| 摘要 | 第3-4页 |
| abstract | 第4页 |
| 第1章 文献综述 | 第7-17页 |
| 1.1 蛋白质与DNA相互作用的研究进展 | 第7-11页 |
| 1.2 乳酸菌耐酸机制的研究进展 | 第11-12页 |
| 1.3 转录因子CodY介绍 | 第12-13页 |
| 1.4 模拟方法简介 | 第13-15页 |
| 1.4.1 同源模建技术 | 第14页 |
| 1.4.2 分子对接技术 | 第14-15页 |
| 1.4.3 分子动力学模拟技术 | 第15页 |
| 1.5 研究内容与意义 | 第15-17页 |
| 第2章 CodY与DNA作用机制的分子模拟研究 | 第17-39页 |
| 2.1 引言 | 第17页 |
| 2.2 理论与方法 | 第17-20页 |
| 2.2.1 硬件平台 | 第17-18页 |
| 2.2.2 软件平台 | 第18-19页 |
| 2.2.3 蛋白质、DNA模型的构建 | 第19-20页 |
| 2.2.4 分子对接 | 第20页 |
| 2.2.5 分子动力学模拟 | 第20页 |
| 2.2.6 结合自由能的计算和能量分解 | 第20页 |
| 2.3 试验过程 | 第20-22页 |
| 2.3.1 CodY蛋白模型的准备 | 第20-21页 |
| 2.3.2 DNA模型的准备 | 第21页 |
| 2.3.3 CodY与DNA的分子对接 | 第21-22页 |
| 2.3.4 CodY-DNA复合物体系的分子动力学模拟 | 第22页 |
| 2.3.5 结合自由能计算和能量分解 | 第22页 |
| 2.4 结果分析 | 第22-35页 |
| 2.4.1 CodY的模建结果讨论 | 第22-25页 |
| 2.4.2 CodY蛋白与DNA的对接结果 | 第25-27页 |
| 2.4.3 CodY-DNA复合物体系的分子动力学模拟结果 | 第27-35页 |
| 2.5 本章小结 | 第35-39页 |
| 第3章 CodY与BCAA作用机制的分子模拟研究 | 第39-49页 |
| 3.1 引言 | 第39页 |
| 3.2 理论与方法 | 第39-40页 |
| 3.2.1 硬件平台 | 第39-40页 |
| 3.2.2 软件平台 | 第40页 |
| 3.3 试验过程 | 第40-42页 |
| 3.3.1 CodY蛋白和BCAA模型的准备 | 第40页 |
| 3.3.2 CodY与BCAA的第一次分子对接 | 第40-41页 |
| 3.3.3 CodY与BCAA的第二次分子对接 | 第41页 |
| 3.3.4 CodY与BCAA复合物的分子动力学模拟 | 第41页 |
| 3.3.5 能量分解 | 第41-42页 |
| 3.4 结果分析 | 第42-46页 |
| 3.4.1 CodY-BCAA对接结果 | 第42-43页 |
| 3.4.2 CodY-BCAA复合物体系的动力学模拟结果 | 第43-46页 |
| 3.5 本章小结 | 第46-49页 |
| 第4章 CodY-BCAA与DNA作用机制的分子模拟研究 | 第49-63页 |
| 4.1 前言 | 第49页 |
| 4.2 理论与方法 | 第49页 |
| 4.2.1 硬件平台 | 第49页 |
| 4.2.2 软件平台 | 第49页 |
| 4.3 试验过程 | 第49-50页 |
| 4.3.1 模型的准备 | 第49页 |
| 4.3.2 CodY-BCAA与DNA的分子对接 | 第49-50页 |
| 4.3.3 CodY-BCAA-DNA体系的分子动力学模拟 | 第50页 |
| 4.3.4 结合自由能计算和能量分解 | 第50页 |
| 4.4 结果分析 | 第50-61页 |
| 4.4.1 分子对接结果 | 第50-52页 |
| 4.4.2 CodY-BCAA-DNA体系的分子动力学模拟结果 | 第52-61页 |
| 4.5 本章小结 | 第61-63页 |
| 第5章 结论 | 第63-65页 |
| 参考文献 | 第65-73页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第73-75页 |
| 致谢 | 第75页 |
