| Abstract | 第1-8页 |
| 引言 | 第8-10页 |
| 1 文献综述 | 第10-27页 |
| ·组蛋白去乙酰化酶抑制剂研究现状 | 第10-15页 |
| ·组蛋白去乙酰化酶与肿瘤关系 | 第10-11页 |
| ·组蛋白去乙酰化酶分类及其晶体结构 | 第11-12页 |
| ·组蛋白去乙酰化酶抑制剂的抗肿瘤作用 | 第12-13页 |
| ·组蛋白去乙酰化酶抑制剂分类及其作用模式 | 第13-15页 |
| ·HDACs 抑制剂分子模拟研究现状 | 第15页 |
| ·蛋白质与配体相互作用计算机分子模拟技术 | 第15-25页 |
| ·蛋白-配体相互作用的研究背景和意义 | 第15-16页 |
| ·同源模建 | 第16-18页 |
| ·分子对接 | 第18-22页 |
| ·分子动力学模拟 | 第22-25页 |
| ·本论文研究内容 | 第25-27页 |
| 2 组蛋白去乙酰化酶 HDAC1同源模建 | 第27-35页 |
| ·引言 | 第27页 |
| ·计算方法 | 第27-28页 |
| ·序列比对 | 第27-28页 |
| ·模型建立和评估 | 第28页 |
| ·结果与讨论 | 第28-34页 |
| ·目标序列 HDAC1与模板 HDAC8序列比对结果 | 第28-29页 |
| ·HDAC1模型建立与评估 | 第29-31页 |
| ·HDAC1模型三维结构 | 第31-34页 |
| ·小结 | 第34-35页 |
| 3 组蛋白去乙酰化酶与环肽类抑制剂相互作用分析 | 第35-47页 |
| ·引言 | 第35页 |
| ·计算方法 | 第35-36页 |
| ·抑制剂配体的准备 | 第35页 |
| ·酶受体的准备 | 第35-36页 |
| ·对接计算 | 第36页 |
| ·结果与讨论 | 第36-45页 |
| ·HDLP-TSA 和 HDAC8-TSA 重现对接 | 第36-38页 |
| ·TSA 与 HDAC1相互作用 | 第38-39页 |
| ·环肽抑制剂与 HDAC1作用 | 第39-43页 |
| ·结合自由能计算值与实验值关系 | 第43-44页 |
| ·Apicidin 对 HDAC1和 HDAC8的选择性抑制 | 第44-45页 |
| ·小结 | 第45-47页 |
| 4 分子动力学分析 apicidin 选择性抑制作用 | 第47-54页 |
| ·引言 | 第47页 |
| ·计算方法 | 第47-48页 |
| ·研究体系建立 | 第47-48页 |
| ·分子动力学模拟 | 第48页 |
| ·结果与讨论 | 第48-53页 |
| ·小结 | 第53-54页 |
| 结论 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-59页 |
| 附录 A HDAC1模型评估结果 | 第59-60页 |
| 附录 B 模拟所用参数文件 | 第60-63页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第63-64页 |
| 致谢 | 第64-65页 |
