| 摘要 | 第1-12页 |
| ABSTRACT | 第12-16页 |
| 缩略词表 | 第16-18页 |
| 第一章 文献综述 | 第18-40页 |
| ·CTV的生物学特性及危害 | 第18-20页 |
| ·CTV的分类地位和基因组结构 | 第20-22页 |
| ·CTV的分子生物学特性 | 第22-26页 |
| ·复制相关区域ORFla和RdRp及两端非翻译区 | 第22页 |
| ·病毒粒子装配相关基因CPm、CP、HSP70h和p61 | 第22-23页 |
| ·CTV的长距离运动及相关基因p23 | 第23-24页 |
| ·基因沉默抑制子CP、p20和p23 | 第24页 |
| ·蚜传相关基因CPm和p20及内含体在介体传毒中的角色 | 第24-25页 |
| ·系统侵染和致病相关基因 | 第25-26页 |
| ·利用交叉保护防治CTV的可能机制及关键蛋白P33 | 第26页 |
| ·基于CTV的外源基因表达载体和VIGS载体的应用 | 第26-27页 |
| ·CTV与柑橘寄主互作研究进展 | 第27-28页 |
| ·CTV及长线形病毒科成员的遗传变异 | 第28-34页 |
| ·CTV的分子变异和基因型 | 第28-29页 |
| ·CTV基因型研究进展 | 第29-31页 |
| ·CTV和长线形病毒科成员的分子进化特点 | 第31-34页 |
| ·CTV的血清学特性研究进展 | 第34-35页 |
| ·抗原表位及其特性 | 第35-38页 |
| ·抗体和抗原表位的定义 | 第35-37页 |
| ·线性表位的预测和鉴定 | 第37-38页 |
| ·研究目的与意义 | 第38-40页 |
| 第二章 来源我国CTV分离物的基因型鉴定 | 第40-61页 |
| ·前言 | 第40页 |
| ·材料和方法 | 第40-46页 |
| ·样品来源 | 第40-41页 |
| ·主要试剂和菌株 | 第41页 |
| ·柑橘样品总RNA的提取 | 第41-42页 |
| ·cDNA的合成 | 第42-43页 |
| ·PCR | 第43-44页 |
| ·PCR产物的回收、克隆及测序 | 第44-45页 |
| ·序列分析 | 第45-46页 |
| ·结果与分析 | 第46-59页 |
| ·基因型多重分子标记(MMMs)扩增结果 | 第46-49页 |
| ·MMMs扩增片段的序列分析 | 第49-59页 |
| ·K17标记扩增片段的序列分析 | 第49-54页 |
| ·POL标记扩增片段的序列分析 | 第54-57页 |
| ·5'标记扩增片段的序列分析 | 第57页 |
| ·B165-LProⅡ标记扩增片段的序列分析 | 第57-59页 |
| ·我国CTV分离物的基因型鉴定结果 | 第59页 |
| ·讨论 | 第59-61页 |
| 第三章 CTV两个结构蛋白编码基因(CP和CPm)的遗传多样性分析 | 第61-81页 |
| ·前言 | 第61-62页 |
| ·材料和方法 | 第62-65页 |
| ·样品来源 | 第62-65页 |
| ·总RNA的提取、RT-PCR及序列分析 | 第65页 |
| ·结果与分析 | 第65-79页 |
| ·不同地理来源样品的CTV侵染情况 | 第65-66页 |
| ·CPm和CP基因的系统发育分析和不同组群的遗传多样性 | 第66-71页 |
| ·我国和其他国家的CTV分离物存在远距离基因漂移 | 第71-72页 |
| ·CP和CPm均处于负向选择压力 | 第72-74页 |
| ·CPm和CP基因单个密码子的选择压力分析 | 第74页 |
| ·CPm基因区域为重组热点之一 | 第74-79页 |
| ·讨论 | 第79-81页 |
| 第四章 来源中国的CTV分离物AT-1的全基因组序列分析 | 第81-101页 |
| ·前言 | 第81页 |
| ·材料与方法 | 第81-91页 |
| ·植物材料和介体蚜虫 | 第81页 |
| ·主要试剂和菌株 | 第81-82页 |
| ·蚜传试验 | 第82页 |
| ·总RNA的提取 | 第82页 |
| ·RT-PCR | 第82-84页 |
| ·5 ' Race | 第84-87页 |
| ·去磷酸化处理 | 第84-85页 |
| ·“去帽子”反应 | 第85页 |
| ·5'Race接头的连接 | 第85-86页 |
| ·cDNA的合成 | 第86页 |
| ·PCR | 第86-87页 |
| ·3 ' Race | 第87-88页 |
| ·RNA3'端加 poly(A) | 第87-88页 |
