| Abstract | 第11-12页 |
| 中文摘要 | 第13-15页 |
| Chapter 1 - Literature review | 第15-80页 |
| 1.1 Introduction | 第15-18页 |
| 1.2 The developing goat industry in China and the importance of parasites | 第18-20页 |
| 1.3 Key parasitic helminths of goats and their biology | 第20-21页 |
| 1.4 The pathogenesis of diseases and clinical manifestation of parasitic helminths infections/diseases | 第21-40页 |
| 1.4.1 Haemonchus contortus | 第21-32页 |
| 1.4.2 Ostertagia species | 第32页 |
| 1.4.3 Teladorsagia circumcincta | 第32-33页 |
| 1.4.4 Trichostrongylus colubriformis | 第33页 |
| 1.4.5 Cooperia species | 第33-34页 |
| 1.4.6 Bunostomum trigonocephalum | 第34页 |
| 1.4.7 Oesophagostomum columbianum | 第34-35页 |
| 1.4.8 Oesophagostomum asperum | 第35页 |
| 1.4.9 Trichuris species | 第35页 |
| 1.4.10 Paramphistomum cervi | 第35-36页 |
| 1.4.11 Fischoederius elongatus | 第36页 |
| 1.4.12 Gastrothylax crumenifer | 第36页 |
| 1.4.13 Homalogaster paloniae | 第36-37页 |
| 1.4.14 Fasciola hepatica | 第37页 |
| 1.4.15 Fasciola gigantica | 第37-38页 |
| 1.4.16 Dicrocoelium dendriticum | 第38页 |
| 1.4.17 Eurytrema pancreaticum | 第38页 |
| 1.4.18 Taenia hydatigena | 第38-39页 |
| 1.4.19 Moniezia expansa | 第39-40页 |
| 1.5 Diagnosis of parasitic helminths infections/diseases of goats | 第40-55页 |
| 1.5.1 Diagnostic methods based on clinical symptoms of animals | 第40-41页 |
| 1.5.2 Faecal egg counts | 第41-42页 |
| 1.5.3 Larval culture | 第42-44页 |
| 1.5.4 Immunological methods | 第44-45页 |
| 1.5.5 Post-mortem diagnosis | 第45页 |
| 1.5.6 Molecular methods | 第45-55页 |
| 1.5.6.1 PCR and sequencing | 第46-48页 |
| 1.5.6.2 Isothermal amplification techniques | 第48-49页 |
| 1.5.6.3 Characterisation of parasitic helminths using mitochondrial genome | 第49-55页 |
| 1.6 Epidemiology of parasitic helminths infections/diseases of goats | 第55-57页 |
| 1.7 Current treatment and control strategies in China | 第57-69页 |
| 1.7.1 Vaccine | 第57-68页 |
| 1.7.2 Anthelmintics | 第68页 |
| 1.7.3 Management | 第68-69页 |
| 1.8 Drug resistance in parasitic helminths of goats in China | 第69-78页 |
| 1.8.1 Mechanism of drug resistance | 第70-72页 |
| 1.8.1.1 Mechanism of benzimidazole resistance | 第70页 |
| 1.8.1.2 Mechanism of imidazothiazoles resistance | 第70-71页 |
| 1.8.1.3 Mechanism of macrocyclic lactones resistance | 第71-72页 |
| 1.8.1.4 Mechanism of amino-acetonitrile derivatives resistance | 第72页 |
| 1.8.1.5 Mechanism of cycloocta depsipeptides resistance | 第72页 |
| 1.8.2 Diagnostic methods for detecting drug resistance | 第72-75页 |
| 1.8.2.1 Faecal egg count reduction test | 第72-73页 |
| 1.8.2.2 Controlled test | 第73页 |
| 1.8.2.3 Egg hatch assay | 第73页 |
| 1.8.2.4 Larval development test | 第73-74页 |
| 1.8.2.5 Larval paralysis and migration test | 第74页 |
| 1.8.2.6 PCR-based method | 第74-75页 |
| 1.8.3 Current drug resistance in China | 第75-78页 |
| 1.9 Conclusions from the literature review, and aims of the thesis | 第78-80页 |
| Chapter 2 - Survey of parasitic helminths of goats along the Han River in Hubei Province, China | 第80-87页 |
| 2.1 Introduction | 第80页 |
| 2.2 Materials and methods | 第80-82页 |
| 2.2.1 Study area, animals and sample collection | 第80-81页 |
| 2.2.2 Conventional faecal examination | 第81页 |
| 2.2.3 Molecular diagnosis | 第81-82页 |
| 2.3 Results | 第82-86页 |
| 2.4 Discussion | 第86-87页 |
| Chapter 3 - Investigation of helminths of goats along the Dabie Mountain in Hubei Province | 第87-98页 |
| 3.1 Introduction | 第87-88页 |
| 3.2 Materials and methods | 第88-90页 |
| 3.2.1 Study area | 第88-89页 |
| 3.2.2 Post mortem examination | 第89-90页 |
| 3.2.3 Isolation of genomic DNA from parasites | 第90页 |
| 3.2.4 Molecular identification of gastrointestinal nematodes | 第90页 |
| 3.2.5 Molecular identification of trematodes | 第90页 |
| 3.3 Results | 第90-91页 |
| 3.4 Discussion | 第91-98页 |
| Chapter 4 - Genetical characterization of Fischoederius elongatus using mitochondrial genome sequencing | 第98-109页 |
| 4.1 Introduction | 第98-99页 |
| 4.2 Materials and methods | 第99-102页 |
| 4.2.1 Parasite collection and DNA isolation | 第99页 |
| 4.2.2 Amplification and sequencing of F. elongatus mt genome | 第99-101页 |
