| 高通量靶向测序对中国散发非综合征型先天性心脏病儿童的基因突变筛查研究 | 第6-111页 |
| 中文摘要Ⅰ | 第6-8页 |
| 英文摘要Ⅰ | 第8-10页 |
| 前言 | 第10-13页 |
| 第一部分 非综合征型先天性心脏病样本DNA提取、建库、杂交捕获及上机测序 | 第13-50页 |
| 1. 实验材料 | 第13-22页 |
| 1.1 主要器材 | 第13-14页 |
| 1.2 主要试剂 | 第14-16页 |
| 1.3 常规溶液配制 | 第16页 |
| 1.4 主要耗材 | 第16页 |
| 1.5 研究对象 | 第16-20页 |
| 1.6 靶向捕获基因 | 第20-22页 |
| 2. 实验方法 | 第22-34页 |
| 2.1 本部分的技术路线见图1 | 第22页 |
| 2.2 外周血样本采集 | 第22-23页 |
| 2.3 外周血基因组DNA提取 | 第23页 |
| 2.4 基因组DNA质控 | 第23-24页 |
| 2.5 冻存白细胞 | 第24页 |
| 2.6 外周血冻存 | 第24页 |
| 2.7 SureSelect XT靶向富集系统-文库制备 | 第24-29页 |
| 2.8 SureSelect XT靶向富集系统-杂交捕获 | 第29-33页 |
| 2.9 cBot簇扩增 | 第33-34页 |
| 2.10 Illumina Hiseq4000上机测序 | 第34页 |
| 3. 实验结果 | 第34-50页 |
| 3.1 Agilent捕获探针设计 | 第34-44页 |
| 3.2 NS-CHD患者血液及白细胞样本库 | 第44页 |
| 3.3 基因组DNA质检 | 第44-46页 |
| 3.4 基因组DNA超声化片段 | 第46-47页 |
| 3.5 基因组DNA文库制备 | 第47-48页 |
| 3.6 杂交捕获后文库质检 | 第48-49页 |
| 3.7 文库均一化 | 第49-50页 |
| 第二部分 非综合征型先天性心脏病高通量测序生物信息学分析 | 第50-72页 |
| 1. 实验材料 | 第50-52页 |
| 1.1 主要生物信息学分析软件 | 第50页 |
| 1.2 注释数据库 | 第50-52页 |
| 2. 实验方法 | 第52-59页 |
| 2.1 原始数据预处理及质量控制 | 第53页 |
| 2.2 人类参考基因组比对 | 第53页 |
| 2.3 GATK变异检测 | 第53-58页 |
| 2.4 Annovar变异注释 | 第58页 |
| 2.5 突变频率、区域以及功能结果筛选 | 第58-59页 |
| 3. 实验结果 | 第59-72页 |
| 3.1 测序数据质量统计 | 第59-60页 |
| 3.2 原始数据过滤结果 | 第60-67页 |
| 3.2.1 FASTQC质控报告 | 第61-67页 |
| 3.3 BWA-MEM参考基因组比对 | 第67页 |
| 3.4 SNVs和Indels检出分布 | 第67-70页 |
| 3.5 SNVs和Indels突变类型 | 第70页 |
| 3.6 SNVs和Indels初级筛选 | 第70-72页 |
| 第三部分 非综合征型先天性心脏病高通量测序有害性突变筛选及分析 | 第72-100页 |
| 1. 实验材料 | 第72页 |
| 1.1 分析软件及仪器 | 第72页 |
| 2. 实验方法 | 第72-77页 |
| 2.1 有害性突变筛选技术方法 | 第72-73页 |
| 2.2 千人基因组东亚人对照数据 | 第73-76页 |
| 2.3 蛋白质结构功能预测 | 第76-77页 |
| 2.4 统计分析 | 第77页 |
| 3. 实验结果 | 第77-100页 |
| 3.1 编码区非同义突变筛选 | 第77-79页 |
| 3.2 NS-CHD已知致病关联基因上的LoF突变 | 第79-90页 |
| 3.3 NS-CHD已知致病关联基因上的罕见错义突变 | 第90-92页 |
| 3.4 NS-CHD已知致病关联基因的人群突变频率 | 第92-95页 |
| 3.5 19个NS-CHD已知致病关联基因的基因型表型关联 | 第95-97页 |
| 3.6 NS-CHD候选基因上的LoF突变和罕见错义突变 | 第97-99页 |
| 3.7 NS-CHD群体拷贝数变异 | 第99-100页 |
| 讨论 | 第100-104页 |
| 结论 | 第104-105页 |
| 参考文献 | 第105-111页 |
| 第四部分 高通量靶向测序对家族性心肌病的基因突变筛查研究 | 第111-142页 |
| 中文摘要Ⅱ | 第111-113页 |
| 英文摘要Ⅱ | 第113-115页 |
| 前言 | 第115-119页 |
| 1. 实验材料 | 第119-124页 |
| 1.1 主要器材 | 第119页 |
| 1.2 主要试剂 | 第119页 |
| 1.3 常规溶液配制 | 第119页 |
| 1.4 主要耗材 | 第119页 |
| 1.5 研究对象 | 第119-123页 |
| 1.6 靶向捕获基因 | 第123-124页 |
| 2. 实验方法 | 第124页 |
| 3. 实验结果 | 第124-134页 |
| 3.1 遗传性心肌病家系1致病突变筛选 | 第124-126页 |
| 3.2 遗传性心肌病家系2致病突变筛选 | 第126-128页 |
| 3.3 遗传性心肌病家系3致病突变筛选 | 第128-130页 |
| 3.4 45例散发心肌病致病突变筛选 | 第130-132页 |
| 3.5 诊断率 | 第132-134页 |
| 讨论 | 第134-136页 |
| 结论 | 第136-137页 |
| 参考文献 | 第137-142页 |
| 论文综述 | 第142-169页 |
| 先天性心脏病遗传学病因的研究进展 | 第142-157页 |
| 参考文献 | 第151-157页 |
| 高通量测序技术的研究进展 | 第157-169页 |
| 参考文献 | 第167-169页 |
| 附录 | 第169-173页 |
| 1. 缩略词 | 第169-170页 |
| 2. 常染色体显性单基因遗传病BpG打分细则 | 第170-172页 |
| 3. 博士期间参与科研项目和主要学术成果 | 第172-173页 |
| 致谢 | 第173-175页 |
