| 中文摘要 | 第3-5页 |
| 英文摘要 | 第5-6页 |
| 缩略词表 | 第12-13页 |
| 1 绪论 | 第13-53页 |
| 1.1 柑橘溃疡病菌 | 第13-18页 |
| 1.1.1 柑橘溃疡病菌的分类和命名 | 第13-16页 |
| 1.1.2 柑橘溃疡病菌的致病性和致病机理 | 第16-17页 |
| 1.1.3 柑橘溃疡病菌的分子检测手段 | 第17-18页 |
| 1.2 柑橘黄龙病菌 | 第18-21页 |
| 1.2.1 柑橘黄龙病菌的分类和致病性 | 第18-19页 |
| 1.2.2 柑橘黄龙病菌的防治方法和抗病研究 | 第19-20页 |
| 1.2.3 柑橘黄龙病菌的检测方法 | 第20-21页 |
| 1.3 纳米磁珠和磁分离 | 第21-26页 |
| 1.3.1 纳米磁颗粒的合成和修饰 | 第22-24页 |
| 1.3.2 基于纳米磁颗粒的磁分离应用 | 第24-26页 |
| 1.4 高通量测序和转录组研究 | 第26-46页 |
| 1.4.1 测序技术的发展 | 第26-29页 |
| 1.4.2 测序深度和覆盖率 | 第29页 |
| 1.4.3 二代测序技术面临的问题与挑战 | 第29-31页 |
| 1.4.4 二代测序技术在植物研究中的应用 | 第31-33页 |
| 1.4.5 RNA-seq | 第33-38页 |
| 1.4.6 转录组和基因表达差异分析工具 | 第38-42页 |
| 1.4.7 Tophat与Cufflinks | 第42-46页 |
| 1.5 柑橘黄龙病的致病机理研究 | 第46-50页 |
| 1.6 研究内容 | 第50-51页 |
| 1.6.1 柑橘溃疡病菌和柑橘黄龙病菌双重荧光定量PCR体系的建立 | 第50页 |
| 1.6.2 柑橘溃疡病菌基因组DNA和柑橘材料基因组DNA纳米磁珠提取方法的建立 | 第50页 |
| 1.6.3 柑橘溃疡病菌非特异性纳米磁珠分离方法的建立 | 第50-51页 |
| 1.6.4 柑橘溃疡病菌特异性纳米免疫磁珠分离方法的建立以及双抗夹心法纳米免疫磁珠检测方法的建立 | 第51页 |
| 1.6.5 基于高通量测序的RNA-seq方法对柑橘黄龙病侵染柑橘和健康柑橘 的转录组差异表达基因研究 | 第51页 |
| 1.7 本文创新点 | 第51-53页 |
| 2 柑橘溃疡病菌和柑橘黄龙病菌双重荧光定量PCR体系的建立 | 第53-65页 |
| 2.1 引言 | 第53页 |
| 2.2 材料与方法 | 第53-56页 |
| 2.2.1 菌株与材料 | 第53页 |
| 2.2.2 试剂 | 第53-54页 |
| 2.2.3 主要仪器设备 | 第54页 |
| 2.2.4 柑橘溃疡病菌和柑橘黄龙病菌双重荧光定量PCR引物的设计 | 第54页 |
| 2.2.5 柑橘溃疡病菌基因组DNA的提取 | 第54页 |
| 2.2.6 柑橘溃疡病菌荧光定量PCR引物探针扩增效率的比较 | 第54页 |
| 2.2.7 柑橘黄龙病菌DNA的提取 | 第54页 |
| 2.2.8 柑橘黄龙病菌荧光定量PCR引物探针特异性靶标序列阳性对照质粒的构建 | 第54-55页 |
| 2.2.9 柑橘黄龙病菌荧光定量PCR引物探针扩增效率的比较 | 第55页 |
| 2.2.10 柑橘溃疡病菌和柑橘黄龙病菌荧光定量PCR引物探针特异性的比较 | 第55页 |
| 2.2.11 柑橘溃疡病菌和柑橘黄龙病菌双重荧光定量PCR体系的建立及灵敏度、特异性验证 | 第55-56页 |
| 2.3 结果与分析 | 第56-62页 |
| 2.3.1 荧光定量PCR引物探针设计 | 第56-57页 |
| 2.3.2 柑橘溃疡病菌荧光定量PCR引物探针扩增效率的比较 | 第57页 |
