| 摘要 | 第12-15页 |
| Abstract | 第15-18页 |
| 缩略词表(Abbreviation) | 第19-20页 |
| 第1章 前言 | 第20-37页 |
| 1.1 研究问题由来 | 第20-21页 |
| 1.2 文献综述 | 第21-36页 |
| 1.2.1 PRRS的流行病学与病理特征 | 第21-22页 |
| 1.2.2 PRRSV的分子特征 | 第22-24页 |
| 1.2.2.1 PRRSV的分子结构 | 第22-24页 |
| 1.2.2.2 PRRSV的靶细胞与受体 | 第24页 |
| 1.2.3 PRRSV免疫学研究进展 | 第24-26页 |
| 1.2.3.1 天然免疫 | 第25页 |
| 1.2.3.2 体液免疫 | 第25-26页 |
| 1.2.3.3 细胞免疫 | 第26页 |
| 1.2.3.4 抗体依赖性增强 | 第26页 |
| 1.2.4 PRRSV免疫应答相关分子和通路研究进展 | 第26-29页 |
| 1.2.4.1 MHC分子 | 第26-27页 |
| 1.2.4.2 吞噬小体 | 第27页 |
| 1.2.4.3 细胞凋亡 | 第27-28页 |
| 1.2.4.4 NF-κB | 第28-29页 |
| 1.2.4.5 G蛋白 | 第29页 |
| 1.2.4.6 细胞增殖 | 第29页 |
| 1.2.5 睾丸的免疫豁免与天然免疫 | 第29-31页 |
| 1.2.5.1 睾丸免疫豁免 | 第30页 |
| 1.2.5.2 睾丸天然免疫 | 第30-31页 |
| 1.2.6 品种应答差异研究进展 | 第31-32页 |
| 1.2.7 抗PRRS基因研究进展 | 第32-34页 |
| 1.2.7.1 抑制PRRSV受体 | 第32页 |
| 1.2.7.2 增强天然免疫 | 第32-33页 |
| 1.2.7.3 增强细胞免疫 | 第33-34页 |
| 1.2.7.4 促进细胞因子表达 | 第34页 |
| 1.2.8 PRRSV感染的转录组学与蛋白质组学研究进展 | 第34-36页 |
| 1.2.8.1 转录组测序研究进展 | 第34-35页 |
| 1.2.8.2 蛋白质组学研究进展 | 第35-36页 |
| 1.3 研究目的和意义 | 第36-37页 |
| 第2章 通城猪和大白猪感染PRRSV的临床症状及血液指标差异比较 | 第37-52页 |
| 2.1 技术路线 | 第37-38页 |
| 2.2 材料 | 第38页 |
| 2.2.1 试验动物与病毒 | 第38页 |
| 2.2.2 主要试剂与仪器 | 第38页 |
| 2.3 方法 | 第38-43页 |
| 2.3.1 人工感染试验 | 第38-39页 |
| 2.3.2 血液及血清的采集与分离 | 第39页 |
| 2.3.3 DNA和RNA的提取 | 第39-40页 |
| 2.3.4 RNA反转录 | 第40-41页 |
| 2.3.5 PCR扩增 | 第41页 |
| 2.3.6 血清病毒载量绝对定量检测 | 第41-42页 |
| 2.3.7 血常规指标检测 | 第42页 |
| 2.3.8 细胞因子水平检测 | 第42-43页 |
| 2.4 结果 | 第43-48页 |
| 2.4.1 临床症状与体温 | 第43-44页 |
| 2.4.2 病理剖检与病理变化 | 第44页 |
| 2.4.3 病毒载量 | 第44-45页 |
| 2.4.4 血常规指标 | 第45-46页 |
| 2.4.5 细胞因子 | 第46-48页 |
| 2.4.5.1 天然免疫细胞因子 | 第46-48页 |
| 2.4.5.2 获得性免疫细胞因子 | 第48页 |
| 2.5 讨论 | 第48-51页 |
| 2.5.1 血常规指标变化 | 第48-49页 |
| 2.5.2 天然免疫相关细胞因子 | 第49-50页 |
| 2.5.3 获得性免疫相关细胞因子 | 第50-51页 |
| 小结 | 第51-52页 |
| 第3章 通城猪和大白猪的肺泡巨噬细胞对PRRSV免疫应答差异比较 | 第52-72页 |
| 3.1 技术路线 | 第52-53页 |
| 3.2 材料 | 第53-54页 |
| 3.2.1 试验材料 | 第53页 |
