| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 第1章 绪论 | 第12-20页 |
| 1.1 引言 | 第12-13页 |
| 1.2 研究背景与意义 | 第13-14页 |
| 1.3 国内外研究现状 | 第14-18页 |
| 1.4 本文组织与结构 | 第18-19页 |
| 1.5 本章小结 | 第19-20页 |
| 第2章 RNA 相关理论 | 第20-41页 |
| 2.1 RNA 基本知识 | 第20-28页 |
| 2.1.1 RNA 的构成 | 第20-21页 |
| 2.1.2 RNA 的分类与功能 | 第21-27页 |
| 2.1.3 RNA 的结构特征 | 第27-28页 |
| 2.2 RNA 二级结构 | 第28-36页 |
| 2.2.1 RNA 二级结构的基本单元 | 第29-32页 |
| 2.2.2 RNA 二级结构的表示方法 | 第32-36页 |
| 2.3 RNA 的假结结构 | 第36-38页 |
| 2.4 RNA 的数据库资源 | 第38-40页 |
| 2.5 本章小结 | 第40-41页 |
| 第3章 RNA 二级结构预测方法的比较与分析 | 第41-55页 |
| 3.1 引言 | 第41页 |
| 3.2 比较序列分析方法 | 第41-45页 |
| 3.2.1 共变模型 | 第41-43页 |
| 3.2.2 随机上下文无关语法模型 | 第43-45页 |
| 3.3 动态规划算法 | 第45-48页 |
| 3.3.1 碱基最大配对方法 | 第45-46页 |
| 3.3.2 最小自由能方法 | 第46-48页 |
| 3.4 组合优化算法 | 第48-50页 |
| 3.4.1 螺旋区堆积法 | 第48-49页 |
| 3.4.2 最大权重匹配算法 | 第49-50页 |
| 3.5 启发式算法 | 第50-54页 |
| 3.5.1 遗传算法 | 第51页 |
| 3.5.2 模拟退火算法 | 第51-53页 |
| 3.5.3 神经网络算法 | 第53-54页 |
| 3.6 本章小结 | 第54-55页 |
| 第4章 基于马尔可夫链的RNA 二级结构预测方法 | 第55-68页 |
| 4.1 马尔可夫模型 | 第55-60页 |
| 4.1.1 马尔可夫理论产生的历史背景 | 第55-56页 |
| 4.1.2 马尔可夫链的应用综述 | 第56-57页 |
| 4.1.3 马尔可夫模型的相关定义 | 第57-60页 |
| 4.2 RNA 茎区生成算法-前后缀匹配算法 | 第60-64页 |
| 4.2.1 相关定义 | 第60-61页 |
| 4.2.2 算法描述 | 第61页 |
| 4.2.3 算法流程图 | 第61-62页 |
| 4.2.4 茎区生成算法实例 | 第62-64页 |
| 4.3 基于马尔可夫链的RNA 二级结构预测方法——RNA-ML | 第64-67页 |
| 4.3.1 RNA-ML | 第64-65页 |
| 4.3.2 算法流程 | 第65-66页 |
| 4.3.4 实验结果 | 第66-67页 |
| 4.4 本章小结 | 第67-68页 |
| 第5章 基于隐马尔可夫模型的RNA 二级结构预测新方法 | 第68-81页 |
| 5.1 引言 | 第68页 |
| 5.2 隐马尔可夫模型（HMM） | 第68-74页 |
| 5.2.1 HMM 的相关概念 | 第68-70页 |
| 5.2.2 HMM 建模的三个关键问题 | 第70-74页 |
| 5.3 基于HMM 的RNA 二级结构预测新方法（RNA-HMM） | 第74-79页 |
| 5.3.1 RNA-HMM | 第74-76页 |
| 5.3.2 算法流程 | 第76-78页 |
| 5.3.3 实验结果 | 第78-79页 |
| 5.4 本章小结 | 第79-81页 |
| 第6章 基于粒子群算法的RNA 二级结构预测新方法 | 第81-102页 |
| 6.1 粒子群算法 | 第81-92页 |
| 6.1.1 粒子群算法的相关理论 | 第81-90页 |
| 6.1.2 算法参数设置 | 第90-92页 |
| 6.2 IPSO 的实现 | 第92-95页 |
| 6.2.1 适应度函数的定义 | 第92页 |
| 6.2.2 位置更新 | 第92-93页 |
| 6.2.3 系统参数设置 | 第93页 |
| 6.2.4 算法流程 | 第93-95页 |
| 6.3 实验结果与讨论 | 第95-101页 |
| 6.3.1 数据集 | 第95页 |
| 6.3.2 实验设置 | 第95页 |
| 6.3.3 实验结果 | 第95-100页 |
| 6.3.4 结果讨论 | 第100-101页 |
| 6.4 本章小结 | 第101-102页 |
| 第7章 总结与展望 | 第102-104页 |
| 7.1 论文总结 | 第102-103页 |
| 7.2 存在的问题及展望 | 第103-104页 |
| 参考文献 | 第104-113页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文及取得的科研成果 | 第113-115页 |
| 致谢 | 第115页 |