| 2.3.3 柑橘黄龙病菌荧光定量PCR引物探针特异性靶标序列阳性对照质粒的验证 | 第57-58页 |
| 2.3.4 柑橘黄龙病菌荧光定量PCR引物探针扩增效率的比较 | 第58-59页 |
| 2.3.5 柑橘溃疡病菌和柑橘黄龙病菌荧光定量PCR引物探针特异性的比较 | 第59-60页 |
| 2.3.6 柑橘溃疡病菌和柑橘黄龙病菌荧光定量PCR体系灵敏度和特异性 | 第60-62页 |
| 2.4 讨论 | 第62-65页 |
| 3 柑橘溃疡病菌基因组DNA和柑橘基因组DNA纳米磁珠分离方法的建立 | 第65-77页 |
| 3.1 引言 | 第65页 |
| 3.2 材料和方法 | 第65-70页 |
| 3.2.1 材料与试剂 | 第65页 |
| 3.2.2 主要仪器设备 | 第65页 |
| 3.2.3 四氧化三铁磁珠的制备 | 第65-66页 |
| 3.2.4 二氧化硅包被磁珠的制备 | 第66页 |
| 3.2.5 磁珠干重称量和浓度计算 | 第66页 |
| 3.2.6 磁珠法提取柑橘溃疡病菌基因组DNA | 第66-68页 |
| 3.2.7 沉淀剂和清洗液对DNA提取的影响 | 第68页 |
| 3.2.8 不同结合温度、不同结合时间对柑橘溃疡病菌基因组DNA提取效果的影响 | 第68页 |
| 3.2.9 不同磁珠用量对柑橘溃疡病菌基因组DNA的提取效果 | 第68页 |
| 3.2.10 纳米磁分离法提取柑橘基因组DNA | 第68-69页 |
| 3.2.11 磁珠分离法与与商品化柱式DNA纯化提取试剂盒柑橘溃疡病菌基因组DNA及柑橘基因组DNA提取量比较 | 第69页 |
| 3.2.12 磁珠法用于柑橘溃疡病菌和柑橘黄龙病菌模拟带菌柑橘基因组DNA提取 | 第69-70页 |
| 3.3 结果与分析 | 第70-76页 |
| 3.3.1 六种柑橘溃疡病菌基因组DNA纳米磁珠分离方法的比较 | 第70-71页 |
| 3.3.2 核酸沉淀剂和清洗液的选择 | 第71-72页 |
| 3.3.3 不同结合温度和结合时间对柑橘溃疡病菌基因组DNA提取的影响 | 第72-73页 |
| 3.3.4 不同磁珠用量对柑橘溃疡病菌基因组DNA提取的影响 | 第73-74页 |
| 3.3.5 纳米磁分离对植物基因组DNA的提取效果 | 第74页 |
| 3.3.6 磁珠法提取细菌和植物基因组DNA与商品化试剂盒的比较 | 第74-75页 |
| 3.3.7 纳米磁分离法提取柑橘溃疡病菌和柑橘黄龙病菌模拟带菌柑橘基因组DNA荧光定量PCR检测结果 | 第75-76页 |
| 3.4 讨论 | 第76-77页 |
| 4 柑橘溃疡病菌非特异性纳米磁珠分离方法的建立 | 第77-83页 |
| 4.1 引言 | 第77页 |
| 4.2 材料和方法 | 第77-78页 |
| 4.2.1 材料与试剂 | 第77页 |
| 4.2.2 主要仪器设备 | 第77页 |
| 4.2.3 菌体扩增标准曲线和菌体计数 | 第77页 |
| 4.2.4 菌体结合缓冲液的选择 | 第77-78页 |
| 4.2.5 不同用量磁珠对菌体的结合效果比较 | 第78页 |
| 4.2.6 不同缓冲液中二氧化硅磁珠表面zeta电位分析 | 第78页 |
| 4.2.7 磁珠对菌体的结合率及活性检测 | 第78页 |
| 4.3 结果与分析 | 第78-82页 |
| 4.3.1 不同结合缓冲液菌体结合效果 | 第78-79页 |
| 4.3.2 不同用量磁珠结合菌体效果 | 第79-80页 |
| 4.3.3 不同缓冲液中二氧化硅磁珠表面zeta电位 | 第80-81页 |
| 4.3.4 磁珠对菌体的非特异性结合率及磁分离菌体活性 | 第81-82页 |
| 4.4 讨论 | 第82-83页 |