| 3.2.2 主要试剂与仪器 | 第53-54页 |
| 3.2.3 数据分析主要软件和在线网站 | 第54页 |
| 3.3 方法 | 第54-59页 |
| 3.3.1 PAMs灌洗 | 第54页 |
| 3.3.2 RNA提取 | 第54-55页 |
| 3.3.3 RNA质量检测 | 第55页 |
| 3.3.4 文库构建与上机测序 | 第55-57页 |
| 3.3.4.1 文库构建 | 第55-56页 |
| 3.3.4.2 文库质检 | 第56页 |
| 3.3.4.3 上机测序 | 第56页 |
| 3.3.4.4 测序质量评估与预处理 | 第56页 |
| 3.3.4.5 数据比对与表达量统计 | 第56-57页 |
| 3.3.5 差异表达基因功能分析 | 第57页 |
| 3.3.6 RNA反转录 | 第57页 |
| 3.3.7 qRT-PCR | 第57-58页 |
| 3.3.8 蛋白免疫印迹技术(Western-blot) | 第58-59页 |
| 3.3.8.1 SDS-PAGE胶制备 | 第58页 |
| 3.3.8.2 蛋白电泳 | 第58页 |
| 3.3.8.3 转膜 | 第58-59页 |
| 3.3.8.4 抗体孵育和显色 | 第59页 |
| 3.3.8.5 数据统计 | 第59页 |
| 3.4 结果 | 第59-66页 |
| 3.4.1 RNA质量检测 | 第59页 |
| 3.4.2 PAMs测序数据过滤与比对 | 第59-61页 |
| 3.4.3 通城猪与大白猪PAMs差异表达基因分析 | 第61页 |
| 3.4.4 PAMs差异表达基因功能和通路分析 | 第61-64页 |
| 3.4.4.1 通城猪和大白猪对照组之间差异表达基因富集 | 第61-63页 |
| 3.4.4.2 通城猪和大白猪感染后差异表达基因富集 | 第63-64页 |
| 3.4.5 通城猪和大白猪PAMs差异表达基因的qRT-PCR验证 | 第64-65页 |
| 3.4.6 Western-blot鉴定 | 第65-66页 |
| 3.5 讨论 | 第66-71页 |
| 3.5.1 PAMs感染PRRSV免疫应答 | 第66页 |
| 3.5.2 通城猪PAMs中特有通路 | 第66-68页 |
| 3.5.3 大白猪PAMs中特有通路 | 第68-71页 |
| 小结 | 第71-72页 |
| 第4章 通城猪和大白猪感染PRRSV后睾丸组织差异分析 | 第72-89页 |
| 4.1 材料 | 第72页 |
| 4.1.1 试验样品 | 第72页 |
| 4.1.2 主要试剂与仪器 | 第72页 |
| 4.2 方法 | 第72-74页 |
| 4.2.1 病理切片制备与测定 | 第72-73页 |
| 4.2.2 血清睾酮水平检测 | 第73页 |
| 4.2.3 RNA-Seq测序 | 第73页 |
| 4.2.4 GO和Pathway分析 | 第73页 |
| 4.2.5 qRT-PCR鉴定 | 第73-74页 |
| 4.3 结果 | 第74-85页 |
| 4.3.1 睾丸病毒载量和血清睾酮检测 | 第74页 |
| 4.3.2 通城猪和大白猪睾丸组织切片和血清睾酮水平分析结果 | 第74-76页 |
| 4.3.2.1 曲细精管测定 | 第74-76页 |
| 4.3.2.2 血清睾酮水平测定 | 第76页 |
| 4.3.3 睾丸组织RNA-Seq测序结果 | 第76-84页 |
| 4.3.3.1 RNA质量检测 | 第76页 |
| 4.3.3.2 睾丸组织测序数据过滤与比对 | 第76-78页 |
| 4.3.3.3 睾丸组织基因表达水平分析 | 第78页 |
| 4.3.3.4 睾丸组织差异表达基因筛选 | 第78-81页 |
| 4.3.3.5 睾丸组织差异表达基因功能和通路分析 | 第81-84页 |
| 4.3.4 睾丸组织差异表达基因qRT-PCR鉴定 | 第84-85页 |
| 4.4 讨论 | 第85-88页 |
| 小结 | 第88-89页 |
| 第5章 通城猪和大白猪的外周免疫器官对PRRSV感染的免疫应答差异比较 | 第89-109页 |
| 5.1 技术路线 | 第89-90页 |
| 5.2 材料 | 第90页 |
| 5.2.1 试验材料 | 第90页 |
