| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 目录 | 第7-13页 |
| 英文缩略表 | 第13-15页 |
| 第一章 引言 | 第15-34页 |
| 1.1 猪带绦虫概述 | 第15-16页 |
| 1.2 全基因组从头测序和测序及原理 | 第16-18页 |
| 1.3 涡虫纲基因组研究进展 | 第18-19页 |
| 1.4 吸虫纲基因组研究进展 | 第19-22页 |
| 1.4.1 日本血吸虫(Schistosoma japonicum) | 第19页 |
| 1.4.2 曼氏血吸虫(Schistosoma mansoni) | 第19-20页 |
| 1.4.3 埃及血吸虫(Schistosoma haematobium) | 第20-22页 |
| 1.4.4 华枝睾吸虫(Clonorchis sinensis) | 第22页 |
| 1.5 绦虫纲基因组研究进展 | 第22-26页 |
| 1.5.1 四种绦虫的基因组概况 | 第22-23页 |
| 1.5.2 四种绦虫基因的缺失 | 第23-24页 |
| 1.5.3 四种绦虫基因的扩增和获得 | 第24页 |
| 1.5.4 四种抗绦虫药靶和疫苗候选抗原的预测 | 第24-25页 |
| 1.5.5 猪带绦虫(中国株)的全基因组测序 | 第25-26页 |
| 1.6 WNT分子及其信号途径 | 第26-28页 |
| 1.6.1 Wnt分子及其信号途径的概述 | 第26-27页 |
| 1.6.2 Wnt经典信号途径 | 第27-28页 |
| 1.6.3 Wnt非经典信号途径 | 第28页 |
| 1.7 WNT基因的概述 | 第28-30页 |
| 1.7.1 Wnt蛋白的结构 | 第28-29页 |
| 1.7.2 Wnt蛋白的修饰 | 第29页 |
| 1.7.3 Wnt基因家族的进化 | 第29-30页 |
| 1.8 WNT基因家族成员的研究进展 | 第30-33页 |
| 1.8.1 Wnt1 | 第31页 |
| 1.8.2 Wnt2 | 第31页 |
| 1.8.3 Wnt4 | 第31-32页 |
| 1.8.4 Wnt5 | 第32-33页 |
| 1.8.5 Wnt11 | 第33页 |
| 1.9 本研究的目的和意义 | 第33-34页 |
| 第二章 猪带绦虫基因组和转录组的测序分析 | 第34-48页 |
| 2.1 材料与方法 | 第34-37页 |
| 2.1.1 试剂和耗材 | 第34页 |
| 2.1.2 RNA提取用品的处理 | 第34页 |
| 2.1.3 虫体的收集与处理 | 第34-35页 |
| 2.1.4 猪带绦虫的全基因组测序 | 第35-36页 |
| 2.1.5 激活和未激活的猪囊尾蚴转录组测序 | 第36-37页 |
| 2.2 数据处理与分析 | 第37-40页 |
| 2.2.1 基因组测序文库的质量检测和数据过滤 | 第37-38页 |
| 2.2.2 转录组测序文库的质量检测和数据过滤 | 第38页 |
| 2.2.3 多平台基因组序列的组装和结果整合 | 第38页 |
| 2.2.4 基因组拼接准确性评估 | 第38-39页 |
| 2.2.5 基因组覆盖度评估 | 第39页 |
| 2.2.6 基因的结构和功能注释 | 第39-40页 |
| 2.2.7 转录组中基因表达的水平分析 | 第40页 |
| 2.2.8 差异基因的功能注释 | 第40页 |
| 2.3 研究结果 | 第40-46页 |
| 2.3.1 基因组数据的质量评估 | 第40-41页 |
| 2.3.2 基因组序列的拼接分析 | 第41-42页 |
| 2.3.3 基因结构和功能注释 | 第42-43页 |
