| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 第1章 绪论 | 第17-34页 |
| 1.1 课题背景及研究目的和意义 | 第17-18页 |
| 1.2 肠道菌群与人体健康 | 第18-21页 |
| 1.2.1 肠道菌群的组成 | 第18-19页 |
| 1.2.2 肠道菌群的生理功能 | 第19-21页 |
| 1.2.3 肠道菌群组成的影响因素 | 第21页 |
| 1.3 粪肠球菌 | 第21-26页 |
| 1.3.1 粪肠球菌的安全性 | 第22-24页 |
| 1.3.2 粪肠球菌的功能特性 | 第24-25页 |
| 1.3.3 粪肠球菌的应用 | 第25-26页 |
| 1.4 乳酸菌基因组学研究进展 | 第26-28页 |
| 1.4.1 基于基因组对乳酸菌碳代谢途径的研究 | 第27页 |
| 1.4.2 比较基因组学在乳酸菌中的应用 | 第27-28页 |
| 1.5 有氧呼吸作用用于高密度培养的研究进展 | 第28-32页 |
| 1.5.1 乳酸菌呼吸链的组成 | 第29-30页 |
| 1.5.2 乳酸菌进行有氧呼吸代谢的益处 | 第30-32页 |
| 1.5.3 乳酸菌有氧呼吸代谢时的增殖调控 | 第32页 |
| 1.6 主要研究内容及课题来源 | 第32-34页 |
| 第2章 实验材料与方法 | 第34-52页 |
| 2.1 实验材料 | 第34-37页 |
| 2.1.1 主要试剂 | 第34-36页 |
| 2.1.2 主要仪器和设备 | 第36-37页 |
| 2.1.3 培养基 | 第37页 |
| 2.1.4 传统发酵乳制品样品来源 | 第37页 |
| 2.1.5 细菌和细胞来源 | 第37页 |
| 2.2 实验方法 | 第37-51页 |
| 2.2.1 抗致病菌潜在益生菌的筛选和鉴定 | 第37-41页 |
| 2.2.2 抗菌肽的分离纯化及生物学特性的初步研究 | 第41-44页 |
| 2.2.3 粪肠球菌LD33益生性和安全性的基因组学研究 | 第44-46页 |
| 2.2.4 粪肠球菌LD33有氧呼吸时转录组及代谢物分析 | 第46-50页 |
| 2.2.5 粪肠球菌LD33有氧呼吸时高密度增殖研究 | 第50-51页 |
| 2.3 数据处理与统计分析 | 第51-52页 |
| 第3章 抗致病菌乳酸菌的筛选鉴定及益生性研究 | 第52-72页 |
| 3.1 引言 | 第52-53页 |
| 3.2 传统发酵乳制品中乳酸菌的分离和初步鉴定 | 第53页 |
| 3.3 具有抑制致病菌作用乳酸菌的筛选 | 第53-58页 |
| 3.3.1 排除有机酸后发酵液上清抑菌效果 | 第55-56页 |
| 3.3.2 排除过氧化氢后发酵液上清抑菌效果 | 第56-57页 |
| 3.3.3 酶处理后的发酵液上清抑菌效果 | 第57-58页 |
| 3.3.4 抑菌谱研究 | 第58页 |
| 3.4 筛选菌株的鉴定 | 第58-63页 |
| 3.4.1 筛选菌株形态学特性 | 第59-60页 |
| 3.4.2 菌株的API50 CH鉴定结果 | 第60页 |
| 3.4.3 菌株 16S rRNA和pheS基因系统发育树构建 | 第60-63页 |
| 3.5 菌株的耐受性和黏附能力研究 | 第63-67页 |
| 3.5.1 菌株的酸耐受性 | 第63-65页 |
| 3.5.2 菌株的胆盐耐受性 | 第65-66页 |
| 3.5.3 菌株对肠上皮细胞的黏附能力 | 第66-67页 |
| 3.6 细菌素性质的初步研究 | 第67-71页 |
| 3.6.1 细菌素分离纯化 | 第67-69页 |
| 3.6.2 细菌素对温度的稳定性 | 第69-70页 |
| 3.6.3 细菌素对pH的稳定性 | 第70-71页 |
| 3.7 本章小结 | 第71-72页 |
| 第4章 粪肠球菌LD33益生性和安全性基因组学研究 | 第72-97页 |
| 4.1 引言 | 第72-73页 |
