| 摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-11页 |
| 第一章 前言 | 第18-33页 |
| 1 海洋微生物与生物地球化学循环 | 第18-23页 |
| 1.1 海洋微生物生态学简述 | 第18-19页 |
| 1.2 微生物介导的地球化学反应过程 | 第19-23页 |
| 1.2.1 微生物与海洋碳循环 | 第19-20页 |
| 1.2.2 微生物与海洋氮循环 | 第20-21页 |
| 1.2.3 微生物与海洋硫循环 | 第21-22页 |
| 1.2.4 微生物与海洋磷循环 | 第22-23页 |
| 1.3 微生物之间的共存模式 | 第23页 |
| 2 中国近海概述 | 第23-25页 |
| 2.1 渤黄海域环境概述 | 第23-24页 |
| 2.2 南海北部珠江口环境概述 | 第24-25页 |
| 3 国际大洋发现计划和南太平洋环流区概述 | 第25-27页 |
| 3.1 国际大洋发现计划（IODP） | 第25-26页 |
| 3.2 南太平洋环流区概述 | 第26-27页 |
| 4 海洋微生物多样性分析技术 | 第27-32页 |
| 4.1 传统非培养方法 | 第27-30页 |
| 4.1.1 克隆文库的构建 | 第27-28页 |
| 4.1.2 指纹图谱的构建 | 第28页 |
| 4.1.3 荧光定量 PCR（qPCR） | 第28-29页 |
| 4.1.4 荧光原位杂交（FISH）和催化报告沉积-荧光原位杂交（CARD-FISH） | 第29页 |
| 4.1.5 流式细胞仪技术 | 第29-30页 |
| 4.2 现代高通量测序技术 | 第30-32页 |
| 4.2.1 基于分子标记基因的高通量测序技术 | 第30页 |
| 4.2.2 宏基因组（Metagenome） | 第30-31页 |
| 4.2.3 宏转录组（Metatranscriptome） | 第31页 |
| 4.2.4 宏蛋白组（Metaproteome） | 第31-32页 |
| 5 本论文的研究目的和意义 | 第32-33页 |
| 第二章 溶解氧和营养盐依赖的珠江口浮游微生物群落分布特征 | 第33-66页 |
| 1 材料与方法 | 第34-40页 |
| 1.1 主要仪器 | 第34页 |
| 1.2 样品采集 | 第34-35页 |
| 1.3 样品处理 | 第35-36页 |
| 1.3.1 流式细胞仪计数 | 第35页 |
| 1.3.2 微生物群落结构分析 | 第35-36页 |
| 1.4 微微型浮游生物计数 | 第36页 |
| 1.5 微生物多样性分析 | 第36-40页 |
| 1.5.1 环境总 DNA 的提取 | 第36页 |
| 1.5.2 16S rRNA 基因片段的扩增 | 第36页 |
| 1.5.3 扩增子的纯化、定量以及测序 | 第36-37页 |
| 1.5.4 原始序列质量过滤以及 OTU 划分 | 第37-38页 |
| 1.5.5 生物信息学与统计学分析 | 第38-40页 |
| 2 实验结果 | 第40-60页 |
| 2.1 珠江口水体环境特征 | 第40页 |
| 2.2 微微型浮游生物的丰度 | 第40-42页 |
| 2.3 细菌多样性分析 | 第42-52页 |
| 2.3.1 测序统计、细菌多样性与丰富度指数 | 第42页 |
| 2.3.2 细菌群落组成 | 第42-48页 |
| 2.3.3 细菌群落结构 | 第48-49页 |
| 2.3.4 亚热带与温带河口细菌群落组成比较 | 第49-50页 |
| 2.3.5 细菌主要类群与环境因子的相关性 | 第50-52页 |
| 2.4 古菌多样性分析 | 第52-60页 |
| 2.4.1 测序统计、古菌多样性与丰富度指数 | 第52-54页 |
| 2.4.2 古菌群落组成 | 第54-58页 |
| 2.4.3 古菌群落结构 | 第58-60页 |
| 3 讨论 | 第60-66页 |
| 3.1 环境依赖的珠江口浮游微生物水平分布特征 | 第60-62页 |
| 3.2 环境依赖的珠江口浮游微生物垂直分布特征 | 第62-64页 |
| 3.3 缺氧对微生物群落组成的影响 | 第64-66页 |
| 第三章 珠江口沉积物微生物群落结构特征及其环境响应 | 第66-81页 |
| 1 材料与方法 | 第66-68页 |
| 1.1 样品采集 | 第66-67页 |
| 1.2 环境总 DNA 的提取 | 第67页 |
| 1.3 16S rRNA 基因片段的扩增、测序以及 OTU 的划分 | 第67页 |
| 1.4 生物信息学与统计学分析 | 第67-68页 |
| 1.4.1 序列标准化以及多样性分析 | 第67页 |
| 1.4.2 环境因素对群落结构的影响分析 | 第67页 |
| 1.4.3 统计学检验 | 第67-68页 |
