基于RNA-Seq对牦牛和犏牛睾丸转录组的比较分析
| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩略词表 | 第9-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-26页 |
| 1 牦牛和犏牛的概况 | 第13-14页 |
| 2 犏牛雄性不育的研究进展 | 第14-16页 |
| 2.1 解剖组织学研究 | 第14页 |
| 2.2 细胞遗传学研究 | 第14-15页 |
| 2.3 分子生物学研究 | 第15-16页 |
| 2.4 转录组学研究 | 第16页 |
| 3 哺乳动物精子发生及相关基因的表达调控 | 第16-20页 |
| 3.1 睾丸组织微环境与精子发生 | 第17-18页 |
| 3.2 精子发生过程中的相关基因表达 | 第18-20页 |
| 3.2.1 有丝分裂过程中的基因调控 | 第18-19页 |
| 3.2.2 减数分裂期基因表达调控 | 第19-20页 |
| 3.2.3 精子形成过程中的基因表达调控 | 第20页 |
| 4 转录组测序(RNA-Seq)的研究进展 | 第20-25页 |
| 4.1 转录组的概念 | 第21页 |
| 4.2 转录组研究方法 | 第21-22页 |
| 4.3 RNA-Seq原理 | 第22-23页 |
| 4.4 转录组测序的主要技术平台 | 第23页 |
| 4.5 转录组测序的主要应用 | 第23-25页 |
| 5 本试验研究目的和意义 | 第25-26页 |
| 第二章 牦牛和犏牛的睾丸组织学比较分析 | 第26-30页 |
| 1 材料及方法 | 第26-27页 |
| 1.1 试验材料 | 第26页 |
| 1.2 主要仪器 | 第26页 |
| 1.3 主要试剂 | 第26-27页 |
| 1.4 切片制作 | 第27页 |
| 2 结果 | 第27-28页 |
| 3 讨论 | 第28-30页 |
| 第三章 牦牛和犏牛睾丸组织的转录组比较分析 | 第30-52页 |
| 1 材料和方法 | 第30-37页 |
| 1.1 试验动物 | 第30页 |
| 1.2 主要仪器设备 | 第30-31页 |
| 1.3 主要试剂 | 第31-32页 |
| 1.4 总RNA的制备 | 第32-33页 |
| 1.4.1 RNA制备的主要步骤 | 第32-33页 |
| 1.4.2 RNA质量检测 | 第33页 |
| 1.5 RNA的构建测序 | 第33页 |
| 1.6 数据处理 | 第33-35页 |
| 1.6.1 序列比对分析 | 第33页 |
| 1.6.2 基因表达注释及差异分析 | 第33-35页 |
| 1.7 差异表达基因的RT-qPCR验证 | 第35-36页 |
| 1.7.1 cDNA的制备 | 第35页 |
| 1.7.2 引物设计与合成 | 第35页 |
| 1.7.3 Real-time PCR反应 | 第35-36页 |
| 1.8 可变剪切分析 | 第36-37页 |
| 2 结果 | 第37-46页 |
| 2.1 RNA检测结果 | 第37页 |
| 2.2 犏牛与牦牛睾丸组织转录组测序数据注释 | 第37-38页 |
| 2.3 牦牛和犏牛间差异表达基因的分析 | 第38-44页 |
| 2.3.1 种群间的差异表达基因 | 第38-39页 |
| 2.3.2 差异基因聚类分析 | 第39-40页 |
| 2.3.3 差异表达基因的GO分析 | 第40-42页 |
| 2.3.4 差异表达基因的PATHWAY富集分析 | 第42-44页 |
| 2.4 差异表达基因Q-PCR验证 | 第44-45页 |
| 2.5 牦牛和犏牛睾丸组织转录组中的可变剪接 | 第45-46页 |
| 3 讨论 | 第46-52页 |
| 3.1 牦牛和犏牛间差异表达基因的表达模式分析 | 第46-47页 |
| 3.2 牦牛和犏牛间的差异基因分析 | 第47页 |
| 3.3 精子发生过程中相关基因的差异 | 第47-52页 |
| 3.3.1 精原细胞增殖阶段的基因表达 | 第47-48页 |
| 3.3.2 减数分裂过程中的基因表达 | 第48页 |
| 3.3.3 精子变形阶段的基因表达 | 第48-52页 |
| 结论 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-59页 |
| 致谢 | 第59-60页 |
| 附录 | 第60-67页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第67页 |
