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棉花耐盐相关基因挖掘及OSCA基因家族全基因组鉴定

摘要第5-6页
abstract第6-7页
英文缩略表第11-12页
第一章 引言第12-18页
    1.1 植物耐盐性和耐旱性研究进展第12-15页
        1.1.1 盐和干旱对植物的伤害第12页
        1.1.2 盐和干旱对棉花的危害第12-13页
        1.1.3 植物响应盐和干旱胁迫的生理机制第13页
        1.1.4 植物响应盐和干旱胁迫的分子机制第13-15页
    1.2 陆地棉野生种系第15页
    1.3 植物转录组研究进展第15-16页
    1.4 植物OSCA的研究进展第16-17页
    1.5 本研究的目的与意义第17-18页
第二章 陆地棉盐碱胁迫转录组分析第18-34页
    2.1 试验材料与方法第18-21页
        2.1.1 试验材料第18页
        2.1.2 材料种植和盐碱胁迫处理第18页
        2.1.3 测定MDA、PRO含量及SOD活性第18页
        2.1.4 RNA提取、c DNA文库构建和Illumina测序第18页
        2.1.5 测序reads的去噪、拼接第18-19页
        2.1.6 与棉花基因组比对、表达量计算及差异表达基因筛选第19页
        2.1.7 GO和KEGG富集分析第19页
        2.1.8 基因共表达网络分析第19页
        2.1.9 组织或阶段特异性及模块确定第19页
        2.1.10 候选基因的确定第19-20页
        2.1.11 qRT-PCR分析第20页
        2.1.12 统计分析及图表绘制第20-21页
    2.2 结果与分析第21-31页
        2.2.1 三个不同陆地棉材料的转录组分析第21-22页
        2.2.2 转录组的整体比较揭示了不同处理阶段之间的关系第22-23页
        2.2.3 差异表达基因分析第23-24页
        2.2.4 不同组织差异表达基因的功能注释第24-26页
        2.2.5 共表达网络与模块构建第26-27页
        2.2.6 陆地棉组织和处理阶段特异性模块的识别与可视化分析第27-29页
        2.2.7 候选基因的确定第29-31页
        2.2.8 qRT-PCR检测hub基因表达水平第31页
    2.3 结论与讨论第31-34页
第三章 棉花OSCA基因家族的全基因组分析第34-51页
    3.1 材料与方法第34-35页
        3.1.1 棉花OSCA基因家族成员鉴定第34页
        3.1.2 OSCA基因家族系统进化和基因结构分析第34页
        3.1.3 蛋白结构域和保守基序分析第34页
        3.1.4 顺式作用元件分析第34-35页
        3.1.5 染色体定位分析第35页
        3.1.6 棉花OSCA家族基因表达模式分析第35页
        3.1.7 RNA提取与实时荧光定量PCR第35页
    3.2 结果与分析第35-49页
        3.2.1 棉花OSCA家族基因的鉴定与命名第35-41页
        3.2.2 棉花OSCA基因家族系统进化和基因结构分析第41-43页
        3.2.3 棉花OSCA家族基因蛋白结构域和保守基序分析第43-44页
        3.2.4 棉花OSCA家族染色体定位及基因组复制分析第44-46页
        3.2.5 顺式作用元件第46-48页
        3.2.6 棉花OSCA家族基因的表达模式分析第48-49页
    3.3 讨论与结论第49-51页
第四章 GhOSCA1.1在棉花中的功能验证第51-57页
    4.1 试验材料与方法第51-53页
        4.1.1 植物材料第51页
        4.1.2 酶、生化试剂及仪器耗材第51页
        4.1.3 RNA的提取与反转录第51页
        4.1.4 目的基因的克隆第51页
        4.1.5 植物VIGS载体的构建第51-52页
        4.1.6 VIGS注射方法第52页
        4.1.7 VIGS注射后棉花离体叶片失水率测定第52-53页
        4.1.8 干旱和盐胁迫处理第53页
    4.2 结果与分析第53-56页
        4.2.1 VIGS载体构建和沉默效率检测第53-54页
        4.2.2 VIGS干涉后棉花离体叶片失水率测定第54页
        4.2.3 VIGS干涉后棉花盐和干旱胁迫条件下耐性鉴定第54-55页
        4.2.4 VIGS干涉后生理指标测定第55-56页
    4.3 讨论与结论第56-57页
第五章 全文结论第57-58页
参考文献第58-65页
附录第65-79页
致谢第79-80页
作者简介第80页

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