| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-10页 |
| 第1章 绪论 | 第10-50页 |
| ·计算机模拟简介 | 第10-14页 |
| ·为什么要使用计算机模拟？ | 第10页 |
| ·分子模型的四个基本要素 | 第10-11页 |
| ·自由度的选择 | 第11-13页 |
| ·分子动力学的历史 | 第13-14页 |
| ·力场 | 第14-19页 |
| ·能量函数 | 第14-16页 |
| ·力场参数化 | 第16-17页 |
| ·分子力场的发展 | 第17-19页 |
| ·采样 | 第19-22页 |
| ·采样的方法 | 第19-20页 |
| ·增强采样的方法 | 第20-22页 |
| ·边界条件 | 第22-23页 |
| ·真空边界条件 | 第22页 |
| ·周期性边界条件 | 第22-23页 |
| ·微滴 | 第23页 |
| ·自由能计算 | 第23-26页 |
| ·分子动力学作为实验的辅助手段 | 第26-28页 |
| ·分子动力学在生物学中的应用 | 第28-30页 |
| 参考文献 | 第30-50页 |
| 第2章 用单步微扰来计算构象状态特异的自由能差：GROMOS43A1和 GROMOS53A6 力场对蛋白二级结构的偏好性 | 第50-76页 |
| ·引言 | 第50-53页 |
| ·材料和方法 | 第53-56页 |
| ·分子体系和构象状态 | 第53-54页 |
| ·对构象状态进行采样 | 第54页 |
| ·自由能计算 | 第54-56页 |
| ·结果与讨论 | 第56-65页 |
| ·单步微扰和热力学积分计算的构象状态特异的自由能差 | 第56-58页 |
| ·范德华半径的大幅度的减小会造成单步微扰的错误 | 第58-62页 |
| ·单个力场参数对二级结构的稳定性的影响 | 第62-65页 |
| ·结论 | 第65-66页 |
| ·致谢 | 第66页 |
| ·附加信息 | 第66-72页 |
| ·构象状态的采样 | 第66-70页 |
| ·GROMOS 原子类型的范德华半径 | 第70页 |
| ·原子类型CH3 的1-4 邻居 | 第70-72页 |
| 参考文献 | 第72-76页 |
| 第3章 用单步微扰来预测不同侧链的多肽的折叠平衡 | 第76-87页 |
| ·引言 | 第76-78页 |
| ·材料和方法 | 第78-79页 |
| ·分子模型 | 第78页 |
| ·模拟细节 | 第78-79页 |
| ·分析 | 第79页 |
| ·结果 | 第79-81页 |
| ·讨论 | 第81-82页 |
| ·结论 | 第82页 |
| ·致谢 | 第82-83页 |
| ·附加信息 | 第83-85页 |
| 参考文献 | 第85-87页 |
| 第4章 基于量子力学计算与自由能模拟优化 GROMOS 53A6力场主链二面角与主链氢键项 | 第87-98页 |
| ·介绍 | 第87-88页 |
| ·结果与讨论 | 第88-96页 |
| ·二肽的Ramachandran 自由能面 | 第88-92页 |
| ·偏离中心的电荷模型 | 第92-93页 |
| ·蛋白质的分子动力学模拟 | 第93-96页 |
| ·小肽体系的分子动力学模拟 | 第96页 |
| ·结论 | 第96-98页 |
| 致谢 | 第98-99页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 | 第99-101页 |
