| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-38页 |
| 1.1 植物病原卵菌 | 第13-14页 |
| 1.2 重要的疫霉菌及其危害 | 第14-15页 |
| 1.3 疫霉菌的遗传学与生物学 | 第15-20页 |
| 1.3.1 疫霉菌的生活史 | 第15-17页 |
| 1.3.2 疫霉菌的遗传与变异 | 第17-18页 |
| 1.3.3 疫霉菌的遗传操作 | 第18页 |
| 1.3.4 疫霉菌无毒基因的克隆 | 第18-20页 |
| 1.4 疫霉菌的基因组学和转录组学 | 第20-23页 |
| 1.4.1 疫霉菌的基因组学 | 第20-22页 |
| 1.4.2 疫霉菌的转录组学 | 第22-23页 |
| 1.5 疫霉菌-植物互作 | 第23-26页 |
| 1.5.1 疫霉菌的效应蛋白 | 第23-24页 |
| 1.5.2 植物免疫系统 | 第24-26页 |
| 1.6 小RNA与基因沉默 | 第26-35页 |
| 1.6.1 RNAi的发现 | 第26-27页 |
| 1.6.2 siRNA的发现、加工和作用方式 | 第27-29页 |
| 1.6.3 miRNA的发现、加工和作用方式 | 第29-31页 |
| 1.6.4 piRNA的发现、加工和作用方式 | 第31-33页 |
| 1.6.5 tRNA来源小RNA的研究进展 | 第33-35页 |
| 1.6.6 小RNA在植物病原互作过程中的作用 | 第35页 |
| 1.7 疫霉菌小RNA的研究概况 | 第35-36页 |
| 1.8 本研究的目的和意义 | 第36-38页 |
| 第二章 卵菌编码具有功能的tRNA来源的小RNA分子 | 第38-72页 |
| 2.1 背景简介 | 第38-39页 |
| 2.2 结果与分析 | 第39-63页 |
| 2.2.1 大豆疫霉菌tsRNA的鉴定 | 第39-44页 |
| 2.2.2 大豆疫霉菌tsRNA的Northern验证及其保守性分析 | 第44-46页 |
| 2.2.3 大豆疫霉菌tsRNA的表达分析 | 第46-50页 |
| 2.2.4 大豆疫霉菌tsRNA靶标基因的确定 | 第50-53页 |
| 2.2.5 tsRNA的累积与靶标基因的表达呈负相关 | 第53-56页 |
| 2.2.6 tsRNA介导靶标基因在结合位点附近的多个位点降解 | 第56-62页 |
| 2.2.7 tsRNA结合位点对抑制靶标基因表达至关重要 | 第62-63页 |
| 2.3 讨论 | 第63-68页 |
| 2.4 材料与方法 | 第68-72页 |
| 2.4.1 大豆疫霉菌菌株、培养以及接菌条件 | 第68-69页 |
| 2.4.2 RNA提取 | 第69页 |
| 2.4.3 深度测序 | 第69页 |
| 2.4.4 小RNA克隆 | 第69页 |
| 2.4.5 Northern杂交分析 | 第69-70页 |
| 2.4.6 RNA定量分析 | 第70页 |
| 2.4.7 RLM RACE分析 | 第70页 |
| 2.4.8 GUS感知器分析 | 第70-71页 |
| 2.4.9 计算分析 | 第71-72页 |
| 第三章 tsRFinder的开发及大豆疫霉菌tsRNA的重测序 | 第72-92页 |
| 3.1 背景简介 | 第72-73页 |
| 3.2 结果与分析 | 第73-88页 |
| 3.2.1 tsRFinder的框架及模块 | 第73-75页 |
| 3.2.2 tsRFinder的使用 | 第75-77页 |
| 3.2.3 tsRFinder的应用例子：拟南芥中的tsRNA | 第77-78页 |
| 3.2.4 大豆疫霉菌小RNA的重测序 | 第78-87页 |
| 3.2.5 降解组辅助的大豆疫霉菌tsRNA靶标分析 | 第87-88页 |
| 3.3 讨论 | 第88-90页 |
| 3.4 材料与方法 | 第90-92页 |
| 3.4.1 tsRFinder的开发与调试 | 第90页 |
| 3.4.2 大豆疫霉菌重测序数据的获得与分析 | 第90-91页 |
| 3.4.3 大豆疫霉菌tsRNA的Northern杂交 | 第91页 |
| 3.4.4 降解组辅助的靶基因的分析 | 第91-92页 |
| 第四章 大豆疫霉菌中小RNA介导的RXLR基因沉默 | 第92-110页 |
| 4.1 背景简介 | 第92-93页 |
| 4.2 结果与分析 | 第93-104页 |
| 4.2.1 Avr1b-1-sRNA的发现 | 第93-94页 |
| 4.2.2 Avr1b-1-sRNA引发的基因沉默信号只在毒性菌株中累积 | 第94-96页 |
| 4.2.3 小RNA与大量RXLR效应蛋白基因表达相关 | 第96-98页 |
| 4.2.4 双向转录介导的Avr1b-1-sRNA的产生 | 第98-100页 |
| 4.2.5 启动子的短序列变异与Avr1b-1和Avr1b-1-sRNA的转录相关联 | 第100-102页 |
| 4.2.6 启动子区域短序列插入/缺失变异广泛存在且受自然选择 | 第102-104页 |
| 4.3 讨论 | 第104-108页 |
| 4.4 材料与方法 | 第108-110页 |
| 4.4.1 生物信息学分析 | 第108页 |
| 4.4.2 大豆疫霉菌菌株及其培养 | 第108页 |
| 4.4.3 大豆幼苗的接菌 | 第108-109页 |
| 4.4.4 疫霉菌及植物RNA的提取 | 第109页 |
| 4.4.5 Northern杂交试验 | 第109页 |
| 4.4.6 RT-PCR分析 | 第109-110页 |
| 第五章 结论 | 第110-113页 |
| 5.1 结论 | 第110-111页 |
| 5.2 创新点 | 第111-112页 |
| 5.3 展望 | 第112-113页 |
| 参考文献 | 第113-145页 |
| 附录 | 第145-148页 |
| 致谢 | 第148-149页 |
| 作者简介 | 第149-150页 |