| 5.2.2 主要试剂与仪器 | 第90页 |
| 5.3 方法 | 第90页 |
| 5.3.1 病理切片与打分 | 第90页 |
| 5.3.2 RNA-Seq测序 | 第90页 |
| 5.3.3 GO和Pathway分析 | 第90页 |
| 5.3.4 qRT-PCR鉴定 | 第90页 |
| 5.4 结果 | 第90-102页 |
| 5.4.1 腹股沟淋巴结和脾脏组织中病毒载量 | 第90-91页 |
| 5.4.2 腹股沟淋巴结和脾脏病理切片及打分 | 第91-92页 |
| 5.4.3 腹股沟淋巴结和脾脏RNA-Seq测序结果 | 第92-102页 |
| 5.4.3.1 RNA质量检测 | 第92-94页 |
| 5.4.3.2 腹股沟淋巴结和脾脏测序数据过滤与比对 | 第94页 |
| 5.4.3.3 腹股沟淋巴结和脾脏基因表达水平分析 | 第94页 |
| 5.4.3.4 腹股沟淋巴结和脾脏差异表达基因筛选 | 第94-97页 |
| 5.4.3.5 腹股沟淋巴结和脾脏差异表达基因GO和Pathway分析 | 第97-101页 |
| 5.4.3.6 腹股沟淋巴结和脾脏差异表达基因qRT-PCR鉴定 | 第101-102页 |
| 5.5 讨论 | 第102-108页 |
| 5.5.1 腹股沟淋巴结的转录水平比较 | 第102-107页 |
| 5.5.1.1 通城猪感染后免疫应答通路 | 第103-105页 |
| 5.5.1.2 大白猪感染后免疫应答通路 | 第105-107页 |
| 5.5.2 脾脏的转录水平比较 | 第107-108页 |
| 小结 | 第108-109页 |
| 第6章 腹股沟淋巴结蛋白质组测序分析 | 第109-129页 |
| 6.1 技术路线 | 第109-110页 |
| 6.2 材料 | 第110页 |
| 6.2.1 试验样品 | 第110页 |
| 6.2.2 主要试剂与仪器 | 第110页 |
| 6.3 方法 | 第110-113页 |
| 6.3.1 蛋白质提取与质量检测 | 第110-111页 |
| 6.3.2 样品准备与上机检测 | 第111-112页 |
| 6.3.3 质谱原始数据处理与蛋白质鉴定 | 第112页 |
| 6.3.4 差异表达蛋白筛选 | 第112页 |
| 6.3.5 GO和Pathway分析 | 第112-113页 |
| 6.3.6 RNA-Seq与iTRAQ联合分析 | 第113页 |
| 6.4 结果 | 第113-125页 |
| 6.4.1 样品质量及蛋白质鉴定 | 第113-116页 |
| 6.4.1.1 样品总蛋白检测 | 第113页 |
| 6.4.1.2 蛋白质鉴定 | 第113-114页 |
| 6.4.1.3 原始数据基本信息 | 第114-115页 |
| 6.4.1.4 重复性分析 | 第115-116页 |
| 6.4.2 腹股沟淋巴结差异表达蛋白筛选 | 第116-117页 |
| 6.4.3 腹股沟淋巴结差异表达蛋白GO和Pathway分析 | 第117-119页 |
| 6.4.3.1 腹股沟淋巴结对照组之间差异表达蛋白分析 | 第117-118页 |
| 6.4.3.2 腹股沟淋巴结感染组和对照组之间差异表达蛋白分析 | 第118-119页 |
| 6.4.4 腹股沟淋巴结RNA-Seq与iTRAQ功能关联分析 | 第119-125页 |
| 6.4.4.1 关联差异表达蛋白/基因GO富集 | 第120-121页 |
| 6.4.4.2 关联差异表达蛋白/基因KEGG富集 | 第121-125页 |
| 6.5 讨论 | 第125-128页 |
| 小结 | 第128-129页 |
| 第7章 全文总结 | 第129-132页 |
| 7.1 小结 | 第129-130页 |
| 7.2 本研究的特色与创新点 | 第130-131页 |
| 7.2.1 本研究的特色 | 第130页 |
| 7.2.2 本研究的创新点 | 第130-131页 |
| 7.3 本研究的不足之处与进一步的研究建议 | 第131-132页 |
| 参考文献 | 第132-146页 |
| 附录 | 第146-165页 |
| 个人简历 | 第165-168页 |
| 致谢 | 第168-171页 |
