| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第11-16页 |
| 1.1 研究背景和意义 | 第11-12页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第12-13页 |
| 1.3 本文的主要工作 | 第13-14页 |
| 1.4 本文的组织结构 | 第14-16页 |
| 第2章 基因调控网络构建过程中的概念和方法理论 | 第16-23页 |
| 2.1 基因调控网络 | 第16-17页 |
| 2.1.1 基因调控网络简介 | 第16页 |
| 2.1.2 基因调控网络的构建 | 第16-17页 |
| 2.1.3 基因调控网络的分析 | 第17页 |
| 2.1.4 基因调控网络在研究疾病中的应用 | 第17页 |
| 2.2 TCGA-Assembler | 第17-18页 |
| 2.3 miRNA及其调控作用 | 第18-20页 |
| 2.3.1 miRNA简介 | 第18-19页 |
| 2.3.2 miRNA调控作用 | 第19页 |
| 2.3.3 miRNA数据库HMDD | 第19页 |
| 2.3.4 miRNA命名规则 | 第19-20页 |
| 2.4 互信息 | 第20-21页 |
| 2.5 Bootstrap自助法 | 第21页 |
| 2.6 BC3NET基因调控网络构建方法 | 第21-22页 |
| 2.7 本章小结 | 第22-23页 |
| 第3章 基因和miRNA的筛选以及miRNA靶基因的确定 | 第23-36页 |
| 3.1 甲状腺肿瘤基因表达数据 | 第23-29页 |
| 3.1.1 甲状腺肿瘤基因表达数据的获取 | 第23-25页 |
| 3.1.2 甲状腺肿瘤差异基因筛选 | 第25-29页 |
| 3.2 甲状腺肿瘤miRNA表达数据 | 第29-35页 |
| 3.2.1 甲状腺肿瘤miRNA表达数据的获取 | 第29-31页 |
| 3.2.2 甲状腺肿瘤差异miRNA筛选 | 第31页 |
| 3.2.3 被验证跟甲状腺肿瘤密切相关的miRNA的筛选 | 第31-33页 |
| 3.2.4 确定跟甲状腺肿瘤密切相关的miRNA的靶基因 | 第33-35页 |
| 3.3 本章小结 | 第35-36页 |
| 第4章 基因调控网络的构建和分析 | 第36-51页 |
| 4.1 基因调控网络的构建 | 第36-38页 |
| 4.1.1 基因调控网络的构建过程 | 第36-37页 |
| 4.1.2 基因调控网络的概况 | 第37-38页 |
| 4.2 基因调控网络的模块划分 | 第38-43页 |
| 4.3 基因调控网络的子网模块富集分析 | 第43-49页 |
| 4.3.1 GO富集分析 | 第43-47页 |
| 4.3.2 KEGG Pathway富集分析 | 第47-49页 |
| 4.4 实验结果总结 | 第49页 |
| 4.5 本章小结 | 第49-51页 |
| 第5章 总结与展望 | 第51-53页 |
| 5.1 总结 | 第51-52页 |
| 5.2 展望 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-57页 |
| 作者简介 | 第57-58页 |
| 致谢 | 第58页 |
