| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 第1章 前言 | 第10-22页 |
| 1.1 红色糖多孢菌研究现状 | 第10-14页 |
| 1.1.1 红色糖多孢菌(Saccharopolyspora erythraea)概况 | 第10页 |
| 1.1.2 红霉素简介 | 第10-11页 |
| 1.1.3 红霉素的生物合成 | 第11-13页 |
| 1.1.3.1 红霉素合成相关基因 | 第11-12页 |
| 1.1.3.2 红霉素生物合成途径 | 第12-13页 |
| 1.1.4 红色糖多孢菌基因工程改造 | 第13-14页 |
| 1.2 工业微生物的转录组比较研究 | 第14-18页 |
| 1.2.1 组学研究简介 | 第14-15页 |
| 1.2.2 转录组学研究概述 | 第15-16页 |
| 1.2.3 芯片数据的预处理和归一化 | 第16页 |
| 1.2.4 芯片数据分析方法及内容 | 第16-18页 |
| 1.2.4.1 差异基因筛选 | 第17页 |
| 1.2.4.2 聚类分析 | 第17页 |
| 1.2.4.3 生物学分析 | 第17-18页 |
| 1.3 链霉菌氮源代谢研究 | 第18-20页 |
| 1.3.1 链霉菌内氮源代谢关键酶 | 第18页 |
| 1.3.2 glnR等氮源代谢调控基因 | 第18-19页 |
| 1.3.3 基因表达调控研究方法 | 第19-20页 |
| 1.4 研究意义与目的 | 第20-22页 |
| 第2章 4株红色糖多孢菌转录组比较实验 | 第22-34页 |
| 2.1 实验设计 | 第22页 |
| 2.2 实验材料 | 第22-24页 |
| 2.2.1 菌种 | 第22页 |
| 2.2.2 培养基及溶液配方 | 第22-23页 |
| 2.2.3 实验仪器 | 第23页 |
| 2.2.4 药品及试剂 | 第23-24页 |
| 2.3 实验方法 | 第24-25页 |
| 2.3.1 磷酸水解法测定红霉素效价 | 第24页 |
| 2.3.2 红色糖多孢菌总RNA提取及质量鉴定 | 第24-25页 |
| 2.3.3 表达谱芯片杂交 | 第25页 |
| 2.3.4 芯片数据分析 | 第25页 |
| 2.4 实验结果与分析 | 第25-32页 |
| 2.4.1 发酵参数测定 | 第25-27页 |
| 2.4.2 RNA提取及质检 | 第27-28页 |
| 2.4.3 转录组数据分析 | 第28-30页 |
| 2.4.3.1 芯片扫描与归一化 | 第28-29页 |
| 2.4.3.2 重复性及相关性分析 | 第29页 |
| 2.4.3.3 PCA(主成分分析) | 第29-30页 |
| 2.4.4 差异基因筛选 | 第30-31页 |
| 2.4.5 差异基因功能分析 | 第31-32页 |
| 2.4.5.1 聚类分析 | 第31页 |
| 2.4.5.2 红霉素生物合成途径分析 | 第31-32页 |
| 2.4.5.3 氮源代谢途径分析 | 第32页 |
| 2.5 本章小结 | 第32-34页 |
| 第3章 红色糖多孢菌在不同氮源培养条件下的研究 | 第34-43页 |
| 3.1 引言 | 第34页 |
| 3.2 实验设计 | 第34页 |
| 3.3 实验材料 | 第34-36页 |
| 3.3.1 菌种 | 第34页 |
| 3.3.2 培养基及溶液配方 | 第34-35页 |
| 3.3.3 实验仪器 | 第35-36页 |
| 3.3.4 药品及试剂 | 第36页 |
| 3.4 实验方法 | 第36-37页 |
| 3.4.1 胞内代谢物提取 | 第36页 |
| 3.4.2 谷氨酸和谷氨酰胺测定 | 第36-37页 |
| 3.5 实验结果与分析 | 第37-42页 |
| 3.5.1 取样时间 | 第37页 |
| 3.5.2 高效液相色谱条件 | 第37-38页 |
| 3.5.3 参数测定结果 | 第38-41页 |
| 3.5.4 数据分析 | 第41-42页 |
| 3.6 本章小结 | 第42-43页 |
| 第4章 氮源代谢调控因子GlnR的基因敲除 | 第43-55页 |
| 4.1 引言 | 第43页 |
| 4.2 实验设计 | 第43页 |
| 4.3 实验材料 | 第43-46页 |
| 4.3.1 菌种与质粒 | 第43-44页 |
| 4.3.2 培养基及溶液配方 | 第44-45页 |
| 4.3.3 实验仪器 | 第45-46页 |
| 4.3.4 药品及试剂 | 第46页 |
| 4.4 实验方法 | 第46-50页 |
| 4.4.1 红霉糖多孢菌基因组提取 | 第46-47页 |
| 4.4.2 一般PCR扩增 | 第47页 |
| 4.4.3 DNA片段凝胶电泳回收纯化 | 第47-48页 |
| 4.4.4 DNA片段、质粒限制性酶切 | 第48页 |
| 4.4.5 DNA片段连接质粒 | 第48页 |
| 4.4.6 连接产物转化感受态细胞 | 第48页 |
| 4.4.7 质粒提取 | 第48-49页 |
| 4.4.8 接合转移 | 第49-50页 |
| 4.4.9 电击转化红色糖多孢菌 | 第50页 |
| 4.5 实验结果 | 第50-54页 |
| 4.5.1 双交换敲除载体构建 | 第50-53页 |
| 4.5.2 筛选抗生素工作浓度确定 | 第53页 |
| 4.5.3 电击转化条件摸索 | 第53页 |
| 4.5.4 接合转移条件摸索 | 第53-54页 |
| 4.6 本章小结 | 第54-55页 |
| 第5章 总结与展望 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-62页 |
| 附录 | 第62-66页 |
| 致谢 | 第66页 |