| 摘要 | 第1-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 1 文献综述 | 第12-24页 |
| ·细菌非编码 RNA 的分类 | 第12-20页 |
| ·依据调控方式不同分类 | 第12-19页 |
| ·依据长短不同分类 | 第19-20页 |
| ·细菌非编码 RNA 的功能 | 第20页 |
| ·ncRNAs 介导的共同调控作用 | 第20页 |
| ·ncRNAs 控制生物体的适应性 | 第20页 |
| ·非编码 RNA 的优势 | 第20页 |
| ·非编码 RNA 的进化 | 第20-21页 |
| ·非编码 RNA 的应用 | 第21页 |
| ·ncRNA 的发现技术 | 第21-22页 |
| ·生物信息学预测新的非编码 RNA | 第21-22页 |
| ·通过实验建库鉴定新的非编码 RNA | 第22页 |
| ·通过下一代测序技术鉴定新的非编码 RNA | 第22页 |
| ·ncRNA 功能研究方法 | 第22-23页 |
| ·本实验的目的和意义 | 第23-24页 |
| 2 材料与方法 | 第24-44页 |
| ·实验材料 | 第24-27页 |
| ·菌株、质粒 | 第24页 |
| ·培养基 | 第24-25页 |
| ·溶液 | 第25-26页 |
| ·试剂 | 第26页 |
| ·实验仪器 | 第26-27页 |
| ·实验方法 | 第27-44页 |
| ·耻垢分枝杆菌总 RNA 的提取 | 第27-28页 |
| ·50-500 nt RNA 的分离 | 第28-29页 |
| ·核糖体 RNA 的去除 | 第29-31页 |
| ·RNA 去磷酸化 | 第31页 |
| ·RNA 连接 3’adaptor | 第31-32页 |
| ·RNA 的去帽和磷酸化修饰 | 第32-33页 |
| ·RNA 连接 5’ adaptor | 第33页 |
| ·去除 RNA 中 sman 片段 | 第33-34页 |
| ·50-500 nt ncRNA 的 cDNA 文库克隆 | 第34-36页 |
| ·测序结果分析策略 | 第36页 |
| ·Northern Blot 杂交 | 第36-38页 |
| ·RT-PCR | 第38-39页 |
| ·ncRNA 的过表达 | 第39-43页 |
| ·ncRNA 过表达后生长速度测定[51] | 第43-44页 |
| 3. 结果与分析 | 第44-64页 |
| ·总 RNA 提取 | 第44页 |
| ·50-500 nt RNA 的 cDNA 文库构建 | 第44-49页 |
| ·50-500 nt RNA 分离结果 | 第44-45页 |
| ·去除核糖体 RNA 结果 | 第45-46页 |
| ·3’接头连接结果 | 第46-47页 |
| ·文库 PCR 结果 | 第47-48页 |
| ·部分文库菌落 PCR 结果 | 第48-49页 |
| ·测序结果 | 第49-57页 |
| ·原始数据的长度分布 | 第50页 |
| ·过滤接头序列 | 第50-51页 |
| ·去除核糖体 RNA 和 tRNA | 第51-52页 |
| ·去除已知的 RNA 后的 clean data 与基因组比对结果 | 第52-53页 |
| ·重复 RNA 分为同一个 cluster | 第53页 |
| ·candidate RNA 基因组上定位 | 第53-56页 |
| ·candidate RNA 与 MTB complex genomes 比对 | 第56-57页 |
| ·Northern Blot 及 RT-PCR 验证 ncRNA 在耻垢分枝杆菌中的存在 | 第57-60页 |
| ·Northern Blot 验证 ncRNA 的存在 | 第57-58页 |
| ·RT-PCR 验证 ncRNA 的存在 | 第58-60页 |
| ·ncRNA 过表达 | 第60-64页 |
| ·rrnB 启动子取代 pMV261 中的 hsp60 启动子生成 pMV261R | 第60页 |
| ·插入终止子 Term 至 pMV261R，生成 pMV261RT | 第60-61页 |
| ·目的片段插入过表达载体 pMV261RT | 第61-62页 |
| ·ncRNA 过表达结果 | 第62-64页 |
| 4. 结论与讨论 | 第64-66页 |
| 参考文献 | 第66-70页 |
| 致谢 | 第70页 |
