| 缩略词 | 第6-7页 |
| 论文摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 前言 | 第12-15页 |
| 材料和方法 | 第15-33页 |
| 1 材料 | 第15-19页 |
| 1.1 标本来源 | 第15页 |
| 1.2 菌株来源 | 第15-17页 |
| 1.2.1 人源非O157 STEC菌株 | 第15页 |
| 1.2.2 人源stx_(2e)阳性非O157 STEC全基因组测序菌株 | 第15-16页 |
| 1.2.3 其它来源非O157 STEC菌株 | 第16页 |
| 1.2.4 参考菌株 | 第16-17页 |
| 1.3 主要试剂、仪器以及培养基 | 第17-19页 |
| 1.3.1 主要试剂 | 第17-18页 |
| 1.3.2 实验主要仪器 | 第18页 |
| 1.3.3 实验主要培养基 | 第18-19页 |
| 2 方法 | 第19-33页 |
| 2.1 人源非O157 STEC菌株分析 | 第19-23页 |
| 2.1.1 人粪便标本STEC分离 | 第19-20页 |
| 2.1.2 菌株保存 | 第20页 |
| 2.1.3 菌株复苏 | 第20页 |
| 2.1.4 菌株基因组制备 | 第20页 |
| 2.1.5 STEC菌株血清型鉴定 | 第20-21页 |
| 2.1.6 毒力基因检测 | 第21-23页 |
| 2.1.7 MLST分析 | 第23页 |
| 2.2 STEC413和STEC509菌株分析 | 第23-29页 |
| 2.2.1 基于系统发生树的stx_(2e)亚型分析 | 第23页 |
| 2.2.2 菌株总RNA提取 | 第23-24页 |
| 2.2.3 反转录实时荧光定量PCR (qRT-PCR)测定stx_2转录 | 第24-25页 |
| 2.2.4 菌株对Vero细胞的细胞毒性检测 | 第25-26页 |
| 2.2.5 全基因组测序—菌株基因组的提取、测序和组装 | 第26页 |
| 2.2.6 Stx前噬菌体序列分析 | 第26-27页 |
| 2.2.7 基于菌株全基因组的系统发生分析 | 第27-29页 |
| 2.3 非O157产志贺毒素大肠埃希菌肠溶血素基因(ehxA)遗传多样性检测 | 第29-33页 |
| 2.3.1 ehxA 阳性菌株筛查 | 第29页 |
| 2.3.2 ehxA阳性菌株溶血能力检测 | 第29-30页 |
| 2.3.3 ehxA基因全长序列测定 | 第30页 |
| 2.3.4 基于ehxA基因全长序列的进化分析 | 第30页 |
| 2.3.5 细菌全基因组框架图测序 | 第30-31页 |
| 2.3.6 质粒不相容群(Rep/Inc)分析 | 第31页 |
| 2.3.7 实验结果统计分析 | 第31-32页 |
| 2.3.8 ehxA基因GenBank序列号 | 第32-33页 |
| 结果 | 第33-58页 |
| 1 27株人源非O157 STEC分离株特征 | 第33-37页 |
| 1.1 菌株分离结果 | 第33页 |
| 1.2 分离株血清型鉴定结果 | 第33页 |
| 1.3 分离株携带stx及stx_1/stx_2亚型情况 | 第33-34页 |
| 1.4 分离株毒力基因携带情况 | 第34页 |
| 1.5 分离株粘附相关基因携带情况 | 第34-36页 |
| 1.6 多位点序列分型(MLST)分析结果 | 第36-37页 |
| 2 2株人源产stx_(2e)型非O157 STEC菌株分析 | 第37-48页 |
| 2.1 人来源stx_(2e)阳性的STEC菌株在中国的流行情况 | 第37-38页 |
| 2.2 菌株STEC413和STEC509的血清型和stx基因分型 | 第38-40页 |
| 2.3 Stx_(2e)的表达和细胞毒性分析 | 第40-41页 |
| 2.3.1 Stx2e诱导性(转录水平)分析 | 第40-41页 |
| 2.3.2 Stx2e细胞毒性分析 | 第41页 |
| 2.4 菌株STEC413和STEC509的全基因组特征 | 第41-42页 |
| 2.5 Stx2e噬菌体特征分析 | 第42-46页 |
| 2.6 菌株STEC413和STEC509的全基因组进化分析 | 第46-48页 |
| 3 非O157 STEC肠溶血素基因(ehxA)分析 | 第48-58页 |
| 3.1 434株非O157 STEC菌株中ehxA基因检出率 | 第48-49页 |
| 3.2 ehxA基因和ehxCABD基因簇的多样性分析 | 第49-50页 |
| 3.3 基于ehxA全长序列的进化分析 | 第50-52页 |
| 3.4 STEC菌株来源与ehxA组别间的关系 | 第52-53页 |
| 3.5 STEC血清群与ehxA组别之间的关系 | 第53-55页 |
| 3.6 肠溶血素(ehxA)基因与其它毒力基因之间的相关性 | 第55-56页 |
| 3.7 ehxA与溶血活性 | 第56-57页 |
| 3.8 ehxA阳性非O157 STEC菌株中的质粒不相容性(Inc)/复制子(Rep)分析 | 第57-58页 |
| 讨论 | 第58-63页 |
| 参考文献 | 第63-68页 |
| 硕士研究生在读期间发表文章目录 | 第68-70页 |
| 附件 | 第70-84页 |
| 致谢 | 第84页 |