| 2.3.4 转录组数据的质量评估 | 第43-44页 |
| 2.3.5 转录组数据的对比和注释 | 第44页 |
| 2.3.6 差异表达基因的鉴定 | 第44页 |
| 2.3.7 差异表达基因的功能注释 | 第44-46页 |
| 2.4 讨论 | 第46-48页 |
| 第三章 猪带绦虫WNT家族基因的克隆和结构进化分析 | 第48-80页 |
| 3.1 材料 | 第48-49页 |
| 3.1.1 载体和菌种 | 第48页 |
| 3.1.2 试剂和耗材 | 第48页 |
| 3.1.3 引物合成及测序 | 第48页 |
| 3.1.4 培养基和溶液 | 第48-49页 |
| 3.1.5 主要仪器设备 | 第49页 |
| 3.2 方法 | 第49-57页 |
| 3.2.1 RNA提取用品的处理 | 第49页 |
| 3.2.2 猪囊尾蚴总RNA的提取 | 第49页 |
| 3.2.3 猪带绦虫Wnt基因家族的筛选 | 第49-50页 |
| 3.2.4 猪带绦虫Wnt基因家族的引物设计 | 第50-51页 |
| 3.2.5 猪带绦虫Wnt基因家族的RT-PCR扩增 | 第51-52页 |
| 3.2.6 猪带绦虫Wnt基因家族PCR扩增产物的回收 | 第52页 |
| 3.2.7 PCR产物的连接和重组载体的转化 | 第52-53页 |
| 3.2.8 重组质粒的提取 | 第53页 |
| 3.2.9 重组质粒的鉴定和测序 | 第53页 |
| 3.2.10 5’和3’-RACE扩增Wnt家族全长基因 | 第53-55页 |
| 3.2.11 5’和3’-RACE PCR产物的回收与纯化 | 第55页 |
| 3.2.12 重组载体的连接与转化 | 第55页 |
| 3.2.13 重组质粒的提取 | 第55页 |
| 3.2.14 重组质粒的鉴定 | 第55-56页 |
| 3.2.15 猪带绦虫Wnt基因家族cDNA全长序列的拼接 | 第56页 |
| 3.2.16 猪带绦虫Wnt家族在基因组中的定位 | 第56页 |
| 3.2.17 猪带绦虫Wnt家族成员氨基酸序列比较分析 | 第56页 |
| 3.2.18 猪带绦虫Wnt家族成员氨基酸序列的进化分析 | 第56页 |
| 3.2.19 猪带绦虫Wnt家族成员蛋白质信号肽和二硫键的预测 | 第56页 |
| 3.2.20 猪带绦虫Wnt家族成员翻译后的修饰预测 | 第56-57页 |
| 3.3 研究结果 | 第57-78页 |
| 3.3.1 猪囊尾蚴总RNA的提取和反转录 | 第57页 |
| 3.3.2 猪带绦虫Wnt家族基因的RT-PCR扩增 | 第57-58页 |
| 3.3.3 猪带绦虫Wnt 5’-和3’-RACE扩增 | 第58-59页 |
| 3.3.4 猪带练虫Wnt基因家族全长cDNA序列的拼接 | 第59-60页 |
| 3.3.5 猪带绦虫Wnt家族在基因组中的定位 | 第60页 |
| 3.3.6 猪带绦虫Wnt家族成员氨基酸序列比较分析 | 第60-70页 |
| 3.3.7 猪带绦虫Wnt家族成员氨基酸序列的进化分析 | 第70-72页 |
| 3.3.8 猪带绦虫Wnt家族成员蛋白质二级结构预测 | 第72-76页 |
| 3.3.9 猪带绦虫Wnt家族成员翻译后的修饰预测 | 第76-78页 |
| 3.4 讨论 | 第78-80页 |
| 第四章 猪囊尾蚴激活前后WNT基因家族的QPCR分析 | 第80-90页 |
| 4.1 材料 | 第80页 |
| 4.1.1 载体和菌种 | 第80页 |
| 4.1.2 试剂和耗材 | 第80页 |
| 4.1.3 主要仪器设备 | 第80页 |
| 4.2 方法 | 第80-85页 |
| 4.2.1 候选内参基因的选择 | 第80-81页 |
