| 中文摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 第一章 前言 | 第11-41页 |
| 1. 植物DNA条形码技术概述 | 第11-22页 |
| 1.1 植物DNA条形码分子鉴定 | 第11-14页 |
| 1.1.1 基于核糖体DNA的ITS\ITS2条形码序列 | 第11-12页 |
| 1.1.2 基于叶绿体基因组的条形码序列 | 第12-14页 |
| 1.2 植物DNA条形码技术的应用 | 第14-22页 |
| 1.2.1 植物DNA条形码技术在中草药鉴定中的应用 | 第14-15页 |
| 1.2.2 植物DNA条形码技术在其它领域的应用 | 第15-16页 |
| 1.2.3 DNA条形码标准化数据库的应用 | 第16-22页 |
| 2. 叶绿体基因组研究概述 | 第22-28页 |
| 2.1 高等植物叶绿体的起源 | 第22-24页 |
| 2.2 高等植物叶绿体基因组结构特征 | 第24-26页 |
| 2.3 叶绿体基因组在物种鉴定、系统进化方面的应用 | 第26-28页 |
| 2.3.1 从叶绿体基因组中筛选高变异区序列用于系统进化、物种鉴定研究 | 第26页 |
| 2.3.2 叶绿体基因组作为“超级条形码”用于物种鉴定 | 第26-28页 |
| 3. 乌头属药用植物概况 | 第28-30页 |
| 3.1 乌头属药用植物的资源分布、化学成分及药理功效 | 第28-29页 |
| 3.2 乌头属植物分子鉴定研究 | 第29-30页 |
| 4. 本课题研究意义与创新性 | 第30-33页 |
| 参考文献 | 第33-41页 |
| 第二章 《日本药局方》生药DNA条形码分子鉴定及标准数据库的构建 | 第41-60页 |
| 2.1 材料与方法 | 第42-45页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第42页 |
| 2.1.2 主要仪器及试剂 | 第42页 |
| 2.1.3 DNA提取 | 第42-43页 |
| 2.1.4 序列扩增及测序 | 第43-44页 |
| 2.1.5 数据分析 | 第44-45页 |
| 2.2 结果与分析 | 第45-48页 |
| 2.2.1 序列扩增及测序成功率 | 第45页 |
| 2.2.2 《日本药局方》生药DNA条形码标准数据库的构建 | 第45-47页 |
| 2.2.3 数据库应用案例分析 | 第47-48页 |
| 2.3 讨论 | 第48-58页 |
| 2.3.1 同物异名、种下分类以及近缘关系导致29份样本鉴定到属水平 | 第48-49页 |
| 2.3.2 DNA条形码作为辅助工具用于药材的真伪鉴定 | 第49页 |
| 2.3.3 标准的DNA条形码鉴定体系有助于保障传统医药的临床用药安全 | 第49-58页 |
| 参考文献 | 第58-60页 |
| 第三章 人参属(Panax)药用植物DNA条形码分子鉴定研究 | 第60-78页 |
| 3.1 材料与方法 | 第60-70页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第60-61页 |
| 3.1.2 主要仪器及试剂 | 第61页 |
| 3.1.3 DNA提取 | 第61页 |
| 3.1.4 序列扩增及测序 | 第61-62页 |
| 3.1.5 数据分析 | 第62-70页 |
| 3.2 结果与分析 | 第70-72页 |
| 3.2.1 ITS2序列SNP位点分析 | 第70-71页 |
| 3.2.2 人参属药用植物种内遗传变异分析 | 第71-72页 |
| 3.2.3 人参属ITS2序列基因组内变异分析 | 第72页 |
| 3.3 讨论 | 第72-76页 |
| 3.3.1 利用SNP位点可快速准确地鉴定人参属药用植物 | 第72-73页 |
| 3.3.2 ITS2序列在人参和西洋参基因组内的多拷贝可作为二者独特的分子特征 | 第73页 |
| 3.3.3 条形码表现出的种内低变异揭示了栽培品种具有较窄的遗传背景 | 第73-76页 |
| 参考文献 | 第76-78页 |
| 第四章 乌头属(Aconitum)植物DNA条形码分子鉴定研究 | 第78-96页 |
| 4.1 材料与方法 | 第78-82页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第78-79页 |
| 4.1.2 仪器与试剂 | 第79-80页 |
| 4.1.3 DNA提取 | 第80页 |
| 4.1.4 序列扩增及测序 | 第80-81页 |
| 4.1.5 数据分析 | 第81-82页 |
| 4.2 结果与分析 | 第82-91页 |
| 4.2.1 测序成功率、序列长度、GC含量及变异位点分析 | 第82-83页 |
| 4.2.2 不同DNA条形码序列在乌头属中的种内种间差异分析 | 第83-86页 |
| 4.2.3 不同DNA条形码在乌头属中的barcoding gap检验 | 第86页 |
| 4.2.4 不同DNA条形码在乌头属中的鉴定效率比较 | 第86页 |
| 4.2.5 构建基于不同DNA条形码的系统发育邻接树 | 第86-91页 |
| 4.3 讨论 | 第91-94页 |
| 4.3.1 乌头属不同DNA条形码的优缺点比较 | 第91-92页 |
| 4.3.2 psbA-trnH序列在乌头属植物中存在的倒位现象及鉴定能力分析 | 第92-94页 |
| 参考文献 | 第94-96页 |
| 第五章 乌头属(Aconitum)叶绿体基因组研究及高变分子标记筛选 | 第96-118页 |
| 5.1 材料与方法 | 第96-103页 |
| 5.1.1 实验材料 | 第96-97页 |
| 5.1.2 主要仪器及试剂 | 第97-98页 |
| 5.1.3 叶绿体基因组DNA提取 | 第98-99页 |
| 5.1.4 文库构建及测序 | 第99-100页 |
| 5.1.5 序列组装与验证 | 第100-101页 |
| 5.1.6 叶绿体基因组注释 | 第101-102页 |
| 5.1.7 乌头属叶绿体基因组比较分析 | 第102页 |
| 5.1.8 构建系统进化树 | 第102页 |
| 5.1.9 乌头属叶绿体基因组高变区的筛选及PCR引物设计 | 第102-103页 |
| 5.2 结果与分析 | 第103-111页 |
| 5.2.1 乌头属三条叶绿体基因组基本特征 | 第103-107页 |
| 5.2.2 乌头属三条叶绿体基因组比较结果 | 第107-109页 |
| 5.2.3 基于系统进化树的物种亲缘关系判定 | 第109页 |
| 5.2.4 高变异区筛选结果 | 第109页 |
| 5.2.5 高变区PCR引物设计 | 第109-111页 |
| 5.3 讨论 | 第111-114页 |
| 5.3.1 基于纯化后叶绿体基因组测序的优势与不足 | 第111-112页 |
| 5.3.2 单分子实时测序技术的优势 | 第112页 |
| 5.3.3 叶绿体基因组将为乌头属植物分子鉴定提供更多有价值的信息 | 第112-113页 |
| 5.3.4 将筛选出的高变区串联成长片段分子标记为同属近缘物种鉴定提供新思路 | 第113-114页 |
| 参考文献 | 第114-118页 |
| 第六章 结论与展望 | 第118-120页 |
| 6.1 结论 | 第118页 |
| 6.2 展望 | 第118-120页 |
| 缩略词 | 第120-121页 |
| 附录 | 第121-133页 |
| 致谢 | 第133-135页 |
| 作者简介 | 第135-137页 |
