| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 第1章 文章综述 | 第12-24页 |
| 1.1 大鲵的分类地位与生物学特性 | 第12-13页 |
| 1.2 大鲵的种群现状和养殖模式 | 第13页 |
| 1.3 大鲵常见疾病的研究概况 | 第13-14页 |
| 1.4 动物疾病与肠道菌群的关系 | 第14-15页 |
| 1.5 动物肠道菌群的研究现状 | 第15-20页 |
| 1.5.1 人类肠道菌群的研究 | 第16页 |
| 1.5.2 哺乳动物肠道菌群的研究 | 第16-17页 |
| 1.5.3 鸟类肠道菌群的研究 | 第17页 |
| 1.5.4 爬行动物肠道菌群的研究 | 第17页 |
| 1.5.5 两栖动物肠道菌群的研究 | 第17-18页 |
| 1.5.6 鱼类肠道菌群的研究 | 第18-19页 |
| 1.5.7 其他动物肠道优势菌的研究 | 第19-20页 |
| 1.6 动物肠道菌群的研究方法 | 第20-21页 |
| 1.6.1 传统培养法在肠道菌群研究的应用 | 第20-21页 |
| 1.6.2 变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术在肠道菌群研究的应用 | 第21页 |
| 1.6.3 高通量测序在肠道菌群研究的应用 | 第21页 |
| 1.7 研究目的及意义 | 第21-24页 |
| 第2章 引言 | 第24-26页 |
| 第3章 大鲵肠道菌群结构的PCR-DGGE分析 | 第26-42页 |
| 3.1 材料与试剂 | 第26-27页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第26页 |
| 3.1.2 主要试剂 | 第26-27页 |
| 3.1.3 主要仪器 | 第27页 |
| 3.2 实验方法 | 第27-32页 |
| 3.2.1 肠道微生物的获取 | 第27-28页 |
| 3.2.2 肠道微生物总DNA的提取 | 第28-29页 |
| 3.2.3 16S rRNA基因PCR扩增 | 第29页 |
| 3.2.4 变性梯度凝胶电泳(DGGE) | 第29-30页 |
| 3.2.5 显著条带回收 | 第30页 |
| 3.2.6 DNA片段连接 | 第30-31页 |
| 3.2.7 转化 | 第31页 |
| 3.2.8 阳性克隆的鉴定 | 第31页 |
| 3.2.9 质粒DNA提取 | 第31-32页 |
| 3.2.10 序列分析 | 第32页 |
| 3.3 结果 | 第32-39页 |
| 3.3.1 肠道总细菌DNA提取结果 | 第32页 |
| 3.3.2 16S rRNA基因扩增结果 | 第32-33页 |
| 3.3.3 变性梯度凝胶电泳结果 | 第33-39页 |
| 3.4 讨论 | 第39-40页 |
| 3.5 结论 | 第40-42页 |
| 第4章 大鲵肠道菌群结构的高通量测序分析 | 第42-62页 |
| 4.1 材料和试剂 | 第42-43页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第42页 |
| 4.1.2 实验试剂 | 第42页 |
| 4.1.3 实验仪器 | 第42-43页 |
| 4.2 实验方法 | 第43-45页 |
| 4.2.1 样品处理 | 第43页 |
| 4.2.2 大鲵肠道细菌总DNA的提取 | 第43页 |
| 4.2.3 高通量测序 | 第43页 |
| 4.2.4 测序流程 | 第43页 |
| 4.2.5 数据分析方法 | 第43-45页 |
| 4.3 结果 | 第45-60页 |
| 4.3.1 下机数据处理 | 第45页 |
| 4.3.2 OTU及物种群落分析 | 第45-55页 |
| 4.3.3 Alpha Diversity分析 | 第55-57页 |
| 4.3.4 Beta Diversity分析 | 第57-60页 |
| 4.4 讨论 | 第60页 |
| 4.5 结论 | 第60-62页 |
| 第5章 大鲵肠道细菌的分离鉴定 | 第62-76页 |
| 5.1 材料与试剂 | 第62-63页 |
| 5.1.1 实验材料 | 第62页 |
| 5.1.2 主要试剂 | 第62-63页 |
| 5.1.3 实验仪器 | 第63页 |
| 5.2 实验方法 | 第63-66页 |
| 5.2.1 肠道微生物的获取 | 第63-64页 |
| 5.2.2 肠道细菌的分离 | 第64页 |
| 5.2.3 DNA模板的提取 | 第64-65页 |
| 5.2.4 16S rRNA目的基因片段的PCR扩增 | 第65页 |
| 5.2.5 琼脂糖凝胶电泳 | 第65页 |
| 5.2.6 测序并构建 16S rRNA基因系统发育进化树 | 第65-66页 |
| 5.2.7 细菌生理生化鉴定 | 第66页 |
| 5.3 结果 | 第66-72页 |
| 5.3.1 LB培养基分离大鲵肠道细菌结果 | 第66-67页 |
| 5.3.2 TSA培养基分离大鲵肠道细菌结果 | 第67-68页 |
| 5.3.3 EE培养基分离大鲵肠道细菌结果 | 第68-69页 |
| 5.3.4 BHI培养基分离大鲵肠道细菌结果 | 第69-71页 |
| 5.3.5 生理生化结果 | 第71-72页 |
| 5.4 讨论 | 第72-75页 |
| 5.5 结论 | 第75-76页 |
| 第6章 大鲵肠道细菌的药敏性研究 | 第76-86页 |
| 6.1 材料与试剂 | 第76-77页 |
| 6.1.1 供试菌 | 第76页 |
| 6.1.2 主要试剂 | 第76页 |
| 6.1.3 实验仪器 | 第76-77页 |
| 6.2 实验方法 | 第77页 |
| 6.2.1 大鲵肠道细菌菌悬液的制备 | 第77页 |
| 6.2.2 大鲵肠道细菌对抗生素的敏感性实验 | 第77页 |
| 6.3 结果 | 第77-83页 |
| 6.3.1 菌株对抗生素的敏感性 | 第77-83页 |
| 6.4 讨论 | 第83-84页 |
| 6.5 结论 | 第84-86页 |
| 参考文献 | 第86-94页 |
| 致谢 | 第94页 |