| ·cDNA的合成 | 第88页 |
| ·PCR | 第88页 |
| ·CP HinfI/RFLP分析 | 第88-89页 |
| ·序列分析 | 第89-91页 |
| ·结果与分析 | 第91-99页 |
| ·毒源材料的蚜传效果评价 | 第91页 |
| ·蚜传亚分离物CP基因的HinfI/RFLP分析 | 第91-92页 |
| ·CP基因序列分析表明4株蚜传亚分离物均为单一侵染 | 第92-93页 |
| ·蚜传亚分离物AT-1全基因组分析表明属于VT组群 | 第93-97页 |
| ·AT-1各开放阅读框与代表分离物序列的相似性比较分析 | 第97-98页 |
| ·AT-1分离物为B165和VT的重组子 | 第98-99页 |
| ·讨论 | 第99-101页 |
| 第五章 CTV外壳蛋白的抗原表位作图和结构分析 | 第101-133页 |
| ·前言 | 第101页 |
| ·材料与方法 | 第101-110页 |
| ·植物材料、短肽和抗体 | 第101-102页 |
| ·主要试剂、菌株和载体 | 第102页 |
| ·表位预测分析 | 第102-103页 |
| ·截短片段的设计、定点突变和目的基因的克隆 | 第103-104页 |
| ·原核表达载体的构建和蛋白诱导表达 | 第104-105页 |
| ·载体构建 | 第104页 |
| ·目的基因的原核诱导表达 | 第104-105页 |
| ·表达蛋白的可溶性分析 | 第105页 |
| ·SDS-PAGE电泳分析 | 第105-106页 |
| ·Western blotting分析 | 第106-107页 |
| ·His标签蛋白的纯化 | 第107-108页 |
| ·可溶性蛋白的纯化 | 第107-108页 |
| ·包涵体蛋白的纯化 | 第108页 |
| ·CTV病毒粗提液的小量制备 | 第108页 |
| ·间接ELISA | 第108-109页 |
| ·免疫捕捉RT-PCR(IC-RT-PCR) | 第109页 |
| ·序列分析和外壳蛋白的结构预测 | 第109-110页 |
| ·结果与分析 | 第110-130页 |
| ·IC-RT-PCR分析10株单克隆抗体与CTV病毒粒子的识别反应 | 第110页 |
| ·混合单抗不能识别CTV-HB1分离物的病毒粗提液 | 第110-111页 |
| ·CTV-S4 CP的抗原表位预测分析 | 第111-113页 |
| ·S4-CP和C△-1～C△-9的原核表达载体的构建、诱导表达及纯化 | 第113-115页 |
| ·纯化蛋白的Western blotting分析 | 第115-116页 |
| ·10个单克隆抗体识别的抗原表位鉴定结果 | 第116-120页 |
| ·鉴定的3个抗原表位在不同CTV组群分离物中高度保守 | 第120-121页 |
| ·应用合成短肽对新鉴定表位~(97)DDDSTGIT~(104)的进一步验证 | 第121-122页 |
| ·~(97)DDDSTGIT~(104)区域氨基酸突变对抗原-抗体互作的影响 | 第122-124页 |
| ·CTV-HB1外壳蛋白不能被MAb 1、4、5、6和10识别 | 第124页 |
| ·G98为MAb 1、4和10不能识别HB1 CP的关键氨基酸位点 | 第124-126页 |
| ·CTV-HB1和CTV-S4 CP的抗原表位预测分析和比较 | 第126-128页 |
| ·CTV-HB1和CTV-S4 CP的三级结构预测分析和比较 | 第128-130页 |
| ·讨论 | 第130-133页 |
| 第六章 结论与展望 | 第133-135页 |
| 参考文献 | 第135-154页 |
| 附录1 褐色橘蚜的显微鉴定 | 第154-155页 |
| 附录2 室内褐色橘蚜种群的建立 | 第155-156页 |
| 附录3 pMD18-T克隆载体图谱 | 第156-157页 |
| 附录4 pET-28a(+)载体图谱和多克隆位点信息 | 第157-158页 |
| 附录5 多肽~(97)DDDSTGIT~(104)的高效液相色谱分析报告 | 第158-159页 |
| 附录6 多肽~(97)DDDSTGI~(103)的高效液相色谱分析报告 | 第159-160页 |
| 附录7 多肽~(97)DDDSTG~(102)的高效液相色谱分析报告 | 第160-161页 |
| 附录8 常用试剂和培养基的配方 | 第161-165页 |
| 附录9 研究生期间发表的研究论文和会议摘要 | 第165-166页 |
| 致谢 | 第166-167页 |