| 5 柑橘溃疡病菌靶向免疫磁分离方法以及双抗夹心检测方法的建立 | 第83-93页 |
| 5.1 引言 | 第83页 |
| 5.2 材料与方法 | 第83-86页 |
| 5.2.1 菌株与材料 | 第83页 |
| 5.2.2 试剂 | 第83-84页 |
| 5.2.3 主要仪器设备 | 第84页 |
| 5.2.4 羧基修饰磁珠制备 | 第84页 |
| 5.2.5 羧基磁珠粒径测量及表面官能团鉴定 | 第84页 |
| 5.2.6 蛋白浓度测定，单克隆抗体亚型、滴度测定及HRP酶标抗体制备 | 第84页 |
| 5.2.7 免疫磁珠的制备 | 第84-85页 |
| 5.2.8 双抗夹心免疫磁珠检测方法 | 第85-86页 |
| 5.2.9 免疫磁珠制备羧基磁珠与偶联抗体用量优化 | 第86页 |
| 5.2.10 双抗夹心免疫磁珠检测方法灵敏度、特异性及免疫磁分离菌体活性检测 | 第86页 |
| 5.3 结果与分析 | 第86-91页 |
| 5.3.1 羧基磁珠粒径及表面官能团鉴定 | 第86-87页 |
| 5.3.2 单克隆抗体亚型、滴度及HRP标记抗体效价 | 第87-88页 |
| 5.3.3 不同羧基磁珠用量制备的免疫磁珠对菌体的结合效果 | 第88-89页 |
| 5.3.4 双抗夹心免疫磁珠检测方法的灵敏度、特异性及培养活性 | 第89-91页 |
| 5.4 讨论 | 第91-93页 |
| 6 柑橘在黄龙病侵染后基因表达差异分析 | 第93-107页 |
| 6.1 引言 | 第93页 |
| 6.2 材料与方法 | 第93-95页 |
| 6.2.1 柑橘样品的采集和处理 | 第93页 |
| 6.2.2 样品的验证 | 第93-94页 |
| 6.2.3 RNA提取，测序文库构建和Illumina测序 | 第94页 |
| 6.2.4 原始数据处理和基因差异表达分析 | 第94页 |
| 6.2.5 基因功能注释 | 第94页 |
| 6.2.6 差异表达基因荧光定量PCR验证 | 第94-95页 |
| 6.3 结果与分析 | 第95-103页 |
| 6.3.1 测序、比对和组装结果概览 | 第95-96页 |
| 6.3.2 基因和转录本表达情况及可变剪切分析 | 第96-97页 |
| 6.3.3 差异表达基因分析 | 第97-102页 |
| 6.3.4 实时荧光定量PCR验证 | 第102-103页 |
| 6.4 讨论 | 第103-107页 |
| 7 主要研究结论与研究展望 | 第107-111页 |
| 7.1 主要研究结论 | 第107-108页 |
| 7.1.1 柑橘黄龙病菌和柑橘溃疡病菌双重荧光定量PCR检测体系 | 第107页 |
| 7.1.2 柑橘溃疡病菌DNA和柑橘基因组DNA纳米磁珠提取方法的建立 | 第107页 |
| 7.1.3 柑橘溃疡病菌非特异性纳米磁珠分离方法的建立 | 第107页 |
| 7.1.4 免疫磁珠对柑橘溃疡病菌的特异性分离以及IMP-sELISA检测方法的建立 | 第107-108页 |
| 7.1.5 柑橘在黄龙病菌侵染后转录组分析 | 第108页 |
| 7.2 研究展望 | 第108-111页 |
| 7.2.1 菌体基因组DNA和植物基因组DNA的提取 | 第108页 |
| 7.2.2 菌体非特异性纳米磁分离与特异性免疫磁分离 | 第108-109页 |
| 7.2.3 纳米磁珠制备工艺流程优化、自动化提取分离流程优化以及全自动分离检测设备的研制 | 第109页 |
| 7.2.4 柑橘黄龙病菌侵染柑橘差异表达基因研究 | 第109-111页 |
| 致谢 | 第111-113页 |
| 参考文献 | 第113-123页 |
| 附录 | 第123页 |
