| 第一部分 苏云金芽胞杆菌菌株CT-43质粒的生物信息学分析 | 第7-89页 |
| 1.1 摘要 | 第7-9页 |
| 1.2 Abstract | 第9-11页 |
| 缩略语 | 第11-12页 |
| 1.3 前言 | 第12-25页 |
| 1.3.1 苏云金芽胞杆菌简介 | 第12-14页 |
| 1.3.2 苏云金芽胞杆菌基因组研究概况 | 第14-24页 |
| 1.3.2.1 苏云金芽胞杆菌基因组测序概况 | 第14-16页 |
| 1.3.2.2 苏云金芽胞杆菌基因组结构及特征 | 第16-18页 |
| 1.3.2.3 苏云金芽胞杆菌质粒结构及特征 | 第18-21页 |
| 1.3.2.4 苏云金芽胞杆菌比较基因组学研究 | 第21-24页 |
| 1.3.3 研究目的和意义 | 第24-25页 |
| 1.4 材料与方法 | 第25-27页 |
| 1.4.1 实验数据 | 第25页 |
| 1.4.2 基因预测与功能注释 | 第25页 |
| 1.4.3 基因序列分析 | 第25-26页 |
| 1.4.4 质粒CRISPR结构分析 | 第26-27页 |
| 1.5 结果与讨论 | 第27-75页 |
| 1.5.1 质粒pCT281 | 第27-50页 |
| 1.5.1.1 基本特征 | 第27-32页 |
| 1.5.1.2 复制与分裂 | 第32-35页 |
| 1.5.1.3 与杀虫有关的毒力因子 | 第35-38页 |
| 1.5.1.4 可移动遗传因子 | 第38-43页 |
| 1.5.1.5 调控蛋白 | 第43-44页 |
| 1.5.1.6 规律成簇间隔短回文重复 | 第44-47页 |
| 1.5.1.7 质粒pCT281的比较基因组学和进化分析 | 第47-50页 |
| 1.5.2 质粒pCT127 | 第50-56页 |
| 1.5.2.1 基本特征 | 第50-52页 |
| 1.5.2.2 进化分析 | 第52页 |
| 1.5.2.3 复制 | 第52-53页 |
| 1.5.2.4 杀虫晶体蛋白 | 第53页 |
| 1.5.2.5 苏云金素 | 第53-54页 |
| 1.5.2.6 可移动遗传因子 | 第54页 |
| 1.5.2.7 调控蛋白 | 第54-55页 |
| 1.5.2.8 其它可能影响表型的编码基因 | 第55-56页 |
| 1.5.3 质粒pCT83 | 第56-60页 |
| 1.5.3.1 基本特征 | 第56-58页 |
| 1.5.3.2 复制 | 第58页 |
| 1.5.3.3 调控蛋白 | 第58页 |
| 1.5.3.4 可移动遗传因子 | 第58-59页 |
| 1.5.3.5 其它可能影响表型的编码基因 | 第59-60页 |
| 1.5.4 质粒pCT72 | 第60-66页 |
| 1.5.4.1 基本特征 | 第60-63页 |
| 1.5.4.2 进化分析 | 第63-64页 |
| 1.5.4.3 复制与调控 | 第64页 |
| 1.5.4.4 结合转移相关基因 | 第64-65页 |
| 1.5.4.5 可移动遗传因子 | 第65-66页 |
| 1.5.5 质粒pCT51 | 第66-69页 |
| 1.5.5.1 基本特征 | 第66-68页 |
| 1.5.5.2 复制调控区 | 第68页 |
| 1.5.5.3 可移动遗传因子区 | 第68-69页 |
| 1.5.5.4 功能区 | 第69页 |
| 1.5.6 质粒pCT14 | 第69-70页 |
| 1.5.6.1 基本特征 | 第69页 |
| 1.5.6.2 结果与分析 | 第69-70页 |
| 1.5.7 质粒pCT9547 | 第70-71页 |
| 1.5.7.1 基本特征与分析结果 | 第70-71页 |
| 1.5.8 质粒pCT8513 | 第71-72页 |
| 1.5.8.1 基本特征 | 第71页 |
| 1.5.7.2 结果与分析 | 第71-72页 |
| 1.5.9 质粒pCT8252 | 第72-73页 |
| 1.5.10 质粒pCT6880 | 第73-75页 |
| 1.6 本章总结 | 第75-76页 |
| 参考文献 | 第76-89页 |
| 第二部分 蜡状芽胞杆菌群中规律成簇间隔短回文重复序列的分析 | 第89-112页 |
| 2.1 摘要 | 第89-90页 |
| 2.2 Abstract | 第90-91页 |
| 缩略语 | 第91-92页 |
| 2.3 前言 | 第92-96页 |
| 2.3.1 规律成簇的间隔短回文重复序列的基本结构与作用机制 | 第92-93页 |
| 2.3.1.1 重复序列 | 第92页 |
| 2.3.1.2 间区序列 | 第92-93页 |
| 2.3.1.3 前导序列 | 第93页 |
| 2.3.1.4 cas基因 | 第93页 |
| 2.3.1.5 作用机制 | 第93页 |
| 2.3.2 蜡状芽胞杆菌群 | 第93-95页 |
| 2.3.3 研究目的和意义 | 第95-96页 |
| 2.4 材料与方法 | 第96-100页 |
| 2.4.1 实验数据 | 第96页 |
| 2.4.2 实验材料 | 第96-97页 |
| 2.4.2.1 菌株来源 | 第96页 |
| 2.4.2.2 培养基配制及主要成分 | 第96页 |
| 2.4.2.3 主要仪器 | 第96页 |
| 2.4.2.4 主要试剂 | 第96-97页 |
| 2.4.3 实验方法 | 第97-100页 |
| 2.4.3.1 生物信息学分析 | 第97-98页 |
| 2.4.3.2 细菌总RNA抽提 | 第98页 |
| 2.4.3.3 RT-PCR | 第98-99页 |
| 2.4.3.4 PCR扩增 | 第99-100页 |
| 2.5 结果与分析 | 第100-108页 |
| 2.5.1 10株蜡状芽胞杆菌群菌株中CRISPR概况 | 第100-102页 |
| 2.5.2 前导序列 | 第102-103页 |
| 2.5.3 重复序列 | 第103-105页 |
| 2.5.4 间区序列和cas基因 | 第105-107页 |
| 2.5.5 苏云金芽胞杆菌CT-43中cas基因的转录分析 | 第107-108页 |
| 2.6 讨论 | 第108-109页 |
| 参考文献 | 第109-112页 |
| 致谢 | 第112-113页 |
| 附录 | 第113页 |
