| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-15页 |
| 第1章 绪论 | 第15-33页 |
| ·课题的研究背景 | 第15-16页 |
| ·人类基因组计划与后基因组时代 | 第15页 |
| ·蛋白质组学 | 第15-16页 |
| ·生物信息学 | 第16页 |
| ·课题研究的目的和意义 | 第16-18页 |
| ·研究现状 | 第18-29页 |
| ·蛋白质无序区预测研究现状 | 第18-22页 |
| ·蛋白质远程同源性检测和折叠识别研究现状 | 第22-24页 |
| ·蛋白质相互作用位点预测研究现状 | 第24-29页 |
| ·本文的研究内容及创新点 | 第29-31页 |
| ·研究内容概述 | 第29-31页 |
| ·本文的主要创新点 | 第31页 |
| ·本文的内容安排 | 第31-33页 |
| 第2章 基于排序谱长无序区倾向性与PSSM 的蛋白质长无序区域预测 | 第33-51页 |
| ·引言 | 第33-34页 |
| ·频率谱 | 第34-36页 |
| ·频率谱转化为排序谱 | 第36-39页 |
| ·排序谱长无序区倾向性计算方法 | 第39-40页 |
| ·位置特异性分数矩阵(PSSM) | 第40-41页 |
| ·预测方法 | 第41-42页 |
| ·实验结果与讨论 | 第42-50页 |
| ·数据集 | 第42-43页 |
| ·评价指标 | 第43-44页 |
| ·氨基酸长无序区倾向性 | 第44-45页 |
| ·排序谱长无序区倾向性 | 第45-46页 |
| ·参数优化和五份交叉验证 | 第46-47页 |
| ·预测示例 | 第47-48页 |
| ·独立测试 | 第48-50页 |
| ·本章小结 | 第50-51页 |
| 第3章 基于Top-n-gram 的蛋白质远程同源性检测和折叠识别 | 第51-74页 |
| ·引言 | 第51-53页 |
| ·Top-n-gram | 第53-54页 |
| ·预测方法 | 第54-60页 |
| ·创建支持向量机分类器 | 第54-59页 |
| ·潜在语义分析 | 第59-60页 |
| ·实验结果与分析 | 第60-73页 |
| ·数据集 | 第60-61页 |
| ·评价指标 | 第61页 |
| ·统计检验 | 第61-62页 |
| ·实验结果 | 第62-63页 |
| ·实验结果分析 | 第63-68页 |
| ·时间复杂度 | 第68-70页 |
| ·Top-n-gram 和蛋白质家族之间的关系 | 第70-72页 |
| ·讨论 | 第72-73页 |
| ·本章小结 | 第73-74页 |
| 第4章 基于排序谱相互作用位点倾向性的蛋白质相互作用位点预测 | 第74-89页 |
| ·引言 | 第74-75页 |
| ·排序谱相互作用位点倾向性计算方法 | 第75页 |
| ·蛋白质相互作用位点预测方法 | 第75-77页 |
| ·三种相互作用位点倾向性比较 | 第77-82页 |
| ·氨基酸相互作用位点倾向性 | 第77-79页 |
| ·二进制谱相互作用位点倾向性 | 第79页 |
| ·排序谱相互作用位点倾向性 | 第79-82页 |
| ·实验结果与分析 | 第82-88页 |
| ·实验数据集的建立方法 | 第82-83页 |
| ·评估准则 | 第83-84页 |
| ·四类复合物数据集实验结果 | 第84-85页 |
| ·相互作用位点预测实例 | 第85-87页 |
| ·对比实验 | 第87-88页 |
| ·本章小结 | 第88-89页 |
| 第5章 基于隐马尔可夫支持向量机的蛋白质相互作用位点预测 | 第89-110页 |
| ·引言 | 第89-90页 |
| ·隐马尔可夫支持向量机 | 第90-93页 |
| ·基于HM-SVM 的蛋白质相互作用位点预测 | 第93-96页 |
| ·特征的定义 | 第93-95页 |
| ·对比实验步骤 | 第95页 |
| ·五份交叉验证 | 第95-96页 |
| ·实验结果与分析 | 第96-109页 |
| ·数据集 | 第96-97页 |
| ·基本特征集上各种方法性能比较 | 第97-101页 |
| ·训练样本数量对预测结果的影响 | 第101-103页 |
| ·临近氨基酸的信息对预测效果的影响 | 第103页 |
| ·滑动窗口对实验结果的影响 | 第103-104页 |
| ·预测实例 | 第104-106页 |
| ·使用排序谱相互作用位点倾向性的HM-SVM | 第106-107页 |
| ·讨论 | 第107-109页 |
| ·本章小结 | 第109-110页 |
| 结论 | 第110-112页 |
| 参考文献 | 第112-127页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第127-129页 |
| 致谢 | 第129-131页 |
| 个人简历 | 第131页 |
