| 致谢 | 第4-5页 |
| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 第一章 绪论 | 第11-14页 |
| 1.1 研究背景与意义 | 第11-12页 |
| 1.1.1 研究背景 | 第11页 |
| 1.1.2 研究意义 | 第11-12页 |
| 1.2 研究思路与内容 | 第12-13页 |
| 1.3 研究结构 | 第13-14页 |
| 第二章 流程构建 | 第14-33页 |
| 2.1 全长LTR-retrotransposons鉴定 | 第14-22页 |
| 2.1.1 全长LTR-retrotransposons结构简介 | 第14-15页 |
| 2.1.2 数据存储结构 | 第15-16页 |
| 2.1.3 字符串匹配 | 第16-19页 |
| 2.1.4 蛋白质结构预测 | 第19-20页 |
| 2.1.5 串联重复检测 | 第20页 |
| 2.1.6 全长LTR-retrotransposons鉴定流程构建 | 第20-22页 |
| 2.2 LTR-retrotransposons插入基因组年代分析 | 第22-25页 |
| 2.2.1 ClustalW比对 | 第22-23页 |
| 2.2.2 Kimuratwo-parameter模型 | 第23-24页 |
| 2.2.3 LTR-retrotransposons插入基因组年代分析流程构建 | 第24-25页 |
| 2.3 LTR-retrotransposons的次级家族聚类分析 | 第25-27页 |
| 2.3.1 构建进化树 | 第25-26页 |
| 2.3.2 LTR-retrotransposons的次级家族聚类分析流程构建 | 第26-27页 |
| 2.4 LTR-retrotransposons内部捕获基因分析 | 第27-33页 |
| 2.4.1 内部捕获基因鉴定原理 | 第27-28页 |
| 2.4.2 物种间共线性分析 | 第28-29页 |
| 2.4.3 LTRCG鉴定功能结构域 | 第29-30页 |
| 2.4.4 LTRCG基因分化时间计算 | 第30-31页 |
| 2.4.5 LTRCG表达模式分析 | 第31-32页 |
| 2.4.6 LTR-retrotransposons内部捕获基因(LTRCG)分析流程构建 | 第32-33页 |
| 第三章 全长LTR-retrotransposons分析流程应用 | 第33-48页 |
| 3.1 全长LTR-retrotransposons鉴定与统计 | 第33-38页 |
| 3.1.1 全基因组全长逆转座子含量 | 第33-34页 |
| 3.1.2 全基因组全长逆转座子长度 | 第34-35页 |
| 3.1.3 全基因组全长逆转座子分类 | 第35-38页 |
| 3.2 LTR-retrotransposons插入基因组年代分析 | 第38-42页 |
| 3.2.1 LTR-retrotransposons两臂相似度 | 第38-40页 |
| 3.2.2 LTR-retrotransposons插入基因组时间 | 第40-42页 |
| 3.3 LTR-retrotransposons的系统进化分析 | 第42-44页 |
| 3.4 LTRCG的鉴定以及表达模式的变化 | 第44-48页 |
| 3.4.1 LTRCG的鉴定 | 第44-45页 |
| 3.4.2 LTRCG的同源基因鉴定与分析 | 第45页 |
| 3.4.3 LTRCG的表达分析 | 第45-48页 |
| 第四章 总结与展望 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-55页 |
| 个人简介 | 第55-56页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文和科研项目 | 第56页 |
