海山微生物群落结构及海洋趋磁细菌多样性研究
| 摘要 | 第5-7页 |
| abstract | 第7-10页 |
| 第一章 引言 | 第14-34页 |
| 1.1 海洋微生物生态学 | 第15-18页 |
| 1.2 海洋微生物多样性研究方法 | 第18-21页 |
| 1.2.1 培养和显微镜观察方法 | 第18页 |
| 1.2.2 不依赖于培养的微生物群落结构研究方法 | 第18-20页 |
| 1.2.3 基于高通量测序的微生物多样性研究方法 | 第20-21页 |
| 1.3 海山微生物研究进展 | 第21-24页 |
| 1.3.1 海山环境特征 | 第21-23页 |
| 1.3.2 海山细菌研究 | 第23页 |
| 1.3.3 海山古菌研究 | 第23-24页 |
| 1.4 特殊微生物——趋磁细菌 | 第24-31页 |
| 1.4.1 趋磁细菌特征 | 第24-26页 |
| 1.4.2 趋磁细菌多样性及进化起源 | 第26-30页 |
| 1.4.3 海洋趋磁细菌 | 第30-31页 |
| 1.5 存在的科学问题及本论文的主要研究内容 | 第31-34页 |
| 第二章 海山微生物多样性及群落结构研究 | 第34-64页 |
| 2.1 材料与方法 | 第34-40页 |
| 2.1.1 样品采集 | 第34-35页 |
| 2.1.2 DNA抽提和质量检测 | 第35-36页 |
| 2.1.3 PCR扩增 | 第36-37页 |
| 2.1.4 Illumina Miseq测序 | 第37页 |
| 2.1.5 数据处理 | 第37-40页 |
| 2.2 结果 | 第40-61页 |
| 2.2.1 马里亚纳海山环境特征及采样站点 | 第40-44页 |
| 2.2.2 细菌测序数据评估及多样性 | 第44-46页 |
| 2.2.3 细菌分类地位及群落结构组成 | 第46-49页 |
| 2.2.4 细菌群落结构异质性及与环境的关系 | 第49-51页 |
| 2.2.5 古菌测序数据评估及多样性 | 第51-54页 |
| 2.2.6 古菌分类学及群落结构组成 | 第54-57页 |
| 2.2.7 古菌系统进化研究 | 第57-58页 |
| 2.2.8 古菌群落结构异质性及与环境的关系 | 第58-61页 |
| 2.3 讨论 | 第61-63页 |
| 2.3.1 细菌多样性及群落结构特征 | 第61-62页 |
| 2.3.2 古菌多样性及群落结构特征 | 第62-63页 |
| 2.4 小结 | 第63-64页 |
| 第三章 海洋趋磁细菌分布与多样性研究 | 第64-102页 |
| 3.1 材料与方法 | 第64-67页 |
| 3.1.1 样品采集与数据来源 | 第64-66页 |
| 3.1.2 数据前处理和OTU聚类 | 第66-67页 |
| 3.1.3 趋磁细菌筛选及系统进化分析 | 第67页 |
| 3.1.4 综合分析 | 第67页 |
| 3.2 结果 | 第67-89页 |
| 3.2.1 荣成月湖潮间带趋磁细菌多样性 | 第67-73页 |
| 3.2.2 东海沉积物趋磁细菌多样性 | 第73-76页 |
| 3.2.3 南、北极沉积物趋磁细菌多样性 | 第76-79页 |
| 3.2.4 冲绳海槽沉积物趋磁细菌多样性 | 第79-81页 |
| 3.2.5 唐印热液区及邻近海域趋磁细菌多样性 | 第81-84页 |
| 3.2.6 马里亚纳海山沉积物趋磁细菌多样性 | 第84-87页 |
| 3.2.7 东太平洋多金属结核区趋磁细菌多样性 | 第87-89页 |
| 3.3 讨论 | 第89-99页 |
| 3.3.1 研究方法的优势及局限性 | 第89-92页 |
| 3.3.2 海洋趋磁细菌的地理分布和多样性 | 第92-94页 |
| 3.3.3 海洋硝化螺菌门趋磁细菌的进化起源 | 第94-97页 |
| 3.3.4 多细胞趋磁原核生物的进化起源 | 第97-98页 |
| 3.3.5 潜在的海洋趋磁细菌资源 | 第98-99页 |
| 3.4 小结 | 第99-102页 |
| 第四章 结论与展望 | 第102-104页 |
| 4.1 结论 | 第102页 |
| 4.2 创新点 | 第102-103页 |
| 4.3 展望 | 第103-104页 |
| 参考文献 | 第104-122页 |
| 附录 | 第122-128页 |
| 致谢 | 第128-130页 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第130-131页 |
