| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第1章 绪论 | 第9-13页 |
| 1.1 研究背景 | 第9-11页 |
| 1.2 研究内容与意义 | 第11页 |
| 1.3 论文结构 | 第11-13页 |
| 第2章 背景知识介绍 | 第13-19页 |
| 2.1 引言 | 第13页 |
| 2.2 高通量DNA数据的存储格式 | 第13-14页 |
| 2.3 高通量DNA数据的压缩技术 | 第14-18页 |
| 2.3.1 基于参考基因组的DNA序列压缩 | 第14-16页 |
| 2.3.2 非参考基因组的DNA序列压缩 | 第16-17页 |
| 2.3.3 两类比对方法 | 第17页 |
| 2.3.4 基于GPU的DNA序列比对方法 | 第17-18页 |
| 2.4 本章小结 | 第18-19页 |
| 第3章 GACcomp工具——基于GPU的算术编码压缩工具 | 第19-30页 |
| 3.1 引言 | 第19页 |
| 3.2 GACcomp工具设计原理及实现 | 第19-25页 |
| 3.2.1 GACcomp工具总体框架 | 第19-20页 |
| 3.2.2 模板链算法原理 | 第20-22页 |
| 3.2.3 稀疏索引算法原理 | 第22-23页 |
| 3.2.4 算术编码在GPU中的实现 | 第23-25页 |
| 3.3 测试实验 | 第25-29页 |
| 3.3.1 测试实验设计 | 第25-26页 |
| 3.3.2 实验结果及分析 | 第26-29页 |
| 3.4 本章小结 | 第29-30页 |
| 第4章 gFQZip工具——基于GPU加速和参考基因组的压缩工具 | 第30-41页 |
| 4.1 引言 | 第30页 |
| 4.2 gFQZip工具算法设计 | 第30-37页 |
| 4.2.1 gFQZip工具总体框架 | 第30-32页 |
| 4.2.2 稀疏索引算法原理在GPU实现 | 第32-33页 |
| 4.2.3 编码方法在GPU中的实现 | 第33-35页 |
| 4.2.4 长读数据处理及参数可调化设计 | 第35-37页 |
| 4.3 测试实验 | 第37-40页 |
| 4.3.1 测试实验设计 | 第37页 |
| 4.3.2 实验结果及分析 | 第37-40页 |
| 4.4 本章小结 | 第40-41页 |
| 第5章 总结与展望 | 第41-43页 |
| 5.1 研究工作总结 | 第41-42页 |
| 5.2 未来研究工作展望 | 第42-43页 |
| 参考文献 | 第43-46页 |
| 附录 | 第46-49页 |
| 致谢 | 第49-50页 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 | 第50页 |