| 摘要 | 第8-12页 |
| ABSTRACT | 第12-14页 |
| 第一章 前言 | 第15-40页 |
| 1.1 多倍体作物及其SNP基因分型 | 第15-18页 |
| 1.1.1 多倍体的形成 | 第15-16页 |
| 1.1.2 多倍体化在作物育种中的作用 | 第16页 |
| 1.1.3 SNP基因分型技术 | 第16-17页 |
| 1.1.4 SNP芯片的基因分型 | 第17-18页 |
| 1.2 多倍体作物中SNP鉴定的挑战与现状 | 第18-19页 |
| 1.2.1 多倍体作物测序文库构建的方法 | 第18页 |
| 1.2.2 多倍体作物测序深度的讨论 | 第18页 |
| 1.2.3 多倍体作物中SNP鉴定的挑战与现状 | 第18-19页 |
| 1.3 SNP芯片技术的特点 | 第19-21页 |
| 1.3.1 SNP芯片的优点 | 第19-20页 |
| 1.3.2 SNP芯片的不足 | 第20页 |
| 1.3.3 SNP芯片的多态率 | 第20-21页 |
| 1.4 多倍体作物SNP芯片的设计 | 第21-23页 |
| 1.4.1 SNP芯片的开发平台 | 第21页 |
| 1.4.2 比较Illumina和Affymetrix的SNP芯片设计 | 第21-22页 |
| 1.4.3 异源多倍体作物SNP芯片设计中SNP的选择 | 第22页 |
| 1.4.4 同源多倍体作物SNP芯片设计中SNP的选择 | 第22-23页 |
| 1.4.5 多倍体作物SNP芯片设计中SNP鉴定来源的选择 | 第23页 |
| 1.5 SNP芯片在多倍体作物中的开发和应用 | 第23-30页 |
| 1.5.1 SNP芯片在四倍体作物中的开发和应用 | 第23-29页 |
| 1.5.2 SNP芯片在六倍体作物中的开发和应用 | 第29页 |
| 1.5.3 SNP芯片在八倍体作物中的开发和应用 | 第29-30页 |
| 1.6 SNP芯片的基因分型和数据分析流程 | 第30-36页 |
| 1.6.1 Affymetrix Axiom和Illumina Infinium的基因分型概述 | 第31-33页 |
| 1.6.2 利用多倍体物种SNP芯片数据进行基因分型的软件 | 第33-34页 |
| 1.6.3 比较fitTetra和ClusterCall的基因分型结果 | 第34-35页 |
| 1.6.4 比较fitTetra和superMASSA的基因分型的结果 | 第35-36页 |
| 1.7 结论和建议 | 第36-37页 |
| 1.8 主要研究目的、意义、内容和技术路线 | 第37-40页 |
| 1.8.1 主要研究目的与意义 | 第37-38页 |
| 1.8.2 主要研究内容 | 第38-39页 |
| 1.8.3 技术路线 | 第39-40页 |
| 第二章 Axiom Sugarcance100K SNP芯片的开发 | 第40-50页 |
| 2.1 材料与方法 | 第41-44页 |
| 2.1.1 甘蔗SNP的来源 | 第41页 |
| 2.1.2 甘蔗SNP的初步筛选 | 第41-42页 |
| 2.1.3 甘蔗SNP探针的设计与评价 | 第42-43页 |
| 2.1.4 甘蔗SNP芯片的设计 | 第43页 |
| 2.1.5 甘蔗SNP芯片上重要和特异性基因及SNP的相关分析 | 第43-44页 |
| 2.2 结果与分析 | 第44-48页 |
| 2.2.1 甘蔗SNP的筛选与评价 | 第44页 |
| 2.2.2 甘蔗SNP芯片的设计及功能注释 | 第44-47页 |
| 2.2.3 甘蔗SNP芯片上重要和特异性基因及SNP的相关分析 | 第47-48页 |
| 2.3 讨论 | 第48-50页 |
| 第三章 利用Axiom Sugarcane100K SNP芯片构建甘蔗高密度SNP遗传图谱 | 第50-63页 |
| 3.1 材料与方法 | 第51-53页 |
| 3.1.1 植物材料与基因组DNA提取 | 第51-52页 |
| 3.1.2 Axiom Sugarcane100K SNP芯片进行基因分型 | 第52页 |
| 3.1.3 Axiom Sugarcane100K SNP芯片基因分型结果的分析 | 第52-53页 |
| 3.1.4 用于遗传作图的SD SNPs的选择与验证 | 第53页 |
| 3.1.5 遗传连锁图谱的绘制 | 第53页 |
| 3.2 结果与分析 | 第53-60页 |
| 3.2.1 甘蔗叶片基因组DNA质量检测 | 第53-54页 |
| 3.2.2 Axiom Sugarcane100K SNP芯片基因分型结果初步分析 | 第54-56页 |
| 3.2.3 Green German和IND81-146遗传连锁图谱的绘制 | 第56-60页 |
| 3.2.4 CP80-1827遗传连锁图谱的绘制 | 第60页 |
| 3.3 讨论 | 第60-63页 |
| 第四章 利用高密度SNP遗传图谱定位甘蔗黄叶病抗性相关的QTLs | 第63-72页 |
| 4.1 材料与方法 | 第64-66页 |
| 4.1.1 作图群体的构建及基因组DNA提取 | 第64页 |
| 4.1.2 甘蔗黄叶病毒检测 | 第64-65页 |
| 4.1.3 甘蔗黄叶病遗传力分析 | 第65页 |
| 4.1.4 甘蔗黄叶病抗性相关的QTL分析 | 第65-66页 |
| 4.1.5 甘蔗抗黄叶病基因的挖掘 | 第66页 |
| 4.2 结果与分析 | 第66-70页 |
| 4.2.1 SCYLV检测及遗传力评价 | 第66-68页 |
| 4.2.2 鉴定甘蔗黄叶病抗性相关QTLs | 第68页 |
| 4.2.3 挖掘甘蔗黄叶病抗性候选基因 | 第68-70页 |
| 4.3 讨论 | 第70-72页 |
| 第五章 主要结论、创新点与展望 | 第72-75页 |
| 5.1 主要结论 | 第72-73页 |
| 5.2 创新点 | 第73页 |
| 5.3 展望 | 第73-75页 |
| 参考文献 | 第75-89页 |
| 附录 | 第89-147页 |
| 附录A 用于Axiom Sugarcane100K SNP基因分型的样品信息 | 第89-102页 |
| 附录B Green German的遗传连锁图及SCYLV抗性相关的QTLs | 第102-122页 |
| 附录C IND81-146的遗传连锁图及SCYLV抗性相关的QTLs | 第122-136页 |
| 附录D CP80-1827的遗传连锁图及SCYLV抗性相关的QTLs | 第136-144页 |
| 附录E 缩略词 | 第144-146页 |
| 附录F 博士期间主要研究成果 | 第146-147页 |
| 致谢 | 第147-148页 |
