| 符号说明 | 第4-11页 |
| 中文摘要 | 第11-14页 |
| Abstract | 第14-17页 |
| 1 引言 | 第18-36页 |
| 1.1 枸杞及其经济价值 | 第18页 |
| 1.2 枸杞连作障碍 | 第18-19页 |
| 1.3 枸杞土传病害 | 第19-20页 |
| 1.4 枸杞根腐病及防治现状 | 第20-21页 |
| 1.4.1 致病病原 | 第20页 |
| 1.4.2 枸杞根腐病症状 | 第20页 |
| 1.4.3 枸杞根腐病发病规律 | 第20-21页 |
| 1.4.4 枸杞根腐病防治 | 第21页 |
| 1.5 植物根际促生细菌 | 第21-23页 |
| 1.5.1 植物根际促生细菌概述 | 第21-22页 |
| 1.5.2 植物根际促生细菌作用机制 | 第22页 |
| 1.5.3 植物根际促生细菌应用 | 第22-23页 |
| 1.6 微生物肥料 | 第23-27页 |
| 1.6.1 微生物肥料概念 | 第23页 |
| 1.6.2 微生物肥料特点 | 第23-24页 |
| 1.6.3 微生物肥料种类 | 第24-25页 |
| 1.6.4 国际微生物肥料的发展现状 | 第25页 |
| 1.6.5 我国微生物肥料现状 | 第25-26页 |
| 1.6.6 微生物肥料的应用效果及其发展前景 | 第26-27页 |
| 1.6.7 微生物肥料发展存在的问题 | 第27页 |
| 1.7 微生物肥料在枸杞种植中的应用前景 | 第27页 |
| 1.8 全基因组测序技术 | 第27-34页 |
| 1.8.1 概述 | 第27-28页 |
| 1.8.2 基因组测序技术的发展 | 第28-29页 |
| 1.8.3 基因组数据分析参数 | 第29-34页 |
| 1.8.3.1 基因组组分分析 | 第29-31页 |
| 1.8.3.2 通用功能注释数据库介绍 | 第31-32页 |
| 1.8.3.3 特定功能注释数据库介绍 | 第32-33页 |
| 1.8.3.4 全基因组图谱 | 第33-34页 |
| 1.9 本项目的立项依据、研究内容和技术路线 | 第34-36页 |
| 1.9.1 立项依据 | 第34页 |
| 1.9.2 研究内容 | 第34-35页 |
| 1.9.3 技术路线 | 第35-36页 |
| 2 材料与方法 | 第36-48页 |
| 2.1 枸杞根际样品采集 | 第36页 |
| 2.2 主要仪器和设备 | 第36页 |
| 2.3 主要药品试剂 | 第36-37页 |
| 2.4 培养基 | 第37-38页 |
| 2.4.1 常规培养基 | 第37-38页 |
| 2.4.2 蛋白降解菌筛选培养基 | 第38页 |
| 2.4.3 溶磷细菌筛选培养基 | 第38页 |
| 2.4.4 解磷细菌筛选培养基 | 第38页 |
| 2.4.5 生长素产生菌筛选培养基 | 第38页 |
| 2.5 枸杞根腐病菌的分离 | 第38-39页 |
| 2.6 根际细菌的分离 | 第39页 |
| 2.7 拮抗菌的筛选 | 第39-40页 |
| 2.8 蛋白降解菌的筛选 | 第40-41页 |
| 2.8.1 蛋白降解菌的初筛 | 第40页 |
| 2.8.2 蛋白降解菌的复筛 | 第40-41页 |
| 2.8.2.1 酪氨酸标准曲线的绘制 | 第40页 |
| 2.8.2.2 蛋白酶活力测定 | 第40-41页 |
| 2.9 解磷细菌的筛选 | 第41页 |
| 2.10 溶磷细菌的筛选 | 第41页 |
| 2.11 生长素产生菌的筛选 | 第41-42页 |
| 2.11.1 IAA产生菌初筛 | 第41页 |
| 2.11.2 细菌分泌IAA定量测定 | 第41-42页 |
| 2.12 根际促生细菌的鉴定 | 第42-43页 |
| 2.12.1 菌株形态特征及生理生化特征鉴定 | 第42页 |
| 2.12.2 细菌基因组DNA的提取 | 第42页 |
| 2.12.3 16S rRNA基因序列扩增与测序 | 第42-43页 |
| 2.13 培养基的优化 | 第43-45页 |
| 2.13.1 种子液的制备 | 第43页 |
| 2.13.2 单因素试验 | 第43-44页 |
| 2.13.2.1 碳源对拮抗菌株生长的影响 | 第43-44页 |
| 2.13.2.2 氮源对拮抗菌株生长的影响 | 第44页 |
| 2.13.2.3 无机盐对拮抗菌株生长的影响 | 第44页 |
| 2.13.3 正交试验 | 第44页 |
| 2.13.4 平板菌落计数 | 第44-45页 |
| 2.14 拮抗菌株田间试验 | 第45-46页 |
| 2.14.1 试验设计 | 第45-46页 |
| 2.14.2 生防效果统计 | 第46页 |
| 2.15 拮抗菌株全基因组测序分析 | 第46-48页 |
| 2.15.1 测序流程 | 第46页 |
| 2.15.2 生物信息学分析流程 | 第46-48页 |
| 3 结果与分析 | 第48-93页 |