| 2 实验结果 | 第68-77页 |
| 2.1 珠江口沉积物样本环境特征 | 第68页 |
| 2.2 细菌多样性分析 | 第68-73页 |
| 2.2.1 测序统计、细菌多样性与丰富度指数 | 第68-70页 |
| 2.2.2 细菌群落组成 | 第70页 |
| 2.2.3 不同类型样品细菌指示类群 | 第70-73页 |
| 2.3 古菌多样性分析 | 第73-75页 |
| 2.3.1 测序统计、古菌多样性与丰富度指数 | 第73页 |
| 2.3.2 古菌群落组成 | 第73-75页 |
| 2.3.3 不同类型样品古菌指示类群 | 第75页 |
| 2.4 微生物群落结构分析 | 第75-76页 |
| 2.5 微生物群落变化与环境因子的相关性 | 第76-77页 |
| 2.5.1 细菌群落变化与环境因子的相关性 | 第76-77页 |
| 2.5.2 古菌群落变化与环境因子的相关性 | 第77页 |
| 3 讨论 | 第77-81页 |
| 3.1 珠江口沉积物微生物群落的多样性指数 | 第77-78页 |
| 3.2 环境因素与珠江口沉积物微生物群落变化的相关性 | 第78-79页 |
| 3.3 珠江口沉积物微生物群落的分布模式 | 第79-81页 |
| 第四章 中国北部边缘海沉积物的微生物生物地理学分布 | 第81-99页 |
| 1 材料与方法 | 第81-85页 |
| 1.1 样品采集 | 第81-83页 |
| 1.2 qPCR 分析 | 第83-84页 |
| 1.2.1 环境总 DNA 的提取 | 第83页 |
| 1.2.2 qPCR | 第83-84页 |
| 1.3 微生物多样性分析 | 第84-85页 |
| 1.3.1 DNA 提取、16S rRNA 基因片段的扩增、测序以及 OTU 的划分 | 第84页 |
| 1.3.2 生物信息学与统计学分析 | 第84-85页 |
| 2 实验结果 | 第85-94页 |
| 2.1 中国北部边缘海沉积物样本环境特征 | 第85页 |
| 2.2 qPCR 分析 | 第85页 |
| 2.3 细菌多样性分析 | 第85-88页 |
| 2.3.1 测序统计、细菌多样性与丰富度指数 | 第85-86页 |
| 2.3.2 细菌群落组成 | 第86-88页 |
| 2.4 古菌多样性分析 | 第88-92页 |
| 2.4.1 测序统计、古菌多样性与丰富度指数 | 第88-91页 |
| 2.4.2 古菌群落组成 | 第91-92页 |
| 2.5 微生物群落结构分析 | 第92-93页 |
| 2.6 微生物地理分布与环境因子的相关性 | 第93-94页 |
| 2.6.1 细菌类群地理分布与环境因子的相关性 | 第93页 |
| 2.6.2 古菌类群地理分布与环境因子的相关性 | 第93页 |
| 2.6.3 地理距离与环境因素的相对影响 | 第93-94页 |
| 3 讨论 | 第94-99页 |
| 3.1 中国北部边缘海沉积物微生物的地理分布模式 | 第95页 |
| 3.2 地理距离与环境因素对微生物地理分布模式的相对影响 | 第95-96页 |
| 3.3 中国北部边缘海沉积物的微生物群落组成及其分布模式 | 第96-99页 |
| 第五章 近海沉积物微生物群落共存模式探索 | 第99-106页 |
| 1 材料与方法 | 第100页 |
| 2 实验结果 | 第100-103页 |
| 2.1 细菌网络关系 | 第100-101页 |
| 2.2 细菌功能类群网络关系 | 第101-102页 |
| 2.3 古菌网络关系 | 第102-103页 |
| 3 讨论 | 第103-106页 |
| 第六章 南太平洋沉积物微生物群落结构特征初探 | 第106-119页 |
| 1 材料与方法 | 第107-108页 |
| 1.1 样品采集 | 第107页 |
| 1.2 环境总 DNA 的提取 | 第107-108页 |
| 1.3 16S rRNA 基因片段的扩增、克隆以及测序 | 第108页 |
| 1.4 序列除杂、OTU 聚簇和系统发育树构建 | 第108页 |
| 1.5 不同深度样品微生物组成的比较 | 第108页 |
| 2 实验结果 | 第108-116页 |
| 2.1 细菌克隆文库分析 | 第108-114页 |
| 2.2 细菌群落变化与环境因子的相关性 | 第114-116页 |
| 2.3 古菌克隆文库分析 | 第116页 |
| 3 讨论 | 第116-119页 |
| 第七章 结论 | 第119-123页 |
| 1 全文总结 | 第119-121页 |
| 2 主要创新点 | 第121-123页 |
| 参考文献 | 第123-139页 |
| 致谢 | 第139-140页 |
| 个人简历 | 第140-141页 |
| 已发表或正在撰写的学术论文 | 第141-142页 |
