| 摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5页 |
| 第1章 绪论 | 第8-21页 |
| 1.1 课题背景及意义 | 第8-9页 |
| 1.2 阿尔兹海默症与lncRNA的国内外研究现状 | 第9-17页 |
| 1.2.1 阿尔兹海默症的国内外研究现状 | 第9-11页 |
| 1.2.2 lncRNA的国内外研究现状 | 第11-16页 |
| 1.2.3 lncRNA与阿尔兹海默症 | 第16-17页 |
| 1.3 编码-非编码基因共表达网络分析 | 第17-19页 |
| 1.3.1 编码-非编码基因共表达网络 | 第17-18页 |
| 1.3.2 功能和通路富集分析 | 第18-19页 |
| 1.4 本课题的研究内容和技术路线 | 第19-21页 |
| 1.4.1 本论文的研究内容 | 第19-20页 |
| 1.4.2 技术路线 | 第20-21页 |
| 第2章 实验材料与方法 | 第21-28页 |
| 2.1 实验材料 | 第21-23页 |
| 2.1.1 RNA-seq转录组数据来源 | 第21-22页 |
| 2.1.2 基因组注释信息来源 | 第22-23页 |
| 2.2 实验方法 | 第23-28页 |
| 2.2.1 RNA-seq转录组数据拼接 | 第23-24页 |
| 2.2.2 识别海马体组织中表达的lncRNA | 第24页 |
| 2.2.3 计算样本间的皮尔森相关系数 | 第24-25页 |
| 2.2.4 识别AD中差异表达的lncRNA | 第25-26页 |
| 2.2.5 构建lncRNA和编码基因共表达网络 | 第26-28页 |
| 第3章 基于海马体RNA-seq转录组数据识别lncRNA的研究 | 第28-34页 |
| 3.1 引言 | 第28页 |
| 3.2 RNA-seq转录组数据拼接 | 第28-31页 |
| 3.2.1 Tophat软件将转录本回帖到基因组 | 第28-30页 |
| 3.2.2 整合阿尔兹海默症和对照组的转录组数据 | 第30-31页 |
| 3.3 识别海马体组织中表达的lncRNA | 第31-33页 |
| 3.3.1 根据定义筛选lncRNA | 第31-32页 |
| 3.3.2 海马体中表达的lncRNA的保守性分析 | 第32-33页 |
| 3.3.3 lncRNA与LNCipedia数据库的比对 | 第33页 |
| 3.4 本章小结 | 第33-34页 |
| 第4章 lncRNA在AD中的差异表达分析和功能注释 | 第34-50页 |
| 4.1 引言 | 第34页 |
| 4.2 lncRNA在AD中的差异表达分析 | 第34-41页 |
| 4.2.1 阿尔兹海默症和对照组的皮尔森相关系数 | 第35-37页 |
| 4.2.2 Cuffdiff软件识别AD中差异表达的lncRNA | 第37页 |
| 4.2.3 R包DESeq识别AD中差异表达的lncRNA | 第37-39页 |
| 4.2.4 综合两种方法结果得到差异表达的lncRNA | 第39-41页 |
| 4.3 构建编码-非编码共表达网络注释lncRNA的功能 | 第41-48页 |
| 4.3.1 构建lncRNA-mRNA共表达网络 | 第41页 |
| 4.3.2 基于马尔可夫聚类对网络模块化以及可视化 | 第41-42页 |
| 4.3.3 lncRNA-mRNA共表达网络的模块分析 | 第42-44页 |
| 4.3.4 GO功能富集和KEGG通路富集分析 | 第44-48页 |
| 4.4 本章小结 | 第48-50页 |
| 结论 | 第50-52页 |
| 参考文献 | 第52-60页 |
| 附录 | 第60-66页 |
| 致谢 | 第66页 |
