| 中文摘要 | 第3-6页 |
| Abstract | 第6-9页 |
| 缩略词对照表 | 第10-14页 |
| 第一章 前言 | 第14-22页 |
| 1.1 B.subtilis的特征及研究现状 | 第14-15页 |
| 1.2 细菌全基因组测序技术的成长 | 第15-16页 |
| 1.3 全基因组测序技术在B.subtilis中的应用 | 第16-17页 |
| 1.4 龋病的微生物学病因 | 第17-18页 |
| 1.5 研究目的及意义 | 第18-19页 |
| 参考文献 | 第19-22页 |
| 第二章 菌株培养、抑菌试验及全基因组样品制备 | 第22-28页 |
| 2.1 实验材料 | 第22-23页 |
| 2.1.1 菌株 | 第22页 |
| 2.1.2 培养基 | 第22页 |
| 2.1.3 主要试剂、耗材及仪器 | 第22-23页 |
| 2.2 方法 | 第23-25页 |
| 2.2.1 菌株培养 | 第23页 |
| 2.2.2 菌种鉴定 | 第23-24页 |
| 2.2.3 抑菌试验 | 第24-25页 |
| 2.2.4 基因组提取样品制备 | 第25页 |
| 2.3 结果与分析 | 第25-27页 |
| 2.3.1 菌株培养及抑菌试验 | 第25页 |
| 2.3.2 菌种鉴定及全基因组样品制备 | 第25-27页 |
| 2.4 总结 | 第27-28页 |
| 第三章 全基因组测序、组装评估及功能注释 | 第28-38页 |
| 3.1 方法 | 第28-29页 |
| 3.1.1 全基因组测序及数据质控分析 | 第28页 |
| 3.1.2 基因组序列拼装及效果评价 | 第28页 |
| 3.1.3 基因功能注释 | 第28-29页 |
| 3.2 结果与分析 | 第29-35页 |
| 3.2.1 测序数据整理及质控分析 | 第29-31页 |
| 3.2.2 全基因组序列上传及基因组基本特征 | 第31-33页 |
| 3.2.3 基因功能注释 | 第33-35页 |
| 3.3 讨论 | 第35-36页 |
| 3.4 小结 | 第36-37页 |
| 参考文献 | 第37-38页 |
| 第四章 基因组数据初步分析 | 第38-48页 |
| 4.1 方法 | 第38-39页 |
| 4.1.1 非编码RNA预测 | 第38页 |
| 4.1.2 CRISPRs预测 | 第38页 |
| 4.1.3 原噬菌体预测 | 第38页 |
| 4.1.4 基因岛预测 | 第38页 |
| 4.1.5 抗生素抗性分析 | 第38-39页 |
| 4.1.6 碳水化合物活性酶分析 | 第39页 |
| 4.1.7 抑菌基因预测 | 第39页 |
| 4.2 结果与分析 | 第39-44页 |
| 4.2.1 非编码RNA预测 | 第39页 |
| 4.2.2 B.subtilis TLO3 CRISPR预测 | 第39-40页 |
| 4.2.3 原噬菌体预测 | 第40-41页 |
| 4.2.4 基因岛预测 | 第41-42页 |
| 4.2.5 抗生素抗性基因 | 第42页 |
| 4.2.6 碳水化合物活性酶 | 第42-43页 |
| 4.2.7 抑菌基因 | 第43-44页 |
| 4.3 讨论 | 第44-45页 |
| 4.4 小结 | 第45-46页 |
| 参考文献 | 第46-48页 |
| 第五章 比较基因组学分析 | 第48-61页 |
| 5.1 方法 | 第48-49页 |
| 5.1.1 进化分析 | 第48页 |
| 5.1.2 全基因组序列比较及共线性分析 | 第48页 |
| 5.1.3 基因家族比较分析 | 第48页 |
| 5.1.4 次级代谢产物抗菌基因簇比较分析 | 第48-49页 |
| 5.2 结果与分析 | 第49-56页 |
| 5.2.1 进化分析 | 第49-50页 |
| 5.2.2 全基因组序列比较分析 | 第50-52页 |
| 5.2.3 基因家族及eggNOG-Map比较分析 | 第52-54页 |
| 5.2.4 次级代谢产物基因簇分析 | 第54-56页 |
| 5.3 讨论 | 第56-58页 |
| 5.4 小结 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-61页 |
| 第六章 全文总结 | 第61-63页 |
| 在校期间的科研成果 | 第63-64页 |
| 致谢 | 第64-65页 |
| 病例报告 | 第65-84页 |
| 病例一：全口重度慢性牙周炎1例 | 第65-74页 |
| 参考文献 | 第73-74页 |
| 病例二：上颌第一磨牙MB2 1例 | 第74-79页 |
| 参考文献 | 第78-79页 |
| 病例三：上颌前磨牙弯曲根管1例 | 第79-84页 |
| 参考文献 | 第84页 |