| 3.1 枸杞根腐病原菌分离 | 第48页 |
| 3.2 枸杞根际促生细菌筛选 | 第48-54页 |
| 3.2.1 拮抗菌株的筛选 | 第48-49页 |
| 3.2.2 蛋白降解菌的筛选 | 第49-51页 |
| 3.2.3 解磷细菌的筛选 | 第51-52页 |
| 3.2.4 溶磷细菌的筛选 | 第52-53页 |
| 3.2.5 生长素产生菌的筛选 | 第53-54页 |
| 3.3 拮抗菌株形态特征 | 第54-55页 |
| 3.4 拮抗菌株生理生化特征 | 第55-56页 |
| 3.5 16S rRNA基因序列分析 | 第56-58页 |
| 3.6 四株拮抗菌的培养基优化 | 第58-66页 |
| 3.6.1 碳源对拮抗菌生长的影响 | 第58-59页 |
| 3.6.2 氮源对拮抗菌生长的影响 | 第59-62页 |
| 3.6.2.1 有机氮源对拮抗菌生长的影响 | 第59-61页 |
| 3.6.2.2 无机氮源对拮抗菌生长的影响 | 第61-62页 |
| 3.6.3 无机盐对拮抗菌生长的影响 | 第62-63页 |
| 3.6.4 最佳培养基组成 | 第63-66页 |
| 3.6.4.1 枯草芽孢杆菌GQJK2的最佳培养基 | 第63-64页 |
| 3.6.4.2 枯草芽孢杆菌GQJK4的最佳培养基 | 第64页 |
| 3.6.4.3 萎缩芽孢杆菌GQJK17的最佳培养基 | 第64-65页 |
| 3.6.4.4 贝莱斯芽孢杆菌GQJK49的最佳培养基 | 第65-66页 |
| 3.7 田间条件下拮抗菌生防效果 | 第66-67页 |
| 3.7.1 拮抗菌对枸杞根腐病发病率的影响 | 第66-67页 |
| 3.7.2 拮抗菌对枸杞产量的影响 | 第67页 |
| 3.8 枯草芽孢杆菌GQJK2全基因组测序分析 | 第67-78页 |
| 3.8.1 基因组组分分析 | 第67-69页 |
| 3.8.1.1 测序组装数据统计 | 第67-68页 |
| 3.8.1.2 重复序列、转座子分析 | 第68-69页 |
| 3.8.1.3 CRISPR分析 | 第69页 |
| 3.8.2 通用功能注释结果分析 | 第69-74页 |
| 3.8.2.1 COG功能注释 | 第69-70页 |
| 3.8.2.2 GO功能注释结果 | 第70-71页 |
| 3.8.2.3 KEGG功能注释 | 第71-74页 |
| 3.8.3 特定功能注释结果分析 | 第74-77页 |
| 3.8.3.1 碳水化合物活性酶(CAZy)注释分析 | 第74-75页 |
| 3.8.3.2 转运蛋白注释分析 | 第75页 |
| 3.8.3.3 分泌蛋白预测 | 第75页 |
| 3.8.3.4 分泌系统蛋白的预测 | 第75-76页 |
| 3.8.3.5 次级代谢基因簇分析 | 第76-77页 |
| 3.8.4 全基因组图谱 | 第77-78页 |
| 3.9 萎缩芽孢杆菌GQJK17全基因组测序分析 | 第78-86页 |
| 3.9.1 基因组组分分析 | 第78-79页 |
| 3.9.1.1 测序组装数据统计 | 第78页 |
| 3.9.1.2 重复序列、转座子分析 | 第78-79页 |
| 3.9.2 通用功能注释结果分析 | 第79-83页 |
| 3.9.2.1 COG功能注释 | 第79-80页 |
| 3.9.2.2 GO功能注释结果 | 第80页 |
| 3.9.2.3 KEGG功能注释 | 第80-83页 |
| 3.9.3 特定功能注释结果分析 | 第83-86页 |
| 3.9.3.1 碳水化合物活性酶(CAZy)注释分析 | 第83-84页 |
| 3.9.3.2 转运蛋白注释分析 | 第84页 |
| 3.9.3.3 分泌蛋白预测 | 第84页 |
| 3.9.3.4 分泌系统蛋白的预测 | 第84-85页 |
| 3.9.3.5 次级代谢基因簇分析 | 第85-86页 |
| 3.9.4 全基因组图谱 | 第86页 |
| 3.10 贝莱斯芽孢杆菌GQJK49全基因组测序分析 | 第86-93页 |
| 3.10.1 基因组组分分析 | 第86-88页 |
| 3.10.1.1 测序组装数据统计 | 第86-87页 |
| 3.10.1.2 GI岛预测 | 第87-88页 |
| 3.10.2 通用功能注释结果分析 | 第88-90页 |
| 3.10.2.1 COG功能注释 | 第88-89页 |
| 3.10.2.2 GO功能注释结果 | 第89-90页 |
| 3.10.3 特定功能注释结果分析 | 第90-92页 |
| 3.10.3.1 碳水化合物活性酶(CAZy)注释分析 | 第90-91页 |
| 3.10.3.2 次级代谢基因簇分析 | 第91-92页 |
| 3.10.4 全基因组图谱 | 第92-93页 |
| 4 讨论 | 第93-97页 |
| 5 结论 | 第97-99页 |
| 参考文献 | 第99-109页 |
| 致谢 | 第109-110页 |
| 攻读学位期间发表论文情况 | 第110页 |
