完全的现象 | 第95-97页 |
| 全文结论 | 第97-99页 |
| 参考文献 | 第99-108页 |
| 致谢 | 第108页 |
