| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-27页 |
| 1.1 mRNA倾向于折叠成稳定的二级结构 | 第13-16页 |
| 1.2 二级结构在mRNA上的分布 | 第16-19页 |
| 1.3 mRNA二级结构的功能 | 第19-23页 |
| 1.3.1 mRNA二级结构阻碍核糖体移动 | 第19-21页 |
| 1.3.2 mRNA非翻译区（un-translated region, UTR）二级结构功能 | 第21-22页 |
| 1.3.3 翻译起始位点附近二级结构的功能 | 第22页 |
| 1.3.4 mRNA二级结构与翻译速率 | 第22-23页 |
| 1.4 mRNA二级结构变异与疾病 | 第23页 |
| 1.5 mRNA二级结构研究的问题 | 第23-26页 |
| 1.5.1 mRNA二级结构的预测 | 第23-24页 |
| 1.5.2 功能二级结构的鉴定 | 第24页 |
| 1.5.3 mRNA二级结构与其他影响翻译速率的因素 | 第24-25页 |
| 1.5.4 mRNA二级结构与核糖体的互作 | 第25页 |
| 1.5.5 mRNA-mRNA相互作用对折叠的影响 | 第25-26页 |
| 1.6 本论文的研究内容 | 第26-27页 |
| 第二章 mRNA二级结构稳定性与基因功能的关系 | 第27-35页 |
| 2.1 材料与方法 | 第27-29页 |
| 2.1.1 数据收集 | 第27-28页 |
| 2.1.2 mRNA二级结构预测与自由能计算 | 第28页 |
| 2.1.3 mRNA二级结构密度计算 | 第28页 |
| 2.1.4 保守HSR的鉴定 | 第28页 |
| 2.1.5 HSR折叠与周围序列的关系 | 第28-29页 |
| 2.2 结果 | 第29-32页 |
| 2.2.1 HSR二级结构保守性分析 | 第29页 |
| 2.2.2 编码序列中存在大量HSR | 第29-31页 |
| 2.2.3 HSR折叠稳健性分析 | 第31页 |
| 2.2.4 HSR数量与基因功能的关系 | 第31-32页 |
| 2.2.5 HSR数量与蛋白质表达量、mRNA丰度的关系 | 第32页 |
| 2.3 讨论 | 第32-35页 |
| 第三章 翻译起始位点下游mRNA二级结构稳定性分析 | 第35-43页 |
| 3.1 材料与方法 | 第35-36页 |
| 3.1.1 数据获得 | 第35页 |
| 3.1.2 mRNA二级结构的预测及稳定性的计算 | 第35页 |
| 3.1.3 局部翻译速率的计算 | 第35-36页 |
| 3.1.4 蛋白质定位分析 | 第36页 |
| 3.2 结果 | 第36-41页 |
| 3.2.1 起始密码子下游 30-80 nt处存在稳定的二级结构 | 第36-37页 |
| 3.2.2 HSR与局部翻译效率 | 第37页 |
| 3.2.3 HSR与翻译起始速率的关系 | 第37页 |
| 3.2.4 HSR降低核糖体翻译速率 | 第37-40页 |
| 3.2.5 HSR与分泌蛋白的关系 | 第40-41页 |
| 3.3 讨论 | 第41-43页 |
| 第四章 mRNA二级结构调控翻译速率机制解析 | 第43-55页 |
| 4.1 材料与方法 | 第43-47页 |
| 4.1.1 数据收集 | 第43页 |
| 4.1.2 mRNA折叠强度的计算 | 第43页 |
| 4.1.3 核糖体距离与mF的关系 | 第43-44页 |
| 4.1.4 密码子翻译速率计算 | 第44页 |
| 4.1.5 翻译模型的构建 | 第44-47页 |
| 4.2 结果 | 第47-52页 |
| 4.2.1 核糖体距离与mF强度变化的关系 | 第47-49页 |
| 4.2.2 mRNA二级结构位置的影响 | 第49-50页 |
| 4.2.3 密码子和mRNA二级结构的组合效应 | 第50-51页 |
| 4.2.4 mRNA二级结构的动态变化与翻译速率的关系 | 第51-52页 |
| 4.3 讨论 | 第52-55页 |
| 第五章 mRNA二级结构区替换规律的研究 | 第55-63页 |
| 5.1 材料与方法 | 第55-57页 |
| 5.1.1 序列收集 | 第55页 |
| 5.1.2 HSR的定义 | 第55页 |
| 5.1.3 HSR对突变的敏感性 | 第55-56页 |
| 5.1.4 局部翻译速率的计算 | 第56页 |
| 5.1.5 保守HSR及其侧翼区域的定义 | 第56页 |
| 5.1.6 替换速率的估计 | 第56页 |
| 5.1.7 互补替换的鉴定 | 第56-57页 |
| 5.2 结果 | 第57-62页 |
| 5.2.1 HSR稳定性对突变不敏感 | 第57页 |
| 5.2.2 HSR的G偏好性 | 第57-59页 |
| 5.2.3 HSR的替换速率 | 第59-60页 |
| 5.2.4 HSR上的互补替换 | 第60-62页 |
| 5.4 讨论 | 第62-63页 |
| 第六章 总结与展望 | 第63-67页 |
| 主要参考文献 | 第67-75页 |
| 附录 | 第75-111页 |
| 致谢 | 第111-113页 |
| 作者简介 | 第113页 |
