| 摘要 | 第5-6页 |
| abstract | 第6-7页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-22页 |
| 1.1 模式作物玉米 | 第10页 |
| 1.2 长链非编码RNA | 第10-14页 |
| 1.2.1 长链非编码RNA的研究进展 | 第10-14页 |
| 1.2.2 LincRNA的研究方法 | 第14页 |
| 1.3 转录组数据分析 | 第14-18页 |
| 1.3.1 转录组数据 | 第14-15页 |
| 1.3.2 共表达分析 | 第15-17页 |
| 1.3.3 转录因子 | 第17-18页 |
| 1.4 全基因组关联分析 | 第18-20页 |
| 1.5 研究的目的与意义 | 第20-22页 |
| 第二章 玉米全基因组鉴定LINCRNA及其功能预测 | 第22-52页 |
| 2.1 前言 | 第22页 |
| 2.2 材料与方法 | 第22-28页 |
| 2.2.1 数据的收集和处理 | 第22-23页 |
| 2.2.2 lincRNA的鉴定 | 第23-24页 |
| 2.2.3 lincRNA和其邻近基因的表达模式分析 | 第24页 |
| 2.2.4 lincRNA的位置保守性和序列保守性的分析 | 第24-25页 |
| 2.2.5 lincRNA的组织特异性表达分析 | 第25页 |
| 2.2.6 差异表达基因分析 | 第25页 |
| 2.2.7 功能富集分析(GO分析) | 第25页 |
| 2.2.8 干旱条件下共表达网络的构建 | 第25-26页 |
| 2.2.9 干旱胁迫下核心基因的分析 | 第26页 |
| 2.2.10 核心lincRNA与转录因子的关系 | 第26页 |
| 2.2.11 lincRNA与重要农艺性状的关系 | 第26-28页 |
| 2.2.12 qRT-PCR验证响应干旱胁迫的lincRNA及其共表达的编码基因 | 第28页 |
| 2.3 结果与分析 | 第28-49页 |
| 2.3.1 玉米全基因组lincRNA的鉴定 | 第28-31页 |
| 2.3.2 玉米lincRNA的基本特征 | 第31-37页 |
| 2.3.3 基因组位置分析：lincRNA与毗邻基因 | 第37-39页 |
| 2.3.4 玉米lincRNA的位置保守性和序列保守性 | 第39-41页 |
| 2.3.5 差异表达基因分析 | 第41-42页 |
| 2.3.6 共表达网络的构建与分析 | 第42-46页 |
| 2.3.7 通过定量PCR验证响应干旱的共表达lincRNA-编码基因对 | 第46-48页 |
| 2.3.8 lincRNA与复杂农艺性状的关联分析 | 第48-49页 |
| 2.4 讨论 | 第49-52页 |
| 2.4.1 玉米中lincRNA的鉴定及特征分析 | 第50页 |
| 2.4.2 差异表达的lincRNA和共表达网络 | 第50-51页 |
| 2.4.3 lincRNA与GWAS的关联分析 | 第51-52页 |
| 参考文献 | 第52-60页 |
| 附录 | 第60-67页 |
| 致谢 | 第67-68页 |
| 作者简介 | 第68页 |
