| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 1 文献综述 | 第9-18页 |
| 1.1 转录组学概述 | 第9页 |
| 1.2 转录组研究方法 | 第9-13页 |
| 1.2.1 基因芯片技术(DNAmicroarray) | 第10页 |
| 1.2.2 表达序列标签文库测序技术(EST) | 第10-11页 |
| 1.2.3 基因表达序列分析技术(SAGE) | 第11页 |
| 1.2.4 大规模平行测序技术(MPSS) | 第11-12页 |
| 1.2.5 RNA测序技术(RNAsequencing,RNA-Seq) | 第12-13页 |
| 1.3 农杆菌介导法 | 第13-14页 |
| 1.4 选题背景和研究意义 | 第14-17页 |
| 1.4.1 研究背景 | 第14-15页 |
| 1.4.2 研究意义 | 第15-17页 |
| 1.5 技术路线图 | 第17-18页 |
| 2 实验材料与方法 | 第18-29页 |
| 2.1 转录组分析的实验材料和方法 | 第18-20页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第18页 |
| 2.1.2 实验仪器与试剂 | 第18页 |
| 2.1.3 测序试验 | 第18-20页 |
| 2.2 转录组数据的组装 | 第20-22页 |
| 2.2.1 原始数据过滤 | 第20页 |
| 2.2.2 数据组装 | 第20页 |
| 2.2.3 转录组数据分析 | 第20-22页 |
| 2.3 拟南芥愈伤组织受体系统的实验方法 | 第22-29页 |
| 2.3.1 实验材料 | 第22-23页 |
| 2.3.2 主要试剂和仪器设备 | 第23页 |
| 2.3.3 实验方法 | 第23-29页 |
| 3 结果与分析 | 第29-52页 |
| 3.1 RNA提取及质量检测 | 第29页 |
| 3.2 转录组测序产量统计 | 第29-31页 |
| 3.2.1 测序错误率分布检查 | 第29-30页 |
| 3.2.2 测序数据过滤 | 第30-31页 |
| 3.3 数据组装 | 第31-32页 |
| 3.4 Unigene的功能注释 | 第32-34页 |
| 3.5 Unigene的KOG分类 | 第34-35页 |
| 3.6 Unigene的GO分类 | 第35-40页 |
| 3.7 Unigene代谢通路分析 | 第40-42页 |
| 3.8 编码蛋白框（CDS）预测 | 第42-45页 |
| 3.9 拟南芥愈伤组织受体系统 | 第45-52页 |
| 3.9.1 拟南芥愈伤组织的培养 | 第45-46页 |
| 3.9.2 拟南芥再生体系 | 第46-48页 |
| 3.9.3 质粒pBI121-RhNRAMP1转化农杆菌PCR鉴定 | 第48页 |
| 3.9.4 转RhNRAMP1基因拟南芥PCR鉴定 | 第48-49页 |
| 3.9.5 影响拟南芥受体系统建立的因素 | 第49-50页 |
| 3.9.6 可能提高拟南芥遗传转化体系的途径 | 第50-52页 |
| 4 结论与展望 | 第52-55页 |
| 4.1 结论 | 第52-53页 |
| 4.2 展望 | 第53-55页 |
| 参考文献 | 第55-59页 |
| 附录 | 第59-61页 |
| 研究生期间发表的论文 | 第61-62页 |
| 致谢 | 第62-63页 |
