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临床鸡源致病性耐药空肠弯曲杆菌的基因组学研究

摘要第8-11页
ABSTRACT第11-14页
缩略语表第15-17页
1 前言第17-25页
    1.1 研究背景第17-20页
    1.2 研究进展第20-24页
    1.3 研究目的意义第24-25页
2 材料与方法第25-42页
    2.1 菌株、细胞及实验动物第25页
    2.2 抗菌药物及配制第25-26页
    2.3 培养基与试剂第26-28页
    2.4 仪器设备第28页
    2.5 空肠弯曲杆菌菌株的复苏第28页
    2.6 临床空肠弯曲杆菌的鉴定第28-31页
        2.6.1 传统生化鉴定第28-29页
        2.6.2 粗提基因组第29页
        2.6.3 菌株的PCR以及测序鉴定第29-31页
    2.7 MIC的测定第31-32页
    2.8 CCCP对靶菌的外排泵抑制实验第32页
    2.9 毒性试验第32-36页
        2.9.1 体内毒性试验第32-34页
        2.9.2 菌株黏附和侵袭能力的考察第34-36页
    2.10 表型检测第36-37页
        2.10.1 生物膜形成能力的考察第36-37页
        2.10.2 生长力的测定第37页
        2.10.3 迁移力的测定第37页
    2.11 靶菌1655的全基因组从头测序第37-42页
        2.11.1 靶菌1655的基因组提取第37-38页
        2.11.2 序列拼接组装第38页
        2.11.3 基因组注释第38-40页
        2.11.4 基因组共线性分析第40页
        2.11.5 靶菌1655与对照菌株的基因组基本信息比较分析第40页
        2.11.6 靶菌1655与对照菌株的耐药性比较分析第40-41页
        2.11.7 靶菌1655的致病机制分析第41-42页
3 结果与分析第42-79页
    3.1 临床空肠弯曲杆菌的生化鉴定第42-43页
    3.2 菌株的PCR以及测序鉴定结果第43-44页
        3.2.1 菌株的PCR鉴定结果第43页
        3.2.2 菌株的测序鉴定结果第43-44页
    3.3 临床空肠弯曲杆菌药敏试验结果第44-45页
    3.4 CCCP外排泵抑制试验结果第45页
    3.5 体内毒性试验结果第45-54页
        3.5.1 粪便检查结果第45-46页
        3.5.2 预实验结果及鸡体内定植能力的考察第46-47页
        3.5.3 二次感染后的试验结果第47-50页
        3.5.4 半数致死量LD_(50)的测定结果第50-54页
    3.6 体外毒性试验结果第54-56页
        3.6.1 RAW264.7的体外培养第54页
        3.6.2 临床菌株对RAW264.7细胞黏附和侵袭能力的测定第54-55页
        3.6.3 临床菌株在RAW264.7细胞内的生存能力考察第55-56页
        3.6.4 细胞毒素试验第56页
    3.7 表型结果第56-59页
        3.7.1 生物膜试验结果第56-57页
        3.7.2 生长曲线第57-58页
        3.7.3 运动性的考察第58-59页
    3.8 全基因组测序结果第59-79页
        3.8.1 所测菌株基因组序列的拼接结果及基本特征第59-61页
        3.8.2 基因预测及注释第61-62页
        3.8.3 GO功能分类第62页
        3.8.4 基因组共线性分析第62-63页
        3.8.5 靶菌1655与对照菌株的基因组信息比较结果第63-64页
        3.8.6 靶菌1655的耐药性分析第64-70页
        3.8.7 靶菌1655的致病机制分析第70-79页
4 讨论第79-92页
    4.1 临床空肠弯曲杆菌耐药机制的探讨第79-84页
        4.1.1 空肠弯曲杆菌对氟喹诺酮类耐药机制第79-80页
        4.1.2 空肠弯曲杆菌对大环内酯类耐药机制第80-82页
        4.1.3 空肠弯曲杆菌对四环素类耐药机制第82页
        4.1.4 空肠弯曲杆菌对氨基糖苷类耐药机制第82-84页
    4.2 临床空肠弯曲杆菌致病机制的探讨第84-89页
        4.2.1 各毒力因子对致病性的影响第84-86页
        4.2.2 遗传因素介导的致病机制第86-89页
    4.3 空肠弯曲杆菌耐药和毒力之间的关系第89-92页
5 全文总结第92-94页
文献综述第94-109页
参考文献第109-124页
致谢第124-125页
个人简介第125-126页
附录第126-133页

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