| 4.2.2 引物的设计与合成 | 第81-82页 |
| 4.2.3 RNA提取用品的处理 | 第82页 |
| 4.2.4 猪囊尾姆虫体的处理 | 第82页 |
| 4.2.5 未激活和激活猪蠹尾姆I Total RNA的提取 | 第82页 |
| 4.2.6 未激活和激活猪it尾姆I Total RNA的纯化 | 第82-83页 |
| 4.2.7 未激活和激活Total RNA的反转录 | 第83页 |
| 4.2.8 qPCR引物特异性的确定和反应条件的优化 | 第83-84页 |
| 4.2.9 内参基因的筛选 | 第84页 |
| 4.2.10 目的基因的qPCR扩增 | 第84-85页 |
| 4.2.11 数据分析确定目的基因的相对表达量 | 第85页 |
| 4.3 结果 | 第85-88页 |
| 4.3.1 Total RNA的提取 | 第85页 |
| 4.3.2 qPCR引物特异性的确定 | 第85页 |
| 4.3.3 qPCR反应条件的优化 | 第85-86页 |
| 4.3.4 qPCR反应内参基因的确定 | 第86页 |
| 4.3.5 目的基因扩增效率及标准曲线的绘制 | 第86-87页 |
| 4.3.6 qPCR分析不同状态下猪囊尾蚴Wnt信号途径分子的差异表达 | 第87-88页 |
| 4.4 讨论 | 第88-90页 |
| 第五章 猪带绦虫WNT4基因的RNA原位杂交 | 第90-103页 |
| 5.1 材料 | 第90-93页 |
| 5.1.1 载体和菌种 | 第90页 |
| 5.1.2 试剂和耗材 | 第90页 |
| 5.1.3 主要仪器设备 | 第90-91页 |
| 5.1.4 试剂的配制 | 第91-93页 |
| 5.2 方法 | 第93-99页 |
| 5.2.1 Wnt4探针引物的设计与合成 | 第93-94页 |
| 5.2.2 RNA提取用品的处理 | 第94页 |
| 5.2.3 猪囊尾蚴的激活 | 第94页 |
| 5.2.4 猪囊尾蚴虫体的处理 | 第94页 |
| 5.2.5 Wnt4目的基因的PCR扩增 | 第94页 |
| 5.2.6 PCR扩增产物的回收与纯化 | 第94-95页 |
| 5.2.7 PCR产物的连接和重组载体的转化 | 第95页 |
| 5.2.8 重组质粒的提取 | 第95页 |
| 5.2.9 重组质粒的鉴定和测序 | 第95页 |
| 5.2.10 重组质粒的提取和酶切线性化 | 第95-96页 |
| 5.2.11 体外合成cRNA探针 | 第96页 |
| 5.2.12 cRNA探针质量检测 | 第96-97页 |
| 5.2.13 虫体的包埋和切片 | 第97页 |
| 5.2.14 切片的脱蜡与复水 | 第97页 |
| 5.2.15 切片的预处理 | 第97-98页 |
| 5.2.16 预杂交 | 第98页 |
| 5.2.17 RNA原位杂交 | 第98页 |
| 5.2.18 杂交后的处理 | 第98-99页 |
| 5.3 结果 | 第99-102页 |
| 5.3.1 Wnt4探针基因的PCR扩增 | 第99页 |
| 5.3.2 Wnt4探针基因重组质粒的酶切线性化 | 第99-100页 |
| 5.3.3 cRNA探针的体外转录 | 第100页 |
| 5.3.4 体外转录合成单链RNA探针 | 第100-101页 |
| 5.3.5 激活和未激活的猪囊尾蚴Wnt4 RNA原位杂交的检测 | 第101-102页 |
| 5.4 讨论 | 第102-103页 |
| 第六章 全文结论 | 第103-104页 |
| 参考文献 | 第104-114页 |
| 致谢 | 第114-115页 |
| 作者简介 | 第115页 |
