| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 1 绪论 | 第11-25页 |
| 1.1 嗜酸氧化亚铁硫杆菌及其生理代谢 | 第11-18页 |
| 1.1.1 亚铁氧化 | 第11-12页 |
| 1.1.2 硫氧化 | 第12-15页 |
| 1.1.3 二氧化碳固定 | 第15-16页 |
| 1.1.4 氮气固定 | 第16-17页 |
| 1.1.5 无氧呼吸 | 第17-18页 |
| 1.2 黄铁矿及其浸出机理 | 第18-19页 |
| 1.3 荧光定量PCR技术 | 第19-22页 |
| 1.3.1 定量原理 | 第19页 |
| 1.3.2 分类及应用 | 第19-20页 |
| 1.3.3 内参基因的选择 | 第20页 |
| 1.3.4 数据的处理 | 第20-22页 |
| 1.3.5 注意事项 | 第22页 |
| 1.4 生物信息学概述 | 第22-23页 |
| 1.5 本论文的研究目的和研究内容 | 第23-25页 |
| 1.5.1 研究的目的及意义 | 第23页 |
| 1.5.2 研究内容 | 第23页 |
| 1.5.3 受资助情况 | 第23-25页 |
| 2 实验材料和方法 | 第25-39页 |
| 2.1 实验材料 | 第25-28页 |
| 2.1.1 矿样分析 | 第25页 |
| 2.1.2 研究纯菌株的获得及保藏 | 第25-26页 |
| 2.1.3 主要仪器设备 | 第26页 |
| 2.1.4 培养基及培养条件 | 第26-27页 |
| 2.1.5 主要溶液配制及生化试剂 | 第27-28页 |
| 2.2 实验方法 | 第28-39页 |
| 2.2.1 菌株的驯化及培养 | 第28-29页 |
| 2.2.2 生长曲线绘制和pH及电位测定 | 第29-30页 |
| 2.2.3 培养基中Fe(Ⅱ)和SO_4~(2-)及S_2O_3~(2-)浓度测定 | 第30-32页 |
| 2.2.4 不同能源培养菌的收集 | 第32-33页 |
| 2.2.5 基因组提取及浓度测定 | 第33页 |
| 2.2.6 内参基因的选择 | 第33页 |
| 2.2.7 总RNA的提取及质量评估 | 第33-34页 |
| 2.2.8 cDNA的合成 | 第34页 |
| 2.2.9 PCR引物设计 | 第34-37页 |
| 2.2.10 Real-time PCR及标准曲线绘制 | 第37页 |
| 2.2.11 生物信息学分析 | 第37-39页 |
| 3 不同能源培养菌的生长情况 | 第39-48页 |
| 前言 | 第39页 |
| 3.1 亚铁培养 | 第39-41页 |
| 3.1.1 细胞密度变化曲线 | 第40页 |
| 3.1.2 pH及电势变化曲线 | 第40页 |
| 3.1.3 铁离子及亚铁氧化率变化曲线 | 第40-41页 |
| 3.2 黄铁矿培养菌生长情况 | 第41-42页 |
| 3.2.1 细胞密度变化曲线 | 第41-42页 |
| 3.2.2 pH变化 | 第42页 |
| 3.2.3 亚铁离子和硫酸根离子及浸出率变化 | 第42页 |
| 3.3 元素硫培养 | 第42-44页 |
| 3.3.1 细胞密度变化曲线 | 第43页 |
| 3.3.2 pH及硫酸根离子浓度变化 | 第43-44页 |
| 3.4 硫代硫酸盐培养 | 第44-46页 |
| 3.4.1 菌体形态变化 | 第44-45页 |
| 3.4.2 细胞密度变化 | 第45页 |
| 3.4.3 pH变化 | 第45页 |
| 3.4.4 硫代硫酸根及硫酸根离子变化 | 第45-46页 |
| 3.5 氧气缺乏条件下培养 | 第46-47页 |
| 3.5.1 细胞密度变化 | 第47页 |
| 3.5.2 pH变化 | 第47页 |
| 3.5.3 铁离子的变化 | 第47页 |
| 本章小结 | 第47-48页 |
| 4 能量代谢基因转录表达差异 | 第48-61页 |
| 前言 | 第48页 |
| 4.1 引物及RNA的质量评估 | 第48-51页 |
| 4.1.1 引物质量评估 | 第48-49页 |
| 4.1.2 总RNA质量评估 | 第49-51页 |
| 4.2 Real-time PCR标准曲线及数据处理方法 | 第51-52页 |
| 4.3 Real-time PCR结果分析 | 第52-60页 |
| 4.3.1 八个细胞色素类蛋白基因 | 第53-55页 |
| 4.3.2 三个终端氧化酶复合体亚基基因 | 第55-56页 |
| 4.3.3 碳氮固定及胞外多聚物合成关键酶基因 | 第56-57页 |
| 4.3.4 四个能量转换相关基因 | 第57-58页 |
| 4.3.5 三个铁氧化相关基因 | 第58-59页 |
| 4.3.6 四个硫氧化相关基因 | 第59-60页 |
| 本章小结 | 第60-61页 |
| 5 两个能量代谢关键基因生物信息学分析 | 第61-69页 |
| 前言 | 第61页 |
| 5.1 单核细胞色素c | 第61-65页 |
| 5.1.1 氨基酸序列分析 | 第61-62页 |
| 5.1.2 二级结构预测 | 第62-63页 |
| 5.1.3 三级结构预测 | 第63-65页 |
| 5.2 终端氧化酶CyoA亚基 | 第65-68页 |
| 5.2.1 氨基酸序列分析 | 第65-66页 |
| 5.2.2 二级结构预测 | 第66-67页 |
| 5.2.3 三级结构预测 | 第67-68页 |
| 本章小结 | 第68-69页 |
| 6 全文结论 | 第69-70页 |
| 参考文献 | 第70-76页 |
| 附录 | 第76-82页 |
| 攻读硕士学位期间主要的研究成果目录 | 第82-83页 |
| 致谢 | 第83页 |
