| 目录 | 第1-5页 |
| 摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-13页 |
| 缩略词表 | 第13-15页 |
| 第1章 前言 | 第15-22页 |
| 第1节 中心法则与基因表达调控 | 第15-16页 |
| 第2节 生物网络和高通量组学技术 | 第16-18页 |
| 第3节 基因调控网络建模与多元统计分析 | 第18-20页 |
| 第4节 本论文框架 | 第20-22页 |
| 第2章 双顺反子基因的预测与分析 | 第22-34页 |
| 第1节 双顺反子基因概述 | 第22-23页 |
| 第2节 利用比较基因组学方法预测人类双顺反子基因 | 第23-28页 |
| 第3节 双顺反子基因蛋白结构域相互作用网络分析 | 第28-30页 |
| 第4节 双顺反子基因中开放阅读框融合的结构分析 | 第30-33页 |
| 第5节 结论 | 第33-34页 |
| 第3章 基于 Lasso 回归模型构建 microRNA-靶基因调控网络 | 第34-53页 |
| 第1节 MicroRNA 相关生物学背景介绍 | 第34-36页 |
| 第2节 Lasso 回归模型的构建与变量选择 | 第36-40页 |
| ·回归模型的构建 | 第36-37页 |
| ·变量选择 | 第37-39页 |
| ·模型的进一步改进 | 第39页 |
| ·测试数据集的准备 | 第39-40页 |
| 第3节 Lasso 回归模型能够更准确地预测 microRNA-靶基因的调控关系 | 第40-45页 |
| 第4节 前列腺癌相关 microRNA 调控网络的构建 | 第45-48页 |
| 第5节 结论 | 第48-53页 |
| 第4章 利用表观遗传修饰数据预测 DNA 调控元件 | 第53-66页 |
| 第1节 DNA 调控元件的表观遗传修饰背景介绍 | 第53-55页 |
| 第2节 ChIP-chip/seq 信号峰形状定量描述体系的建立 | 第55-59页 |
| ·测试数据来源 | 第55-56页 |
| ·表观遗传修饰分布谱的计算 | 第56-57页 |
| ·几种重要的信号峰分布统计量 | 第57-59页 |
| 第3节 基于信号峰形状定量描述体系预测 DNA 调控元件 | 第59-62页 |
| 第4节 DNA 调控元件目标识别软件 DELTA 与其他同类算法之间的比较 | 第62-65页 |
| 第5节 结论 | 第65-66页 |
| 第5章 组蛋白修饰基因调控网络的构建和调控模式分析 | 第66-85页 |
| 第1节 表观遗传调控相关背景介绍 | 第66-68页 |
| 第2节 数据来源与处理 | 第68-71页 |
| 第3节 组蛋白修饰在启动子区的分布特征 | 第71-74页 |
| ·组蛋白修饰在启动子区分布呈整体一致性 | 第71-72页 |
| ·细胞系特异基因启动子区的组蛋白修饰呈明显的细胞特异性 | 第72-74页 |
| 第4节 启动子区组蛋白修饰可在多细胞系中准确预测细胞系特异基因表达 | 第74-76页 |
| 第5节 组蛋白修饰基因调控网络的构建和调控模式分析 | 第76-83页 |
| ·利用回归模型和 bootstrap 方法构建组蛋白修饰基因调控网络 | 第76-79页 |
| ·组蛋白修饰对细胞系特异基因的联合调控模式 | 第79-83页 |
| 第6节 结论 | 第83-85页 |
| 第6章 论文总结 | 第85-87页 |
| 参考文献 | 第87-96页 |
| 个人简历 | 第96-98页 |
| 致谢 | 第98页 |
