| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-22页 |
| 1 DNA甲基化研究进展 | 第14-16页 |
| ·DNA甲基化 | 第14-15页 |
| ·DNA甲基化酶 | 第15页 |
| ·DNA去甲基化 | 第15-16页 |
| 2 DNA甲基化检测方法 | 第16-18页 |
| ·高效液相色谱法(High Performance Liquid Chromatography,HPLC) | 第17页 |
| ·免疫共沉淀法 | 第17页 |
| ·基于重亚硫酸盐处理法 | 第17-18页 |
| 3 DNA甲基化数据分析 | 第18-21页 |
| ·DNA甲基化数据比对 | 第18-19页 |
| ·差异甲基化分析及可视化 | 第19-21页 |
| 4 研究目的与意义 | 第21-22页 |
| 第二章 RRBS传统分析流程的建立及其在A549过表达DNMT3A的RRBS数据分析中的应用 | 第22-43页 |
| 1 引言 | 第22-23页 |
| 2. 实验材料 | 第23-24页 |
| ·细胞株 | 第23页 |
| ·实验试剂或试剂盒 | 第23-24页 |
| ·实验仪器 | 第24页 |
| 3 实验和数据分析方法 | 第24-32页 |
| ·RRBS文库的构建 | 第24-29页 |
| ·细胞基因组DNA的提取 | 第24页 |
| ·MSPI酶切反应 | 第24页 |
| ·使用Axygen PCR清洁试剂盒纯化 | 第24-25页 |
| ·末端修复 | 第25页 |
| ·3'端加A | 第25页 |
| ·使用Axygen PCR清洁试剂盒纯化 | 第25-26页 |
| ·加甲基化接头 | 第26页 |
| ·琼脂糖电泳 | 第26-27页 |
| ·割胶回收 | 第27页 |
| ·重亚硫酸氢盐转化 | 第27-28页 |
| ·PCR扩增 | 第28页 |
| ·磁珠纯化 | 第28-29页 |
| ·上机测序 | 第29页 |
| ·数据分析流程 | 第29-32页 |
| ·测序质量评估 | 第30页 |
| ·序列比对 | 第30-31页 |
| ·胞嘧啶甲基化的统计 | 第31-32页 |
| ·CpG的注释 | 第32页 |
| 4 结果 | 第32-42页 |
| ·质量控制 | 第32-34页 |
| ·基本的数据统计 | 第34-35页 |
| ·不同样品CpG覆盖度及甲基化分布 | 第35-38页 |
| ·两组样品CpG在功能元件上的注释 | 第38-39页 |
| ·落在不同重复序列的CpG的甲基化情况 | 第39-40页 |
| ·差异甲基化区域(DMR)分析 | 第40-42页 |
| 5 小结 | 第42-43页 |
| 第三章 RRBS深入分析流程的建立及其在不同肿瘤细胞中等位基因特异甲基化分析的应用 | 第43-68页 |
| 1 引言 | 第43-44页 |
| 2 实验材料 | 第44页 |
| 3 实验和数据分析方法 | 第44-46页 |
| ·RRBS文库构建 | 第44页 |
| ·数据分析方法 | 第44-46页 |
| ·RRBS数据的ASM分析 | 第45-46页 |
| ·RRBS数据的SNP分析 | 第46页 |
| ·SNP与ASM的连锁分析 | 第46页 |
| ·ASM与基因表达的相关性分析 | 第46页 |
| 4 结果 | 第46-67页 |
| ·知印记基因ASM与X染色体失活分析 | 第46-51页 |
| ·SNP分析验证分析ASM方法的可靠度 | 第51-54页 |
| ·肿瘤细胞系中ASM存在较大差异 | 第54-56页 |
| ·细胞中ASM的维持与UHRF1有关 | 第56-62页 |
| ·细胞中ASM的产生与DNMT3A有关 | 第62-66页 |
| ·细胞中ASM与基因表达无关 | 第66-67页 |
| 5 小结 | 第67-68页 |
| 第四章 总结与讨论 | 第68-71页 |
| 攻读学位期间待发表论文 | 第71-72页 |
| 参考文献 | 第72-78页 |
| 附录1 代码 | 第78-90页 |
| 1 CpG在不同特征区域上的注释 | 第78-79页 |
| 2 CpG在重复序列上的注释 | 第79-81页 |
| 3 计算每个reads的平均甲基化 | 第81-82页 |
| 4 计算每个区段甲基化标准差 | 第82-84页 |
| 5 不同区段在已知ASM上的注释 | 第84-86页 |
| 6 提取每个reads甲基化表型 | 第86-87页 |
| 7 提取目的片段甲基化表型 | 第87-88页 |
| 8 ASM在不同特征区域上的注释 | 第88-90页 |
| 致谢 | 第90页 |
