基于谱的蛋白质序列比对方法研究
| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-7页 |
| 第一章 绪论 | 第7-13页 |
| ·背景介绍 | 第7-9页 |
| ·研究现状 | 第9-11页 |
| ·本文工作 | 第11-13页 |
| 第二章 相关算法 | 第13-17页 |
| ·现有算法概述 | 第13-14页 |
| ·BLAST算法 | 第14-15页 |
| ·BLAST概述 | 第14页 |
| ·计算过程 | 第14-15页 |
| ·其他算法 | 第15-16页 |
| ·FASTA算法 | 第15-16页 |
| ·隐马尔可夫模型 | 第16页 |
| ·本章小结 | 第16-17页 |
| 第三章 谱方法 | 第17-33页 |
| ·蛋白质序列的谱 | 第17-21页 |
| ·谱方法的思路 | 第17-18页 |
| ·得分矩阵 | 第18-19页 |
| ·计算谱的几种方法 | 第19-21页 |
| ·GRIBSKOV的谱方法 | 第21-23页 |
| ·Gribskov谱的计算 | 第21-22页 |
| ·计算Dayhoff矩阵 | 第22-23页 |
| ·改进的谱方法 | 第23-25页 |
| ·Henikoff的谱方法 | 第23-24页 |
| ·谱方法的步骤 | 第24-25页 |
| ·构造探测序列集合 | 第25页 |
| ·计算谱 | 第25-28页 |
| ·计算关系矩阵 | 第28-30页 |
| ·比较谱的几种方法 | 第28-29页 |
| ·计算关系矩阵 | 第29-30页 |
| ·计算比对结果 | 第30-32页 |
| ·空位罚分函数 | 第30-31页 |
| ·初始化矩阵 | 第31页 |
| ·计算路径矩阵 | 第31-32页 |
| ·本章小结 | 第32-33页 |
| 第四章 对谱方法运算时间的优化 | 第33-37页 |
| ·并行计算序列的谱 | 第33-35页 |
| ·并行计算平台 | 第33页 |
| ·并行计算谱 | 第33-35页 |
| ·矩阵计算中的优化 | 第35-37页 |
| 第五章 实验结果分析 | 第37-43页 |
| ·比对结果 | 第37-38页 |
| ·比对精确度的评价标准 | 第38-39页 |
| ·对实验结果的分析 | 第39-43页 |
| 第六章 总结与展望 | 第43-45页 |
| 致谢 | 第45-47页 |
| 参考文献 | 第47-51页 |
| 研究成果 | 第51页 |