| 4.2 基因组测序及生物信息学分析 | 第73-79页 |
| 4.2.1 基因组DNA质量检测 | 第73-74页 |
| 4.2.2 基因组原始数据检测 | 第74页 |
| 4.2.3 基因组组装 | 第74-75页 |
| 4.2.4 基因组组分分析 | 第75-76页 |
| 4.2.5 全基因组图谱 | 第76-77页 |
| 4.2.6 基因组GO功能注释 | 第77-78页 |
| 4.2.7 基因组COG功能注释 | 第78页 |
| 4.2.8 基因组KEGG功能注释 | 第78-79页 |
| 4.3 粪肠球菌LD33益生性比较基因组分析 | 第79-83页 |
| 4.3.1 酸耐受性的比较基因组分析 | 第79-80页 |
| 4.3.2 胆盐耐受性的比较基因组分析 | 第80-82页 |
| 4.3.3 肠上皮细胞黏附能力的比较基因组分析 | 第82-83页 |
| 4.4 细菌素编码基因的比较基因组分析 | 第83-86页 |
| 4.4.1 细菌素相关编码基因检索分析 | 第83-84页 |
| 4.4.2 细菌素编码基因序列性质分析 | 第84-85页 |
| 4.4.3 双组分系统 | 第85-86页 |
| 4.5 粪肠球菌LD33的安全性评估 | 第86-95页 |
| 4.5.1 常见细菌致病菌毒力因子注释 | 第86-91页 |
| 4.5.2 常见耐药基因注释 | 第91-93页 |
| 4.5.3 常见抗生素敏感性测试 | 第93-95页 |
| 4.6 本章小结 | 第95-97页 |
| 第5章 粪肠球菌LD33转录组分析及其增殖调控 | 第97-125页 |
| 5.1 引言 | 第97-98页 |
| 5.2 转录组测序及生物信息分析 | 第98-111页 |
| 5.2.1 RNA质量检测 | 第98-99页 |
| 5.2.2 测序质量评估 | 第99-100页 |
| 5.2.3 差异表达基因筛选 | 第100页 |
| 5.2.4 差异基因KEGG Pathway富集分析 | 第100-108页 |
| 5.2.5 转录组测序结果验证及关键差异基因表达分析 | 第108-111页 |
| 5.3 发酵和有氧呼吸时E. faecalis LD33的代谢产物分析 | 第111-115页 |
| 5.3.1 发酵和有氧呼吸时E. faecalis LD33的生长曲线 | 第111-112页 |
| 5.3.2 发酵和有氧呼吸时发酵液中葡萄糖变化曲线 | 第112页 |
| 5.3.3 发酵和有氧呼吸时发酵液中乳酸变化曲线 | 第112-113页 |
| 5.3.4 发酵和有氧呼吸时发酵液中乙酸变化曲线 | 第113-114页 |
| 5.3.5 发酵和有氧呼吸时发酵液中乙偶姻变化曲线 | 第114-115页 |
| 5.4 有氧呼吸条件下E. faecalis LD33的增殖调控 | 第115-123页 |
| 5.4.1 有氧呼吸时E. faecalis LD33的葡萄糖代谢途径 | 第115-116页 |
| 5.4.2 培养条件对增殖效果的影响 | 第116-120页 |
| 5.4.3 碳源和氮源对增殖效果的影响 | 第120-122页 |
| 5.4.4 发酵培养基优化 | 第122-123页 |
| 5.5 有氧呼吸时菌株存活率的变化 | 第123-124页 |
| 5.6 本章小结 | 第124-125页 |
| 结论 | 第125-126页 |
| 创新点 | 第126页 |
| 展望 | 第126-127页 |
| 参考文献 | 第127-144页 |
| 附录一 | 第144-146页 |
| 附录二 | 第146-147页 |
| 附录三 | 第147-150页 |
| 附录四 | 第150-154页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文及其它成果 | 第154-157页 |
| 致谢 | 第157-158页 |
| 个人简历 | 第158页 |
