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光并行计算及其在图像处理和计算分子生物学中的应用

第一章 引言第1-19页
 1.1 背景介绍第13-14页
 1.2 主要结果第14-18页
 1.3 论文组织第18-19页
第二章 可重构的流水光总线模型及其基本操作第19-42页
 2.1 背景介绍第19-20页
 2.2 可重构的线性阵列模型—LARPBS第20-22页
 2.3 脉冲吻合寻址技术第22-23页
 2.4 基本数据操作第23-27页
 2.5 矩阵乘法第27-32页
  2.5.1 N~2个处理器的矩阵乘法第27-29页
  2.5.2 N~3个处理器的矩阵乘法第29-30页
  2.5.3 N~(2.8704)个处理器的矩阵乘法第30-32页
 2.6 排序问题第32-41页
  2.6.1 使用N~2个处理机O(1)时间完成的排序算法第33-34页
  2.6.2 使用N个处理机的排序算法第34-35页
  2.6.3 使用p个处理机的排序算法第35-37页
  2.6.4 使用N个处理机的并行排序改进版本第37-41页
 2.7 本章总结第41-42页
第三章 Hough变换第42-52页
 3.1 背景介绍第42-43页
 3.2 基本性质第43-44页
 3.3 Hough变换算法第44-48页
 3.4 可扩放性分析第48-50页
 3.5 本章总结第50-52页
第四章 欧几里得距离变换第52-74页
 4.1 背景介绍第52-54页
 4.2 EDT的基本性质第54-55页
 4.3 O((log n log log n)/(log log log n))的EDT算法第55-60页
  4.3.1 算法描述第55-58页
  4.3.2 复杂度分析第58-60页
 4.4 O(log·log log n)的EDT算法第60-65页
  4.4.1 算法描述第60-63页
  4.4.2 复杂度分析第63-65页
 4.5 参数化的EDT第65-73页
  4.5.1 算法描述第66-69页
  4.5.2 复杂度和可扩放性分析第69-73页
 4.6 本章总结第73-74页
第五章 最长公共子序列问题第74-99页
 5.1 背景介绍第74-75页
 5.2 研究回顾第75-77页
 5.3 基础知识第77-82页
 5.4 理论基础第82-85页
 5.5 计算代价最优的快速并行算法第85-91页
  5.5.1 快速算法第85-87页
  5.5.2 复杂度分析第87-88页
  5.5.3 代价最优的可扩放的并行算法第88-91页
 5.6 更快速的并行算法第91-97页
  5.6.1 子序列块的性质第91-93页
  5.6.2 快速并行算法第93-94页
  5.6.3 算法分析第94-96页
  5.6.4 可扩放性分析第96-97页
 5.7 本章总结第97-99页
第六章 序列对比问题第99-128页
 6.1 背景介绍第99-103页
 6.2 研究回顾第103-105页
 6.3 理论基础第105-112页
 6.4 序列对比的快速算法第112-127页
  6.4.1 LARPBS上的数据散射操作第113-114页
  6.4.2 计算序列相似度的快速并行算法第114-116页
  6.4.3 快速并行算法的复杂度分析第116-117页
  6.4.4 时空最优的快速序列对比算法第117-120页
  6.4.5 时空最优的快速序列对比算法的复杂度分析第120-121页
  6.4.6 时空优化的快速序列对比算法的运行实例第121-123页
  6.4.7 可扩放的空间节省的并行算法第123-125页
  6.4.8 扩放的空间节省的并行算法复杂度分析第125-127页
 6.5 本章总结第127-128页
第七章 结论第128-131页
 7.1 我们的贡献第128-130页
 7.2 将来的工作第130-131页
参考文献第131-139页

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