| 4.2.3 Sequence analyses | 第101页 |
| 4.2.4 Nucleotide variation analysis | 第101页 |
| 4.2.5 Phylogenetic analysis | 第101-102页 |
| 4.3 Results | 第102-108页 |
| 4.3.1 Features of the mt genome of F. elongatus | 第102-103页 |
| 4.3.2 Protein-coding genes | 第103-105页 |
| 4.3.3 Transfer RNA and ribosomal RNA genes | 第105页 |
| 4.3.4 Non-coding regions | 第105-106页 |
| 4.3.5 Nucleotide variability between F. elongatus and P. cervi | 第106-107页 |
| 4.3.6 Genetic relationships | 第107-108页 |
| 4.4 Discussion | 第108-109页 |
| Chapter 5 - Comparative analysis of the full mitochondrial genome of Gastrothylax crumenifer | 第109-122页 |
| 5.1 Introduction | 第109-110页 |
| 5.2 Materials and methods | 第110-113页 |
| 5.2.1 Parasites and DNA isolation | 第110页 |
| 5.2.2 Amplification and sequencing of G. crumenifer mt genome | 第110-111页 |
| 5.2.3 Sequence analyses | 第111页 |
| 5.2.4 Phylogenetic analysis | 第111-113页 |
| 5.3 Results | 第113-120页 |
| 5.3.1 Characteristics of the G. crumenifer mt genome | 第113-116页 |
| 5.3.2 Protein-coding genes | 第116页 |
| 5.3.3 Transfer RNA genes, ribosomal RNA genes and Non-coding regions | 第116-119页 |
| 5.3.4 Nucleotide variability | 第119页 |
| 5.3.5 Phylogenetic analyses | 第119-120页 |
| 5.4 Discussion | 第120-122页 |
| Chapter 6 - Characterization of the complete mitochondrial genome sequence of Homalogaster paloniae | 第122-134页 |
| 6.1 Introduction | 第122-123页 |
| 6.2 Materials and methods | 第123-125页 |
| 6.2.1 Parasites and DNA extraction | 第123页 |
| 6.2.2 PCR-coupled sequencing of H. paloniae mitochondrial genome | 第123-124页 |
| 6.2.3 Assembly, annotation and bioinformatics analyses | 第124页 |
| 6.2.4 Sliding window analysis of nucleotide variation | 第124页 |
| 6.2.5 Phylogenetic analysis | 第124-125页 |
| 6.3 Results | 第125-133页 |
| 6.3.1 Genome content and organization | 第125页 |
| 6.3.2 Annotation of H. paloniae mt genome | 第125-128页 |
| 6.3.3 Comparative analyses of the mt genomes | 第128-129页 |
| 6.3.4 Nucleotide variability | 第129-132页 |
| 6.3.5 Phylogenetic analyses | 第132-133页 |
| 6.4 Discussion | 第133-134页 |
| Chapter 7 - Development and evaluation of a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay for the detection of Haemonchus contortus in goat fecal samples | 第134-146页 |
| 7.1 Introduction | 第134-135页 |
| 7.2 Materials and methods | 第135-139页 |
| 7.2.1 Parasites and genomic DNA isolation | 第135-136页 |
| 7.2.2 LAMP primer design | 第136-137页 |
| 7.2.3 LAMP reaction | 第137-138页 |
| 7.2.4 PCR assay | 第138页 |
| 7.2.5 Assessment of nonspecific amplification and potential inhibition | 第138页 |
| 7.2.6 Statistical analysis | 第138-139页 |
| 7.3 Results | 第139-142页 |
| 7.3.1 Species identification | 第139页 |
| 7.3.2 Sensitivity of LAMP method | 第139-140页 |
| 7.3.3 Specificity of LAMP method | 第140-141页 |
| 7.3.4 Assessment of nonspecific amplification and potential inhibition | 第141-142页 |
| 7.3.5 Clinical sample detection | 第142页 |
| 7.4 Discussion | 第142-146页 |
| Chapter 8 - An investigation of anthelmintic resistance in worms of goats along the Han River in Hubei Province | 第146-155页 |
| 8.1 Introduction | 第146-147页 |
| 8.2 Materials and methods | 第147-149页 |
| 8.2.1 Study area | 第147页 |
| 8.2.2 Animal grouping | 第147-148页 |
| 8.2.3 Faecal egg count reduction test (FECRT) | 第148-149页 |
| 8.2.4 Post-mortem examination | 第149页 |
| 8.2.5 Deworming assays | 第149页 |
| 8.3 Results | 第149-152页 |
| 8.4 Discussion | 第152-155页 |
| Chapter 9 - Detection of anthelmintic resistance in gastrointestinal nematodes of Dabieshan Black Goats in Luotian, Hubei Province | 第155-162页 |
| 9.1 Introduction | 第155-156页 |
| 9.2 Materials and methods | 第156-158页 |
| 9.2.1 Experimental design | 第156-157页 |
| 9.2.2 Faecal egg count reduction test | 第157页 |
| 9.2.3 Statistical analysis | 第157页 |
| 9.2.4 Deworming assays | 第157-158页 |
| 9.2.5 Post-mortem examination | 第158页 |
| 9.3 Results | 第158-159页 |
| 9.4 Discussion | 第159-162页 |
| Chapter 10 - General discussion | 第162-166页 |
| Conclusion | 第166-168页 |
| References | 第168-225页 |
| Acknowledgements | 第225-227页 |
| Curriculum vitae | 第227-231页 |
