| 摘要 | 第1-11页 |
| Abstract | 第11-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-28页 |
| 1 国内外草菇研究进展 | 第14-17页 |
| ·草菇起源与分类 | 第14页 |
| ·草菇营养及药用价值 | 第14-15页 |
| ·草菇生物学及栽培特点 | 第15页 |
| ·草菇遗传育种及分子生物学研究进展 | 第15-17页 |
| 2 DNA测序技术及应用研究进展 | 第17-22页 |
| ·第一代测序技术 | 第17-18页 |
| ·第二代测序技术 | 第18-20页 |
| ·第三代测序技术 | 第20页 |
| ·第二代测序技术的应用 | 第20-22页 |
| 3 iTRAQ技术及其应用 | 第22-26页 |
| ·蛋白质组学及其常用的研究技术 | 第22-24页 |
| ·iTRAQ技术的原理 | 第24-25页 |
| ·iTRAQ技术的优势 | 第25页 |
| ·iTRAQ技术的应用 | 第25-26页 |
| 4 本研究的意义及主要研究内容 | 第26-28页 |
| 第二章 草菇基因组测序及基因注释 | 第28-35页 |
| 1 材料与方法 | 第28-30页 |
| ·供试菌株 | 第28页 |
| ·药品与培养基 | 第28页 |
| ·主要仪器 | 第28-29页 |
| ·菌丝体培养及收集 | 第29页 |
| ·基因组DNA 提取及质量检测 | 第29-30页 |
| ·de novo测序及组装 | 第30页 |
| ·糖酵解途径的基因注释 | 第30页 |
| 2 结果与分析 | 第30-34页 |
| ·DNA提取结果 | 第30-31页 |
| ·基因组测序及组装结果 | 第31-32页 |
| ·糖酵解途径基因注释结果 | 第32-34页 |
| 3 讨论 | 第34-35页 |
| 第三章 草菇转录组测序及初步分析 | 第35-52页 |
| 1 材料与方法 | 第35-40页 |
| ·供试菌株 | 第35页 |
| ·样品制备 | 第35-36页 |
| ·RNA提取 | 第36页 |
| ·测序 | 第36-37页 |
| ·测序数据分析 | 第37-40页 |
| 2 结果与分析 | 第40-50页 |
| ·样品的制备 | 第40-41页 |
| ·RNA提取 | 第41页 |
| ·测序reads组装结果 | 第41-45页 |
| ·Unigene的 COG 分类 | 第45-46页 |
| ·Unigene的代谢通路分析 | 第46-47页 |
| ·Unigene的 GO 分类 | 第47-49页 |
| ·Unigene的编码蛋白框（CDS）预测结果 | 第49-50页 |
| 3 讨论 | 第50-52页 |
| 第四章 同核与异核菌株差异表达基因分析 | 第52-73页 |
| 1 材料与方法 | 第52-55页 |
| ·供试菌株 | 第52页 |
| ·菌丝培养及 RNA 的提取 | 第52页 |
| ·RNA质量检测 | 第52-53页 |
| ·数字基因表达谱测序方法 | 第53页 |
| ·测序质量评估 | 第53-54页 |
| ·基因的表达注释及标准化 | 第54-55页 |
| ·测序数据的生物信息学分析 | 第55页 |
| 2 结果与分析 | 第55-72页 |
| ·RNA质量检测 | 第55-57页 |
| ·测序质量评估 | 第57-60页 |
| ·三个菌株样本基因注释分析 | 第60-62页 |
| ·不同菌株差异表达基因 | 第62-67页 |
| ·Go功能显著性分析 | 第67-71页 |
| ·Pathway 显著性富集分析 | 第71-72页 |
| 3 讨论 | 第72-73页 |
| 第五章 草菇同核、异核菌株的差异蛋白质分析 | 第73-83页 |
| 1 材料与方法 | 第73-76页 |
| ·供试菌株 | 第73页 |
| ·仪器与试剂 | 第73页 |
| ·菌丝体培养 | 第73-74页 |
| ·蛋白质提取及质量检测 | 第74页 |
| ·iTRAQ 标记 | 第74页 |
| ·二相液相色谱（2D-HPLC）分级分离 | 第74-75页 |
| ·质谱鉴定及数据分析 | 第75-76页 |
| ·生物信息学分析 | 第76页 |
| 2 结果与分析 | 第76-81页 |
| ·蛋白质提取检测结果 | 第76-77页 |
| ·质谱鉴定及差异蛋白质筛选 | 第77-78页 |
| ·主成分分析结果 | 第78-79页 |
| ·GO 注释结果 | 第79-80页 |
| ·层次聚类分析结果 | 第80-81页 |
| 3 讨论 | 第81-83页 |
| 第六章 草菇糖酵解基因的克隆及结构分析 | 第83-103页 |
| 1 材料与方法 | 第83-88页 |
| ·供试菌株 | 第83页 |
| ·试剂及培养基 | 第83页 |
| ·主要仪器 | 第83-84页 |
| ·菌丝体培养及 DNA 的提取 | 第84页 |
| ·糖酵解相关基因的克隆、测序 | 第84-86页 |
| ·糖酵解基因的多态性分析 | 第86页 |
| ·糖酵解基因的结构分析 | 第86-88页 |
| 2 结果与分析 | 第88-101页 |
| ·糖酵解途径基因克隆与多态性分析 | 第88-89页 |
| ·糖酵解基因基因结构分析 | 第89-101页 |
| 3 讨论 | 第101-103页 |
| 第七章 糖酵解基因在同核、异核菌株中表达量分析 | 第103-119页 |
| 1 材料与方法 | 第103-106页 |
| ·供试菌株 | 第103页 |
| ·药品与试剂 | 第103页 |
| ·主要仪器 | 第103页 |
| ·糖酵解基因表达谱表达量统计方法 | 第103-104页 |
| ·荧光定量 PCR 验证基因表达量 | 第104-106页 |
| 2 结果与分析 | 第106-117页 |
| ·表达谱表达量 | 第106-111页 |
| ·实时荧光定量 PCR 检测基因相对表达量 | 第111-116页 |
| ·表达谱与实时荧光定量 PCR 结果的比较分析 | 第116-117页 |
| 3 讨论 | 第117-119页 |
| 附录 1 糖酵解基因的实时荧光定量 PCR 相关曲线 | 第119-125页 |
| 附录 2 转录组数据定位的糖酵解基因结构 | 第125-131页 |
| 参考文献 | 第131-139页 |
| 致谢 | 第139页 |