| 目录 | 第1-5页 |
| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第1章 绪论 | 第9-17页 |
| ·研究背景及意义 | 第9-10页 |
| ·国内外研究现状 | 第10-14页 |
| ·生物信息学发展现状 | 第10-11页 |
| ·序列比对算法研究现状 | 第11-12页 |
| ·序列比对并行算法研究现状 | 第12-14页 |
| ·研究内容 | 第14页 |
| ·论文组织结构 | 第14-17页 |
| 第2章 序列比对基础 | 第17-25页 |
| ·序列比对的基本概述 | 第17-22页 |
| ·DNA和序列 | 第17-18页 |
| ·同源与相似 | 第18-19页 |
| ·序列比对问题的数学描述 | 第19-20页 |
| ·空位罚分 | 第20-22页 |
| ·序列比对的分类 | 第22-23页 |
| ·目标函数 | 第23-24页 |
| ·背景介绍 | 第23页 |
| ·SP模型 | 第23-24页 |
| ·本章小结 | 第24-25页 |
| 第3章 序列比对算法研究 | 第25-37页 |
| ·双序列比对算法 | 第25-30页 |
| ·点阵法 | 第25-26页 |
| ·动态规划算法 | 第26-29页 |
| ·启发式算法 | 第29-30页 |
| ·多序列比对算法 | 第30-35页 |
| ·动态规划算法 | 第30-32页 |
| ·渐近比对算法 | 第32-34页 |
| ·星比对算法 | 第34-35页 |
| ·迭代算法 | 第35页 |
| ·本章小结 | 第35-37页 |
| 第4章 基于关键字树和滑动窗口的DNA多序列星比对算法 | 第37-47页 |
| ·关键字树与滑动窗口 | 第37-38页 |
| ·关键字树理论 | 第37-38页 |
| ·滑动窗口理论 | 第38页 |
| ·算法设计 | 第38-42页 |
| ·星比对算法分析 | 第38-40页 |
| ·MA算法实现 | 第40-42页 |
| ·实验结果与分析 | 第42-45页 |
| ·算法性能分析 | 第45页 |
| ·本章小结 | 第45-47页 |
| 第5章 一种利用并行计算的基于关键字树和滑动窗口的多序列比对方法 | 第47-55页 |
| ·MA算法分析 | 第47-48页 |
| ·并行计算思想 | 第48-49页 |
| ·算法设计与分析 | 第49-51页 |
| ·算法描述 | 第49页 |
| ·P-MA算法实现 | 第49-51页 |
| ·对比实验 | 第51-53页 |
| ·实验结果及分析 | 第53-54页 |
| ·本章小结 | 第54-55页 |
| 第6章 总结与展望 | 第55-57页 |
| 参考文献 | 第57-63页 |
| 附录 | 第63-65页 |
| 致谢 | 第65-67页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第67页 |