| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第一章 前言 | 第11-24页 |
| 1.1 水稻ALOG基因家族研究概况 | 第11-12页 |
| 1.2 ALOG转录因子的研究进展 | 第12-16页 |
| 1.2.1 转录因子的简介 | 第12-13页 |
| 1.2.2 ALOG转录因子起源和结构 | 第13-16页 |
| 1.3 拟南芥中ALOG基因家族研究进展 | 第16-17页 |
| 1.4 水稻中ALOG基因家族研究进展 | 第17-21页 |
| 1.5 水稻ALOG基因研究的目的和意义 | 第21-23页 |
| 1.6 技术路线 | 第23-24页 |
| 第二章 材料与方法 | 第24-43页 |
| 2.1 实验材料 | 第24-28页 |
| 2.1.1 研究材料 | 第24页 |
| 2.1.2 引物合成与测序 | 第24页 |
| 2.1.3 菌株与质粒 | 第24页 |
| 2.1.4 实验用酶 | 第24-25页 |
| 2.1.5 实验用试剂 | 第25-27页 |
| 2.1.6 实验仪器 | 第27-28页 |
| 2.2 实验方法与步骤 | 第28-36页 |
| 2.2.1 水稻ALOG家族CRISPR/Cas9转基因敲除载体的构建 | 第28-30页 |
| 2.2.2 水稻ALOG家族过表达载体的构建 | 第30-31页 |
| 2.2.3 大肠杆菌E.Coli转化实验 | 第31页 |
| 2.2.4 质粒DNA提取 | 第31-32页 |
| 2.2.5 温室种植和取材 | 第32页 |
| 2.2.6 TPS简易法抽提植物基因组DNA | 第32页 |
| 2.2.7 幼穗期RNA的提取 | 第32-33页 |
| 2.2.8 反转录PCR反应 | 第33-34页 |
| 2.2.9 qRT-PCR反应 | 第34-36页 |
| 2.3 RNA-Seq转录组数据分析 | 第36-37页 |
| 2.3.1 转录组测序实验流程 | 第36页 |
| 2.3.2 RNA样品检测 | 第36页 |
| 2.3.3 文库构建 | 第36-37页 |
| 2.3.4 文库质控 | 第37页 |
| 2.3.5 上机测序 | 第37页 |
| 2.4 生物信息学分析 | 第37-40页 |
| 2.4.1 生物信息学分析流程概括 | 第37-38页 |
| 2.4.2 测序数据及其质量控制 | 第38-39页 |
| 2.4.3 转录组数据与参考基因组序列比对 | 第39页 |
| 2.4.4 基因表达量分析 | 第39-40页 |
| 2.4.5 差异表达分析 | 第40页 |
| 2.4.6 差异表达筛选 | 第40页 |
| 2.5 差异表达基因功能注释和富集分析 | 第40-42页 |
| 2.5.1 差异表达基因GO分类 | 第41页 |
| 2.5.2 差异表达基因GO富集层次分析 | 第41页 |
| 2.5.3 差异表达基因COG分类 | 第41页 |
| 2.5.4 差异表达基因KEGG注释 | 第41页 |
| 2.5.5 差异表达基因KEGG通路富集分析 | 第41-42页 |
| 2.5.6 差异表达基因蛋白互作网络 | 第42页 |
| 2.5.7 qRT-PCR验证 | 第42页 |
| 2.6 新基因的发掘与功能注释 | 第42-43页 |
| 2.6.1 新基因的发掘 | 第42页 |
| 2.6.2 新基因的功能注释 | 第42-43页 |
| 第三章 结果与分析 | 第43-63页 |
| 3.1 转基因敲除水稻植株的构建 | 第43-45页 |
| 3.1.1 敲除靶位点的选择 | 第43-44页 |
| 3.1.2 sgRNA表达盒的构建 | 第44-45页 |
| 3.2 过表达水稻植株的构建 | 第45-46页 |
| 3.3 转基因植株的获得 | 第46页 |
| 3.4 缺失突变体的鉴定 | 第46-47页 |
| 3.5 转基因植株的表型分析 | 第47-50页 |
| 3.6 RNA样品制备与质量检测 | 第50-51页 |
| 3.7 转录组数据分析 | 第51-62页 |
| 3.7.1 测序数据及其质量控制 | 第51-52页 |
| 3.7.2 转录组数据与参考基因组序列比对 | 第52-53页 |
| 3.7.3 差异表达分析 | 第53-62页 |
| 3.7.3.1 差异表达总体分析 | 第53-55页 |
| 3.7.3.2 差异表达基因的GO功能显著性富集分析 | 第55-56页 |
| 3.7.3.3 差异表达基因的COG功能分类分析 | 第56-57页 |
| 3.7.3.4 差异表达基因的KEGG通路注释与富集分析 | 第57-59页 |
| 3.7.3.5 淀粉、蔗糖生物合成和植物激素信号转导途径相关基因表达谱 | 第59-61页 |
| 3.7.3.6 已报道的与内外稃发育相关的基因的表达谱 | 第61-62页 |
| 3.8 转录组数据的qPCR验证 | 第62-63页 |
| 第四章 讨论 | 第63-67页 |
| 4.1 CRISPR/Cas9技术对本实验研究的意义 | 第63-64页 |
| 4.2 RNA-Seq研究影响水稻形态发育机制 | 第64页 |
| 4.3 G1L6与已知控制水稻内外稃发育的基因的关系 | 第64-65页 |
| 4.4 G1L6通过影响水稻淀粉和蔗糖相关基因来影响水稻育性 | 第65-66页 |
| 4.5 G1L6影响水稻植物激素信号转导途径相关基因的差异表达 | 第66-67页 |
| 第五章 结论与展望 | 第67-68页 |
| 5.1 结论 | 第67页 |
| 5.2 展望 | 第67-68页 |
| 参考文献 | 第68-75页 |
| 附录1 | 第75-76页 |
| 附录2 | 第76-77页 |
| 致谢 | 第77-78页 |
| 攻读硕士学位期间发表论文情况 | 第78页 |
